CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells

Benjamin L. Kidder

doi:10.3791/57481

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CAIRP-Seq et ChIP-Seq : méthodes pour identifier les ARN associée à la chromatine et Interactions protéine-ADN dans les cellules souches embryonnaires

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CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells

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CAIRP-Seq et ChIP-Seq : méthodes pour identifier les ARN associée à la chromatine et Interactions protéine-ADN dans les cellules souches embryonnaires

DOI:

10.3791/57481-v

•

11:13 min

•

May 25, 2018

•

Benjamin L. Kidder²

¹Department of Oncology,Wayne State University School of Medicine, ²Karmanos Cancer Institute,Wayne State University School of Medicine

Capítulos

00:04Título
01:02Crosslinking of Embryonic Stem Cells for ChIP and CARIP
02:29Chromatin Sonication for ChIP and CARIP
03:48ChIP and CARIP Process
07:12Double-stranded cDNA Synthesis for CARIP-Seq
08:53Use of ChIP-Seq and CARIP-Seq to Study Global Protein-DNA Interactions and Chromatin-Associated RNAs in Embryonic Stem Cells
10:43Conclusion

Summary

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Ici, nous décrivons des méthodes pour effectuer des ChIP-Seq et cartes de CAIRP-Seq, y compris la préparation de la bibliothèque pour l’ordonnancement de nouvelle génération, pour générer l’épigénomique global et l’ARN associée à la chromatine dans les cellules ES.

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