وطبق تحليل الشبكة لتقييم ارتباط مختلف المجتمعات الميكروبية الإيكولوجية، مثل التربة والمياه ورهيزوسفير. يقدم هنا بروتوكول حول كيفية استخدام خوارزمية WGCNA لتحليل شبكات التواجد المشترك المختلفة التي قد تحدث في المجتمعات الميكروبية بسبب بيئات بيئية مختلفة.