CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells

Benjamin L. Kidder

doi:10.3791/57481

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CARIP-Seq y ChIP-Seq: métodos para identificar cromatina asociada RNAs y las interacciones DNA proteína en las células madre embrionarias

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Biologia do Desenvolvimento

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CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells

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CARIP-Seq y ChIP-Seq: métodos para identificar cromatina asociada RNAs y las interacciones DNA proteína en las células madre embrionarias

DOI:

10.3791/57481-v

•

11:13 min

•

May 25, 2018

•

Benjamin L. Kidder²

¹Department of Oncology,Wayne State University School of Medicine, ²Karmanos Cancer Institute,Wayne State University School of Medicine

Capítulos

00:04Título
01:02Crosslinking of Embryonic Stem Cells for ChIP and CARIP
02:29Chromatin Sonication for ChIP and CARIP
03:48ChIP and CARIP Process
07:12Double-stranded cDNA Synthesis for CARIP-Seq
08:53Use of ChIP-Seq and CARIP-Seq to Study Global Protein-DNA Interactions and Chromatin-Associated RNAs in Embryonic Stem Cells
10:43Conclusion

Summary

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Aquí, describimos los métodos para realizar ChIP-Seq y mapas de CARIP-Seq, incluyendo preparación de biblioteca para secuenciación de próxima generación, generar global epigenómica y RNA asociada a la cromatina en células madre embrionarias.

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