Mens multifotonavbildning bare er effektiv på begrensede dybder fra vevets overflate, er det mulig å oppnå 3 μm oppløsningsavbildning på hvilken som helst dybde via pCLE. Her presenterer vi en protokoll for å gjennomføre pCLE-avbildning for å måle mikrovaskulær dynamikk i hippocampus hos iktale og villtypemus.