Hybrid <em>De Novo</em> Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Belle M. Sharon; Neha V. Hulyalkar; Vivian H. Nguyen; Philippe E. Zimmern; Kelli L. Palmer; Nicole J. De Nisco

doi:10.3791/62872

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Montagem híbrida de genoma de Novo para a geração de genomas completos de bactérias urinárias usando tecnologias de sequenciamento de leitura curta e longa

JoVE Journal
Genética

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JoVE Journal Genética

Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Montagem híbrida de genoma de Novo para a geração de genomas completos de bactérias urinárias usando tecnologias de sequenciamento de leitura curta e longa

DOI:

10.3791/62872-v

•

12:08 min

•

August 20, 2021

•

Belle M. Sharon, Neha V. Hulyalkar, Vivian H. Nguyen, Philippe E. Zimmern, Kelli L. Palmer, Nicole J. De Nisco

¹Department of Biological Sciences,University of Texas at Dallas, ²Department of Urology,University of Texas Southwestern Medical Center

Capítulos

00:04Introduction
01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
03:25Sequence the Genome Library
05:14Long (MinION) Reads
06:55Generating Hybrid Genome Assembly
08:34Assessing Assembly Quality
09:34Genome Annotation
10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
11:37Conclusion

Summary

Tadução automática

Este protocolo detalha uma abordagem abrangente para a montagem de um genoma híbrido de bactérias urinárias. Fornece um procedimento reprodutível para a geração de sequências completas de genomas circulares úteis no estudo de elementos genéticos cromossômicos e extracromosômicos que contribuem para a colonização urinária, patogênese e disseminação de resistência antimicrobiana.

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