Här presenterar vi ett protokoll som beskriver hur man i) monterar en självreplikerande vektor med hjälp av CyanoGate Modular kloning Toolkit, II) introducera vektorn i en cyanobakterial värd genom konjugering, och III) karakterisera transgena cyanobakterier-stammar med hjälp av en Plattläsare eller flödescytometri.