En metod för metabolit extraktion från mikrobiella planktoniska samhällen presenteras. Hela samhället provtagning åstadkommas genom filtrering på speciellt beredd filter. Efter lyofilisering, är vatten-lösliga metaboliter extraheras. Detta tillvägagångssätt möjliggör tillämpningen av miljövänlig metabolomik till trans-Omics undersökningar av naturliga eller experimentell mikrobiella samhällen.