Här beskriver vi en i situ hybridisering analys som gör det möjligt för känsligt och specifikt påvisande av sekvenser så kort som 50 nukleotider med single-nucleotide upplösning på enskild cell nivå. Analysen, som kan utföras manuellt eller automatiskt, kan aktivera visualisering av skarv varianter, korta sekvenser och mutationer inom ramen för vävnad.