Netwerkanalyse werd toegepast om de associatie van verschillende ecologische microbiële gemeenschappen, zoals bodem, water en rhizosfeer, te evalueren. Hier wordt een protocol gepresenteerd over het gebruik van het WGCNA-algoritme om verschillende co-occurrence netwerken te analyseren die kunnen optreden in de microbiële gemeenschappen als gevolg van verschillende ecologische omgevingen.