这个视频是一个全基因组平铺路径阵列比较基因组杂交,扫描整个人类基因组只用25-100纳克的DNA,可以从多种来源,包括档案福尔马林固定材料隔离技术示范的杂交协议。
阵列比较基因组杂交(阵列CGH)技术是一种检测DNA片段或基因的基因组中的1剂量的收益和损失的方法。这项技术的最新进展,使高分辨率的整个基因组的遗传变异在癌症和其他遗传性疾病 2鉴定比较。小组Megabase分辨率平铺设置阵列(SMRT)阵列是由一组细菌人工染色体(BAC),跨越2〜100个碱基对的人类基因组(KB)段的克隆约三万重叠。这些BAC的目标是独立的合成和发现重复单一载玻片 2-4 。阵列比较基因组杂交的基础上有竞争力的杂交的原则。样品和参照DNA差异与菁- 3标记和荧光染料菁- 5,和合作的阵列杂交。潜伏期后,未结合的样品从幻灯片冲洗成像阵列。 SeeGH(www.flintbox.ca)免费提供的自定义软件包是用来处理大量的数据收集 – 一个单一的实验产生53892个数据点。 SeeGH可视化之间在每个BAC目标的2样品与5,6染色体的位置,这是垂直对齐的log2信号强度的比值。 SMRT的阵列,可以检测高达50 KB的大小 7小的改动。 SMRT的阵列,可以检测多种,包括DNA的收益,损失,扩增和纯合性缺失的DNA重组事件。 SMRT的阵列的一个独特优势是,可以使用从福尔马林固定石蜡包埋样品中分离DNA。当与非放大的DNA(25 – 100ng)的低投入的要求相结合 ,这使得如7,8显微切割生产的珍贵样品的分析。这要归功于大尺寸每个BAC杂交的目标,让约束力,以生产足够的标记的样品进行检测的信号。这个平台的另一个优势是组织异质性的耐受性,减少繁琐的组织显微切割8的需要。此视频的协议是一个标签输入DNA,通过对整个基因组的瓦片路径SMRT的阵列信号收购一步一步的教程。
质量差的DNA,将不会提供一个良好的杂交个人资料。它是必不可少的,以确保样品和参照DNA污染物,如苯酚,RNA,盐等可能与干预的随机总理标签步骤之前开始杂交实验。例如再悬浮的DNA在Tris – EDTA代替水(TE)是不建议高盐浓度能抑制标记反应。我们建议使用Nanodrop分光光度计测量DNA的数量以及吸光度曲线的整体形状和260/280,二百三十分之二百六十零比例化验DNA的质量。
洗衣机:从杂交盒中删除的幻灯片?…
我们要感谢为编写本文运临实验室的BAC阵列队,特别是三轮铃木和布赖恩志的成员。这项工作是支持由来自加拿大研究所的资金卫生研究院,加拿大基因组/基因组不列颠哥伦比亚省和美国国立卫生研究院/ NIDCR授予RO1 DE15965 – 01。