Den beskrevne protokollen gir en optimalisert kvantitativ proteomikkanalyse av vevsprøver ved hjelp av to tilnærminger: etikettbasert og etikettfri kvantasjon. Etikettbaserte tilnærminger har fordelen av mer nøyaktig mengde proteiner, mens en etikettfri tilnærming er mer kostnadseffektiv og brukes til å analysere hundrevis av prøver av en kohort.