Monitoring Protein-RNA Interaction Dynamics In Vivo at High Temporal Resolution Using &#967;CRAC

Stuart  W. McKellar; Ivayla Ivanova; Robert  W. van Nues; Ross A. Cordiner; Mehak Chauhan; Niki Christopoulou; Will Worboys; Andrew Langford; Torben Heick Jensen; Sander Granneman

doi:10.3791/61027

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Bioquímica

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Monitorización de la dinámica de interacción proteína-ARN in vivo a alta resolución temporal utilizando χCRAC

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Bioquímica

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JoVE Journal Bioquímica

Monitoring Protein-RNA Interaction Dynamics In Vivo at High Temporal Resolution Using χCRAC

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Monitorización de la dinámica de interacción proteína-ARN in vivo a alta resolución temporal utilizando χCRAC

DOI:

10.3791/61027-v

•

09:15 min

•

May 09, 2020

•

Stuart W. McKellar, Ivayla Ivanova, Robert W. van Nues, Ross A. Cordiner, Mehak Chauhan, Niki Christopoulou, Will Worboys, Andrew Langford, Torben Heick Jensen, Sander Granneman

¹Centre for Engineering Biology,University of Edinburgh, ²Institute of Cell Biology,University of Edinburgh, ³Department of Molecular Biology and Genetics,Aarhus University, ⁴UVO3 Ltd.

Capítulos

00:04Introduction
00:58UV Crosslinking and Lysate Production
03:18Elution and SDS-PAGE
05:24PCR and Gel Extraction
07:06Results: Temporal Binding of Nrd1 to its Targets
08:47Conclusion

Summary

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La reticulación cinética y el análisis del ADNc es un método que permite la investigación de la dinámica de las interacciones proteína-ARN en células vivas a alta resolución temporal. Aquí se describe el protocolo en detalle, incluido el crecimiento de células de levadura, la reticulación UV, la recolección, la purificación de proteínas y los pasos de preparación de la biblioteca de secuenciación de próxima generación.

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