Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis of the Fish-pathogenic Bacterium <em>Yersinia ruckeri</em> by Multiplex PCR and Capillary Electrophoresis

00:04Título
00:53Bacterial Cultivation and Extraction of Genomic DNA
01:54Multiplex PCR Setup and Cycling Conditions
03:14PCR Amplicon Confirmation by Gel Electrophoresis
04:37Capillary Electrophoresis Setup and Run Conditions
06:06VNTR (Variable-number Tandem-repeat) Size Calling, Repeat Count Calculation and MLVA (Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis) Profiling
07:36Minimum Spanning Tree Cluster Analysis of MLVA Data
09:21Results: Gel Electrophoresis, Electropherograms, and Minimum Spanning Tree
10:09Conclusion

Summary

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L'analyse multilocus à répétition en tandem (MLVA) présentée ici permet un génotypage à haute résolution peu coûteux, robuste et portable de la bactérie poisson-pathogène Yersinia ruckeri. Partant de cultures pures, l'essai utilise le multiplex PCR et l'électrophoresis capillaire pour produire des profils MLVA à dix loci pour des applications en aval.

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