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플래그-비오틴 탠덤 정화에 의해 중재된 상호 연결 및 면역 침전을 통해 단백질-RNA 상호 작용의 전사-전체 프로파일링

JoVE Journal
Genética

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Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification

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플래그-비오틴 탠덤 정화에 의해 중재된 상호 연결 및 면역 침전을 통해 단백질-RNA 상호 작용의 전사-전체 프로파일링

DOI:

10.3791/60730-v

•

08:46 min

•

May 18, 2020

•

Xianju Bi², Xuechun Zhang, Xiaohua Shen

¹Tsinghua-Peking Center for Life Sciences, School of Medicine and School of Life Sciences,Tsinghua University, ²Department of Molecular Biology,University of Texas Southwestern Medical Center

Capítulos

00:04Introduction
00:41Crosslinking
02:44Immunoprecipitation
05:31Dephosphorylation and PNK Treatment
06:53Results: WDR43 and LIN28 ^FbioCLIP-seq
08:17Conclusion

Summary

Tadução automática

여기서 우리는 포유류 세포에서 RNA 결합 단백질 (RBPs)의 RNA 표적을 결정하기 위하여 플래그 비오틴 탠덤 정제를 가진 ^FbioCLIP-seq에게 불린 수정된 CLIP-seq 프로토콜을 제시합니다.

Tags

Keywords: Protein-RNA Interactions CLIP-seq FLAG-Biotin Transcriptome-wide Profiling RBPs Mammalian Cells Direct Protein-bound RNAs Isotope-free SDS-PAGE Membrane Transfer Mouse Embryonic Stem Cells UV Cross-linking Cell Lysis DNase I Treatment FLAG Beads FLAG Peptide Elution

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