Det beskrivna protokollet ger en optimerad kvantitativ proteomikanalys av vävnadsprover med hjälp av två metoder: etikettbaserad och etikettfri kvantifiering. Etikettbaserade metoder har fördelen av mer exakt kvantifiering av proteiner, medan ett etikettfritt tillvägagångssätt är mer kostnadseffektivt och används för att analysera hundratals prover av en kohort.