ניתוח רשת הוחל כדי להעריך את הקשר של קהילות מיקרוביות אקולוגיות שונות, כגון אדמה, מים וריזוספירה. מוצג כאן פרוטוקול כיצד להשתמש באלגוריתם WGCNA כדי לנתח רשתות שונות של התרחשות משותפת שעלולות להתרחש בקהילות המיקרוביות עקב סביבות אקולוגיות שונות.