Enkelt-partikel analyse i kryo-elektron mikroskopi er en af de vigtigste teknikker, der anvendes til at bestemme strukturen af biologiske ensembler ved høj opløsning. Scipion giver værktøjerne til at skabe hele rørledningen til at behandle de oplysninger, der er erhvervet af mikroskopet og opnå en 3D-rekonstruktion af den biologiske prøve.