Séquençage de l'ARN

Parmi les différentes méthodes pour évaluer l’expression des gènes, le séquençage haut débit d’ARN, ou RNA-Seq. est particulièrement intéressante, car il peut être interprété et analysé sans se baser sur des données génomiques disponibles. Au cours de RNA-seq, RNA isolée d’échantillons d’intérêt est utilisé pour générer une bibliothèque d’ADN, qui est ensuite amplifiée et séquencée. En fin de compte, RNA-seq peut déterminer quels gènes sont exprimés, les niveaux de leur expression et la présence de toutes les transcriptions inédites.

JoVE présente ici les principes de base derrière la RNA-Seq. Nous discutons ensuite les étapes expérimentales et analytiques d’un protocole général de RNA-seq. Enfin, nous examinons comment les chercheurs utilisent actuellement RNA-seq, par exemple, pour comparer l’expression des gènes entre les différents échantillons biologiques ou pour caractériser les interactions de protéine-ARN.