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Substructure Analyzer: A User-Friendly Workflow for Rapid Exploration and Accurate Analysis of Cellular Bodies in Fluorescence Microscopy Images

Analisador de subestrutura: Um fluxo de trabalho fácil de usar para exploração rápida e análise precisa de corpos celulares em imagens de microscopia de fluorescência

DOI:
10.3791/60990-v

•

14:28 min

•

July 15, 2020

•

, , , , , ,
1Université de Lorraine, CNRS, IMoPA F54000 Nancy France, 2Institut Pasteur, BioImage Analysis Unit, CNRS UMR 3691, Paris, France.

Capítulos

  • 00:00Introduction
  • 01:06Download Icy and the “Substructure Analyzer” Protocol on Icy Website
  • 01:30Opening the Protocol
  • 02:03Interacting with the Workflow on Icy
  • 02:49Merging of the Channels of an Image
  • 04:57Segmentation of the Regions of Interest
  • 07:42Fluorescent Signal Detection and Analysis
  • 09:25Run the Protocol
  • 10:35Representative Results
  • 13:48Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

Apresentamos um fluxo de trabalho livremente disponível construído para rápida exploração e análise precisa de corpos celulares em compartimentos celulares específicos em imagens de microscopia de fluorescência. Este fluxo de trabalho fácil de usar é projetado no software de código aberto Icy e também usa funcionalidades ImageJ. O gasoduto é acessível sem conhecimento em análise de imagens.

Tags

Keywords: Substructure AnalyzerUser-friendly WorkflowRapid ExplorationAccurate AnalysisCellular BodiesFluorescence MicroscopyImage SegmentationROI AnalysisIcy SoftwareMulti-channel Image ProcessingImage PreprocessingFeature ExtractionAutomated Data Export

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