Name: siRNA導入のための細胞型に特異的な抗HIV gp120のアプタマーの開発 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-06-23T12:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 47 s
Description: 学ぶ HIV-1 gp120ターゲットのRNAアプタマーin vitro選択法。ニトロセルロースフィルターSELEXを用いて高親和性アプタマーを単離し、アプタマー-siRNAキメラによる細胞特異的siRNA導入と抗HIV治療への応用を探索する。

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我々は、有用な議論をブリッタヘーン、桂花日、ハリスSoiferとリサシェーラーに感謝。 CHO - EEとCHO - gp160細胞：この作品は、NIHのエイズ研究とレファレンス試薬プログラム、エイズの部、NIAID、NIHによって得られた健康AI29329と、以下の試薬をJJRに授与HL07470の国立研究所からの補助金によって支えられてライン、pNL4 - 3リュックベクトル、HIV - 1 DAIDSからBALのgp120、NIAID。

<ol><li>Tuerk, C., Gold, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+evolution+of+ligands+by+exponential+enrichment%3A+RNA+ligands+to+bacteriophage+T4+DNA+polymerase%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Science. 249, 505-510 (1990).</li>
<li>Ellington, A. D., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+selection+of+RNA+molecules+that+bind+specific+ligands%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.</a> Nature. 346, 818-822 (1990).</li>
<li>Robertson, D. L., Joyce, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection+in+vitro+of+an+RNA+enzyme+that+specifically+cleaves+single-stranded+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Selection in vitro of an RNA enzyme that specifically cleaves single-stranded DNA.</a> Nature. 344, 467-468 (1990).</li>
<li>Fitzwater, T., Polisky, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+SELEX+primer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">A SELEX primer.</a> Methods Enzymol. 267, 275-301 (1996).</li>
<li>Weiss, C. D., White, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+stable+Chinese+hamster+ovary+cells+expressing+wild-type%2C+secreted%2C+and+glycosylphosphatidylinositol-anchored+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+glycoprotein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Characterization of stable Chinese hamster ovary cells expressing wild-type, secreted, and glycosylphosphatidylinositol-anchored human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein.</a> J Virol. 67, 7060-706 (1993).</li>
<li>Vodicka, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Indicator+cell+lines+for+detection+of+primary+strains+of+human+and+simian+immunodeficiency+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Virology%22%5BJournal%5D)">Indicator cell lines for detection of primary strains of human and simian immunodeficiency viruses.</a> Virology. 233, 193-198> (1997).</li>
<li>Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection%2C+characterization+and+application+of+new+RNA+HIV+gp+120+aptamers+for+facile+delivery+of+Dicer+substrate+siRNAs+into+HIV+infected+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Selection, characterization and application of new RNA HIV gp 120 aptamers for facile delivery of Dicer substrate siRNAs into HIV infected cells.</a> Nucleic Acids Res. , (2009).</li>
<li>Mayer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chemical+biology+of+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Angew+Chem+Int+Ed+Engl%22%5BJournal%5D)">The chemical biology of aptamers.</a> Angew Chem Int Ed Engl. 48, 2672-2689 (2009).</li>
<li>Famulok, M., Hartig, J. S., Mayer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+aptamers+and+aptazymes+in+biotechnology%2C+diagnostics%2C+and+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Rev%22%5BJournal%5D)">Functional aptamers and aptazymes in biotechnology, diagnostics, and therapy.</a> Chem Rev. 107, 3715-3743 (2007).</li>
<li>Chu, T. C., Twu, K. Y., Ellington, A. D., Levy, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aptamer+mediated+siRNA+delivery%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Aptamer mediated siRNA delivery.</a> Nucleic Acids Res. 34, e73-e73 (2006).</li>
<li>McNamara, J. O., 2nd, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+type-specific+delivery+of+siRNAs+with+aptamer-siRNA+chimeras%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Cell type-specific delivery of siRNAs with aptamer-siRNA chimeras.</a> Nat Biotechnol. 24, 1005-1015 (2006).</li>
<li>Dassie, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systemic+administration+of+optimized+aptamer-siRNA+chimeras+promotes+regression+of+PSMA-expressing+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Systemic administration of optimized aptamer-siRNA chimeras promotes regression of PSMA-expressing tumors.</a> Nat Biotechnol. 27, 839-849 (2009).</li>
<li>Zhou, J., Rossi, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+therapeutic+potential+of+cell-internalizing+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Top+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">The therapeutic potential of cell-internalizing aptamers.</a> Curr Top Med Chem. 9, 1144-1157 (2009).</li>
<li>Zhou, J., Li, H., Li, S., Zaia, J., Rossi, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+dual+inhibitory+function+aptamer-siRNA+delivery+system+for+HIV-1+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ther%22%5BJournal%5D)">Novel dual inhibitory function aptamer-siRNA delivery system for HIV-1 therapy.</a> Mol Ther. 16, 1481-1489 (2008).</li>
</ol>

J. RとJZは、&quot;HIV - 1治療のための細胞型に特異的なアプタマー - siRNAのデリバリーシステム&quot;で特許申請中を持っている。 USPTOは、No<strong&gt; 12/328994</strong&gt;、発行日：2009年6月11日。

アプタマーは、in vitroで標的分子に8〜タイト結合、それによって高度に特異的な提供、具体的かつ安定的な三次元形状を想定して核酸を進化させています。低ナノモル結合親和性とそのターゲットへのアプタマーの絶妙な特異性がin vivoイメージング、および治療​​9 で 、それらの診断のための多目的なツールとして利用できます。標的siRNA導入のためのアプタマー技術の出現によりそれが今のsiRNA 10-12受容体介在性エンドサイトーシスのためのアプタマー結合機能を使用することは可能です。膜受容体に対して惹起アプタマーは、治療効果を高めるだけでなく、薬の望ましくない毒性副作用を減少させることができる細胞型特異的に13で明確な疾患や組織を標的とする有望な送達ビヒクルとして浮上している。 これまでのところ、悪性細胞の特定の細胞型またはサブポピュレーションが正常に蛋白質ベースのSELEXまたは無傷の細胞ベースのSELEXプロセスのいずれかの伝統的な精製...

<table border="1"><tbody><tr><th>試薬の名前</th><th>会社</th><th>カタログ番号</th><th>コメント（省略可能） </th></tr><tr><td> MF -ミリポアメンブレンフィルタ</td><td>ミリポア</td><td> HAWP01300 </td><td>孔径0.45μmの</td></tr><tr><td> Swinnexフィルターホルダー</td><td>ミリポア</td><td> SX0001300 </td><td> 13mmの直径</td></tr><tr><td> QIAquickゲル抽出キット</td><td> QIAGEN </td><td> 28706 </td><td> DNAの精製</td></tr><tr><td>マイクロコンYM - 30カラム</td><td>ミリポア</td><td> 42410 </td><td> RNAの濃度</td></tr><tr><td>バイオスピン30カラム</td><td> Bio - Rad社</td><td> 732-6250 </td><td> RNA精製</td></tr><tr><td> TaqのPCRのDNAポリメラーゼ</td><td>シグマアルドリッチ</td><td> D1806 </td><td></td></tr><tr><td> ThermoScript RT - PCRシステム</td><td>インビトロジェン</td><td> 11146-024 </td><td></td></tr><tr><td> T7転写キットをDuraScribe </td><td>シャーロット</td><td> DS010925 </td><td></td></tr><tr><td> PCR用のdNTP </td><td>ロッシュ</td><td> 1 581 295 </td><td></td></tr><tr><td>リボ核酸、大腸菌からの転送</td><td>シグマアルドリッチ</td><td> R1753 </td><td> tRNAの競合</td></tr><tr><td> HIV - 1 Baの- Lのgp120タンパク質</td><td>エイズの研究およびリファレンス試薬プログラム</td><td> 4961 </td><td>標的タンパク質</td></tr><tr><td>サイレンサーsiRNAの標識キット - Cy3標識</td><td>アンビオン</td><td> 1632 </td><td></td></tr><tr><td>酸5月1日クロロホルム/フェノール溶液（pH 4.5） </td><td>アンビオン</td><td> AM9720 </td><td></td></tr><tr><td>クロロホルム/イソプロパノール1分の24のソリューション</td><td>シグマ</td><td> C0549 </td><td></td></tr><tr><td>ウシ腸ホスファターゼ（CIP） </td><td>ニューイングランドBioLab </td><td> M0290L </td><td></td></tr><tr><td> T4ポリヌクレオチドキナーゼ</td><td>ニューイングランドBioLab </td><td> M0201L </td><td></td></tr><tr><td>グリコーゲン</td><td>ロッシュ</td><td> 10 901 393 001 </td><td> RNA沈殿</td></tr><tr><td> γ- 32 P - ATP </td><td> MPバイオメディカル</td><td> 013502002 </td><td> Radiactivity </td></tr><tr><td> 40パーセントAccuGel夜07時01分</td><td>ナショナル診断</td><td> EC - 850 </td><td></td></tr><tr><td> 10xTBE </td><td>ナショナル診断</td><td> EC - 860 </td><td></td></tr><tr><td> N、N、N、N&#39; -テトラメチルエチレンジアミン（TMEMD） </td><td>シグマアルドリッチ</td><td> T9281 </td><td></td></tr><tr><td>過硫酸アンモニウム（APS） </td><td>シグマアルドリッチ</td><td> A3678 </td><td></td></tr><tr><td> L - methioineスルホキシ</td><td>シグマアルドリッチ</td><td> M5379 - 250ミリグラム</td><td></td></tr><tr><td> RPMIメディア1640 </td><td>インビトロジェン</td><td> 11835-030 </td><td></td></tr><tr><td>重炭酸ナトリウム溶液、7.5％w / vの</td><td>インビトロジェン</td><td> 25080-094 </td><td></td></tr><tr><td>最小必須培地（MEM）（10） </td><td>インビトロジェン</td><td> 11430-030 </td><td></td></tr><tr><td> MEM非必須アミノ酸（100） </td><td>インビトロジェン</td><td> 11140-050 </td><td></td></tr><tr><td>をpCR 2.1とTAクローニングキット</td><td>インビトロジェン</td><td> K2040 - 01 </td><td></td></tr></tbody></table>

sirna導入のための細胞型に特異的な抗hiv gp120のアプタマーの開発

Development of Cell-type specific anti-HIV gp120 aptamers for siRNA delivery

HIVによる感染の世界的流行は、抗レトロウイルス薬の新しいクラスのための緊急の必要性を作成しています。相補的RNA転写産物の発現を阻害する低分子干渉（SI）RNAの強力な能力は、HIVを含む疾患の様々な治療薬の新しいクラスとして悪用されています。多くのこれまでの報告では、新たなRNAiベースanti-HIV/AIDS治療戦略は、かなりの期待を持っていることが示されているが、成功した治療への応用およびsiRNAの臨床翻訳の鍵の障害は、効率的な配信です。特に、RNAiベースの治療薬の安全性と有効性を検討し、それは特定の細胞集団または組織に標的細胞内のsiRNA導入のアプローチを開発することが極めて望ましい。 HIV - 1のgp120タンパク質、HIV - 1の表面上の糖タンパク質のエンベロープは、CD4細胞へのウイルスの侵入に重要な役割を果たしている。 HIV - 1のエントリをトリガし、細胞融合を開始することをgp120とCD4の相互作用は、薬物発見のための臨床的に関連する抗ウイルス戦略として検証されています。 ここで、我々はまず、2&#39; - F改変抗HIV gp120のRNAアプタマーの選択と識別を議論する。従来のニトロセルロースフィルターSELEX法を用いて、ナノモル親和性を持ついくつかの新しいアプタマーは、50のランダムなNT RNAライブラリーから単離された。が正常に高い親和性で結合した種を得るためには、選択のストリンジェンシーは、慎重に条件を調整することによって制御される。選択されたアプタマーは、特異的に結合することができ、急速にHIV - 1エンベロープタンパク質を発現する細胞に取り込まれる。さらに、単独でアプタマーはHIV - 1感染を中和することができる。最高のアプタマー- 1に基づき、我々はまた、アプタマーやsiRNAの両方の部分が強力な抗HIV活性を持つ新規な二重の阻害機能抗gp120のアプタマー - siRNAのキメラを作成してください。さらに、我々はHIV - 1感染細胞へのsiRNAの細胞型特異的送達のためのgp120アプタマー - siRNAのキメラを利用する。キメラこの二重の機能は、抑制するHIV - 1感染の様々な核酸治療薬を（アプタマーとsiRNA）を組み合わせた高活性抗レトロウイルス療法（HAART）を失敗した患者のためのアプタマー - siRNAのキメラの魅力的な治療候補者を作るための大きな可能性を示しています。

ナノモル親和性HIV - 1BA - Lのgp120に対するいくつかの2&#39; -フルオロRNAアプタマーは、RNAのライブラリーからで隔離されています<em&gt; in vitroで</em&gt; SELEX手順。新しいデュアル阻害機能抗gp120のアプタマー - siRNAのキメラが作成され、全身の抗HIV治療のためにかなりの期待を示しています。

siRNA導入のための細胞型に特異的な抗HIV gp120のアプタマーの開発

HIV感染の世界的な流行により、新しいクラスの抗レトロウイルス薬に対する急務が生じています。小型干渉...

以下の実験の全体的な目的は、ニトロセルロース膜を用いて、HIV-1 gp120タンパク質に対するRNA Aptimaをin vitroで生成することです。これはPCRと、それに続くin vitro T7転写によって達成されます。第2ステップとして、初期DNAおよびランダムRNAライブラリを調製し、標的タンパク質とRNAライブラリの混合物を事前に湿らせたニトロセルロースフィルターに適用することで、結合したRNA分子を未結合のRNA種から分離します。12回の選別サイクル後、ライブラリから個々のRNAアプタマー候補を特定するために、RNAライブラリのクローニングとシーケンシングを行います。ゲルシフトアッセイおよび共焦点顕微鏡観察に基づき、ナノモル濃度の親和性を持つ複数の新しいアプタマーを特定する結果が得られました。ビーズやカラムを用いた分離法などの既存の手法と比較した本手法の主な利点は簡便であることであり、タンパク質をビーズに固定化するなど、タンパク質やライブラリの前処理を必要としません。抗HIV GP120 RNAアプタマー分離用のRNAライブラリは、50ヌクレオチドのランダム配列を含む市販の合成DNAライブラリから調製します。一本鎖DNAオリゴライブラリの配列は81ヌクレオチドの長さです。この図に示すように、ランダム領域は、5'末端の30の腫瘍領域と3'末端の16 MAという定常領域によって挟まれています。定常領域には、in vitro転写用のT7プロモーターと、RT-PCR用の3'タグが含まれています。元のDNAライブラリの組成（アバンダンス）を維持するため、PCRサイクル数を10サイクルに制限し、一本鎖DNAオリゴランダムライブラリを増幅させます。PCR反応後、増幅された二本鎖DNAプールをゲル精製キットを用いて回収します。次に、製造者の指示に従いcriptキットを用いて二本鎖DNAをRNAライブラリに変換します。なお、転写反応液中のCTPおよびUTPを、リボヌクレアーゼ耐性RNAを生成するために2-フルオロピリミジンCTPおよび2-フルオロピリミジンUTPに置き換えてください。転写反応が完了したら、DS1で反応液を消化してテンプレートDNAを除去し、8%ポリアクリルアミド・7M尿素ゲルを用いて精製します。最後に、UV分光光度計を用いて精製したRNAライブラリーを定量します。オプティマーの選別を行う前に、必要なバッファーを調製し、適切な温度で保存してください。室温で保存したHeapsバッファーと、-20 °Cで保存したRNAリフォールディング用およびRNA結合用バッファーを用意します。選択の第1サイクルを開始する前に、フィルターへの非特異的結合を最小限に抑えるため、ランダムRNAプールを室温で30分間、あらかじめ濡らしたニトロセルロースフィルターに前処理し

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免疫学と感染症

抗体の中和を評価し、効果的なワクチン免疫原の設計を導くためには、ウイルス表面抗原のコンフォメーションを理解する必要があります。ここでは、トランスフェクションされた細胞の表面に発現する三量体HIV-1...

細胞ベースのELISAアッセイを使用して、HIV-1エンベロープ糖タンパク質三量体の構造評価

ここでは、実証の原則二価のアデノウイルス5型（Ad5）ベクトルを生成するためのプロトコルを提示するAd5 / H5-HVR1-KWAS-HVR5 -彼の6抗原キャプシド取り込み戦略を利用することによって。このベクターは、定性的フィットネス、Ad5の陽性in vitroでの血清、および抗原性ならびに組み込まれた抗原に対する免疫原性を脱出する能力を示すことが実証されました。...

アデノウイルス血清型5ベクターワクチンアプローチの開発のための抗原キャプシド取り込み戦略を活用

HIV-1複製サイクルの統合後のステップを標的とするRNA分子の有効性と毒性を評価する方法が説明されています。これらの方法は、新しい分子をスクリーニングし、既存の分子のフォーマットを最適化するのに役立ちます。...

遺伝子または薬物療法で使用するためのHIV-1産生を標的RNAの有効性および毒性の評価

酸化アルミニウム コーティング ガラスに添付ファイルのN型糖鎖の合成にモジュラー アプローチは、糖鎖マイクロ アレイを開発し、広く中和抗体、HIV のプロファイリングの使用が示されている (ACG スライド)...

N型糖鎖アレイ開発および HIV 抗体のための化学酵素合成プロファイリング

HIV 1 融合を介して流れ cytometry または蛍光顕微鏡による検出可能な緑の蛍光蛋白質の表現を報告する細胞に基づく試金を記述します。無料のセル、セルを感染システムでウイルスのエントリ (特にの融合手順)...

高スループットの Cre Lox 活性化ウイルスの膜融合アッセイの HIV-1 ウイルス膜融合阻害剤を識別するために

ここでは、ワクチン開発に使用する自己組織化タンパク質ナノ粒子(SAPN)の精製、再折りたたみ、および特性評価について詳しく説明します。...

トリマーエピトーププレゼンテーションを必要とするワクチンに対する大腸菌の自己組織化タンパク質ナノ粒子の産生

pIRES2-ZSGreen1-rAbs-APN-CHO細胞で発現する組換え抗体タンパク質と、従来のハイブリドーマ技術を使用して産生されたモノクローナル抗体は、ブタアミノペプチダーゼN(APN)タンパク質を認識して結合することができます。...

ブタ腸粘膜上皮におけるアミノペプチダーゼNを標的とするモノクローナル抗体の作製

ここでは、抗原表示ウイルス様粒子(VLPs)上の中和エピトープを検出するプロトコルを提示する。ヒト免疫不全ウイルス(HIV)由来VLPの免疫沈降は、G結合型磁気ビーズのタンパク質に結合したエンベロープ糖タンパク質特異的モノクローナル抗体を用いて行う。捕獲されたVLPは、その後、SDS-PAGEおよびウイルスコアタンパク質Gag特異的抗体を採用したウェスタンブロット分析を行う。...

捕捉アッセイを用いたウイルス様粒子(VLP)ベースワクチンに対する抗原中中和感受性エピトープの検出

抗体のグリコシル化パターンは、その臨床的性能を決定し、したがって、グリコシル化を制御するための産業的および学術的努力は持続する。典型的な糖工学キャンペーンは時間と労力を要するため、一過性サイレンシングを使用してグリコシル化遺伝子の影響を特徴付けるための迅速なプロトコルの生成が有用であることが証明されるであろう。...

チャイニーズハムスター卵巣細胞における迅速な抗体糖工学

感染性ウイルスのみに結合し、消毒法によって非感染性にされたウイルスや他の同様のウイルスには結合しない選択されたアプタマーに一般的に適用できるプロトコルを提供します。これにより、ポータブルで迅速なテストで感染状態を判断する可能性が開かれます。...

感染性ウイルスと非感染性ウイルスを区別するためのアプタマーのin vitro選択

学ぶ HIV-1 gp120ターゲットのRNAアプタマーin vitro選択法。ニトロセルロースフィルターSELEXを用いて高親和性アプタマーを単離し、アプタマー-siRNAキメラによる細胞特異的siRNA導入と抗HIV治療への応用を探索する。

siRNA導入のための細胞型に特異的な抗HIV gp120のアプタマーの開発

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