Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) and DNA-affinity Precipitation Assay (DAPA)

Daniel E. Miller; Zubin H. Patel; Xiaoming Lu; Arthur T. Lynch; Matthew T. Weirauch; Leah C. Kottyan

doi:10.3791/54093

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कार्यात्मक गैर-कोडिंग आनुवंशिक वेरिएंट के लिए स्क्रीनिंग का उपयोग electrophoretic गतिशीलता शिफ्ट परख (EMSA) और डीएनए आत्मीयता वर्षा परख (DAPA)

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Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) and DNA-affinity Precipitation Assay (DAPA)

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कार्यात्मक गैर-कोडिंग आनुवंशिक वेरिएंट के लिए स्क्रीनिंग का उपयोग electrophoretic गतिशीलता शिफ्ट परख (EMSA) और डीएनए आत्मीयता वर्षा परख (DAPA)

DOI:

10.3791/54093-v

•

11:35 min

•

August 21, 2016

•

Daniel E. Miller, Zubin H. Patel^2,3, Xiaoming Lu³, Arthur T. Lynch, Matthew T. Weirauch*^1,4, Leah C. Kottyan*¹

¹Center for Autoimmune Genomics and Etiology,Cincinnati Children’s Hospital, ²Medical Scientist Training Program,University of Cincinnati, ³Immunology Graduate Program,University of Cincinnati, ⁴Divisions of Biomedical Informatics and Developmental Biology,Cincinnati Children’s Hospital

Capítulos

00:05Título
00:56Preparation of Nuclear Lysate from Cultured Cells
03:19Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
06:56DNA Affinity Purification Assay (DAPA)
09:37Results: Non-coding Genetic Variants Affect Transcription Factor DNA Binding
11:04Conclusion

Summary

Tadução automática

We present a strategic plan and protocol for identifying non-coding genetic variants affecting transcription factor (TF) DNA binding. A detailed experimental protocol is provided for electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and DNA affinity precipitation assay (DAPA) analysis of genotype-dependent TF DNA binding.

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