Journal
/
Biologia
/
Worm-align en Worm_CP, Twee Open-Source Pipelines voor straightening en kwantificering van fluorescentie beeldgegevens verkregen van Caenorhabditis elegans
JoVE Journal
Biologia
This content is Free Access.
JoVE Journal Biologia
Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Worm-align en Worm_CP, Twee Open-Source Pipelines voor straightening en kwantificering van fluorescentie beeldgegevens verkregen van Caenorhabditis elegans

DOI:
10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

, , , ,
1Babraham Institute

Capítulos

  • 00:05Introduction
  • 00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
  • 02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
  • 06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
  • 08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
  • 09:50Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

Worm-align/Worm_CP is een eenvoudige FIJI / CellProfiler workflow die kan worden gebruikt om recht te maken en uit te lijnen Caenorhabditis elegans monsters en om hele worm beeld-gebaseerde tests te scoren zonder de noodzaak van voorafgaande training stappen. We hebben Worm-align/Worm_CP toegepast op de kwantificering van warmte-shock geïnduceerde expressie bij levende dieren of lipide druppels in vaste monsters.

Tags

Worm-alignWorm CPCaenorhabditis ElegansFluorescence Image DataStraighteningQuantificationFijiCellProfilerMouth MicropipetteMounting MediumAgarose PadLevamisoleImage Analysis

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

check_url/pt/61136?article_type=v

Imaging C. elegans Embryo's met behulp van een epifluorescerende Microscoop en Open Source Software
check_url/pt/61136?article_type=v

Vampiric Isolatie van extracellulaire vloeistof uit<em> Caenorhabditis elegans</em
check_url/pt/61136?article_type=v

Basis-<em> Caenorhabditis elegans</em> Methoden: Synchronisatie-en-
check_url/pt/61136?article_type=v

Workflow voor High-inhoud, individuele cel Kwantificering van fluorescente merkers van Universal Microscoop gegevens, Ondersteund door Open Source Software
check_url/pt/61136?article_type=v

Tracking en kwantificeren van ontwikkelingsprocessen in<em> C. elegans</em> Het gebruik van open-source tools
check_url/pt/61136?article_type=v

Observatie en kwantificering van telomeren en repetitieve sequenties met behulp van fluorescentie<em> In Situ</em> Hybridisatie (FISH) met PNA Probes in<em> Caenorhabditis elegans</em
check_url/pt/61136?article_type=v

Open Source High Content Analysis Door gebruik te maken van de automaten Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy
check_url/pt/61136?article_type=v

Open-source Single-deeltje Analyse voor Super-resolutie microscopie met VirusMapper
check_url/pt/61136?article_type=v

Kwantificering van lipide overvloed en evaluatie van de distributie van het lipide in Caenorhabditis elegans door Nile rood en olie Red O kleuring
check_url/pt/61136?article_type=v

IR-TEx: een open source data-integratie tool voor Big Data transcriptomics ontworpen voor de malaria vector Anopheles gambiae

Read Article