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Mappatura ad alta risoluzione delle interazioni proteina-DNA nei neuroni derivati dalle cellule staminali del topo utilizzando l'immunoprecipitazione-esonucleasi della cromatina (ChIP-Exo)
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High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)
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Mappatura ad alta risoluzione delle interazioni proteina-DNA nei neuroni derivati dalle cellule staminali del topo utilizzando l'immunoprecipitazione-esonucleasi della cromatina (ChIP-Exo)

DOI:
10.3791/61124-v

•

08:40 min

•

August 14, 2020

•

,
1Department of Cell and Systems Biology,University of Toronto, 2Department of Biology,University of Toronto

Capítulos

  • 00:05Introduction
  • 00:21Antibody Incubation with Beads
  • 01:35Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
  • 02:56Enzymatic Reactions on Beads
  • 04:59Elution and Purification
  • 05:43Library Preparation
  • 06:50Results: ChIP-exo Produces High Mapping Resolution
  • 08:04Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

La determinazione precisa delle posizioni di legame proteico in tutto il genoma è importante per comprendere la regolazione genica. Qui descriviamo un metodo di mappatura genomica che tratta il DNA immunoprecipitato di cromatina con digestione dell'esonucleasi (ChIP-exo) seguito da sequenziamento ad alta produttività. Questo metodo rileva le interazioni proteina-DNA con una risoluzione di mappatura vicina alla coppia di basi e un elevato rapporto segnale-rumore nei neuroni dei mammiferi.

Tags

ChIP-exoProtein-DNA InteractionsChromatin ImmunoprecipitationHigh-resolution MappingMouse Stem Cell-derived NeuronsMagnetic BeadsBlocking SolutionIslet-1 AntibodySonicated LysatesWash BufferEnd Prep Reaction MixEnd Prep Enzyme Mix

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