Perfil Genético e Triagem de Abandono em Escala Genômica para Identificar Alvos Terapêuticos em Modelos Murinos de Tumor Maligno de Bainha de Nervo Periférico

Brittany Turner-Ivey; Jody Fromm Longo; Dorea P. Jenkins; Stephen T. Guest; Steven L. Carroll

doi:10.3791/65430

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Artigo de método

Perfil Genético e Triagem de Abandono em Escala Genômica para Identificar Alvos Terapêuticos em Modelos Murinos de Tumor Maligno de Bainha de Nervo Periférico

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DOI:

10.3791/65430

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25 de agosto de 2023

Brittany Turner-Ivey¹ , Jody Fromm Longo² , Dorea P. Jenkins² , Stephen T. Guest³ , Steven L. Carroll¹^,²

¹Hollings Cancer Center, Medical University of South Carolina, ²Department of Pathology and Laboratory Medicine, Medical University of South Carolina, ³Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan, Ann Arbor

Neste artigo

Resumo

Desenvolvemos uma abordagem oncogenômica comparativa entre espécies utilizando análises genômicas e telas genômicas funcionais para identificar e comparar alvos terapêuticos em tumores surgidos em modelos de camundongos geneticamente modificados e o tipo de tumor humano correspondente.

Resumo

Os Tumores Malignos de Bainha de Nervo Periférico (MPNSTs) são derivados das células de Schwann ou de seus precursores. Em pacientes com a síndrome de suscetibilidade tumoral neurofibromatose tipo 1 (NF1), os MPNSTs são a neoplasia maligna mais comum e a principal causa de morte. Esses sarcomas de partes moles raros e agressivos oferecem um futuro promissor, com taxas de sobrevida livre de doença em 5 anos de 34-60%. As opções de tratamento para indivíduos com MPNSTs são decepcionantemente limitadas, sendo a cirurgia desfigurante a principal opção de tratamento. Muitas terapias outrora promissoras, como o tipifarnibe, um inibidor da sinalização de Ras, falharam clinicamente. Da mesma forma, ensaios clínicos de fase II com erlotinib, que tem como alvo o fator de crescimento epidérmico (EFGR), e sorafenib, que tem como alvo o receptor do fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), o receptor do fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF) e o Raf, em combinação com a quimioterapia padrão, também falharam em produzir resposta nos pacientes.

Nos últimos anos, métodos de triagem genômica funcional combinados com o perfil genético de linhagens de células cancerosas têm se mostrado úteis para a identificação de vias essenciais de sinalização citoplasmática e o desenvolvimento de terapias alvo-específicas. No caso de tipos raros de tumores, uma variação dessa abordagem conhecida como oncogenômica comparativa entre espécies está sendo cada vez mais usada para identificar novos alvos terapêuticos. Na oncogenômica comparativa entre espécies, o perfil genético e a genômica funcional são realizados em modelos de camundongos geneticamente modificados (GEM) e os resultados são validados em espécimes humanos raros e linhagens celulares disponíveis.

Este artigo descreve como identificar mutações no gene driver candidato em células MPNST humanas e de camundongos usando o sequenciamento completo do exoma (WES). Em seguida, descrevemos como realizar telas de shRNA em escala genômica para identificar e comparar vias críticas de sinalização em células MPNST humanas e de camundongos e identificar alvos farmacológicos nessas vias. Essas metodologias fornecem uma abordagem eficaz para identificar novos alvos terapêuticos em uma variedade de tipos de câncer humano.

Introdução

Os tumores malignos da bainha dos nervos periféricos (MPNSTs) são neoplasias de células fusiformes altamente agressivas que surgem em associação com a síndrome de suscetibilidade tumoral neurofibromatose tipo 1 (NF1), esporadicamente na população geral e em locais de radioterapia ^prévia1,2,3. Os pacientes com NF1 nascem com uma cópia selvagem do gene supressor de tumor NF1 e um segundo alelo NF1 com uma mutação de perda de função. Esse estado de haploinsuficiência torna os pacientes com NF1 suscetíveis a uma segunda mutação de perda de função em seu gene