Journal
/
Bioquímica
/
Met behulp van de open-source MALDI TOF-MS IDBac pijpleiding voor analyse van microbiële eiwitten en gespecialiseerde metaboliet gegevens
JoVE Journal
Bioquímica
This content is Free Access.
JoVE Journal Bioquímica
Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Met behulp van de open-source MALDI TOF-MS IDBac pijpleiding voor analyse van microbiële eiwitten en gespecialiseerde metaboliet gegevens

DOI:
10.3791/59219-v

•

09:29 min

•

May 15, 2019

•

, , , , ,
1Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, College of Pharmacy,University of Illinois at Chicago, 2Faculty of Pharmaceutical Sciences,University of Iceland

Capítulos

  • 00:04Título
  • 01:10Preparation of MALDI Target Plates and Data Acquisition
  • 02:02Installing the IDBac Software and Starting with Raw Data
  • 02:47Work with Previous Experiments
  • 03:22Setting up Protein Data Analysis and Creating Mirror Plots
  • 04:07Clustering Samples Using Protein Data
  • 04:49Customizing the Protein Dendrogram and Inserting Samples from a Separate Experiment into the Dendrogram
  • 05:32Analyzing Specialized Metabolite Data and Metabolite Association Networks (MANs)
  • 06:51Results: Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data by IDBac
  • 08:28Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

IDBac is een open-source massaspectrometrie gebaseerde bioinformatica pijpleiding die gegevens van zowel intact eiwit en gespecialiseerde metaboliet spectra, verzameld op celmateriaal geschuurd uit bacteriële kolonies integreert. De pijpleiding stelt onderzoekers in staat om snel honderden tot duizenden bacteriële kolonies in putatieve taxonomische groepen te organiseren en ze verder te differentiëren op basis van gespecialiseerde metaboliet productie.

Tags

MALDI TOF-MSIDBacMicrobial ProteinSpecialized MetaboliteBacterial IdentificationSoftwareMass SpectrometryMALDI MatrixData AnalysisBacterial ColoniesProtein SpectraMetabolite SpectraData Processing

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

check_url/pt/59219?article_type=v

Methode voor het identificeren van kleinmoleculige remmers van het eiwit-eiwit interactie tussen HCN1 en TRIP8b
check_url/pt/59219?article_type=v

Gebruik Steiger Liposomen lipide-proximale eiwit-eiwit interacties reconstitueren<em> In Vitro</em
check_url/pt/59219?article_type=v

Beoordelen van de levensvatbaarheid van een synthetische bacteriële Consortium op de In Vitro -Interface van het Gut-Host-microbe
check_url/pt/59219?article_type=v

2 in 1: stap zuivering van de affiniteit voor de parallelle analyse van eiwit-eiwit en eiwit-metaboliet complexen
check_url/pt/59219?article_type=v

Proeflezen en DNA Repair Assay met behulp van één Nucleotide uitbreiding en MALDI-TOF massa spectrometrie analyse
check_url/pt/59219?article_type=v

Kalibratie-gratis In Vitro kwantificering van eiwit Homo-oligomerisatie met behulp van commerciële instrumentatie en Software van de analyse van de helderheid van gratis, Open Source
check_url/pt/59219?article_type=v

Nauwkeurige en nauwkeurige FRET-metingen met één molecuul uitvoeren met behulp van de Open-Source smfBox
check_url/pt/59219?article_type=v

Shotgun Proteomics Sample Processing geautomatiseerd door een open-source labrobot
check_url/pt/59219?article_type=v

Single-Particle Cryo-EM Data Collection met Stage Tilt met Leginon
check_url/pt/59219?article_type=v

Een open-source raamwerk voor massaberekening van op antilichamen gebaseerde therapeutische moleculen

Read Article