Journal
/
Biologia
/
De novo Identificação de quadros de leitura abertos traduzidos ativamente com dados de perfil ribossomo
JoVE Journal
Biologia
Author Produced
É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo.  Faça login ou comece sua avaliação gratuita.
JoVE Journal Biologia
De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data

De novo Identificação de quadros de leitura abertos traduzidos ativamente com dados de perfil ribossomo

DOI:
10.3791/63366-v

•

08:23 min

•

February 18, 2022

•

, , ,
1School of Basic Medical Sciences,Xi’an Jiaotong University Health Science Center, 2MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences,Tsinghua University, 3Joint Graduate Program of Peking-Tsinghua-National Institute of Biological Science

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
  • 01:23Data Preparation
  • 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
  • 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
  • 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
  • 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
  • 07:20Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

Traduzindo ribossomos decodificam três nucleotídeos por codon em peptídeos. Seu movimento ao longo do mRNA, capturado pelo perfil ribossomo, produz as pegadas exibindo periodicidade trigêmea característica. Este protocolo descreve como usar o RiboCode para decifrar esse recurso proeminente de dados de criação de perfil ribossomos para identificar quadros de leitura abertos traduzidos ativamente no nível de transcriptome inteiro.

Tags

Keywords: Ribosome ProfilingTranslationOpen Reading FramesGenome-wideRiboCodeMRNAAnnotationRRNASequence Read ArchiveAlignment

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

check_url/pt/63366?article_type=v

SABEDORIA Protein: A Workbench para<em> In silico</em><em> De novo</em> Projeto de biomoléculas
check_url/pt/63366?article_type=v

Análise da Tradução Iniciação Durante condições de estresse por polysome Profiling
check_url/pt/63366?article_type=v

Fluxo de trabalho para de alta conteúdo, Quantificação de células individuais de marcadores fluorescentes de Microscópio Universal Data, apoiada pela Open Source Software
check_url/pt/63366?article_type=v

Ensaio para imunoprecipitação da cromatina a identificação de Arabidopsis interações proteína-ADN<em> In Vivo</em
check_url/pt/63366?article_type=v

Um método fácil para a planta polysome Profiling
check_url/pt/63366?article_type=v

Redox Cellular Profiling Usando Microscopia de Alto Conteúdo
check_url/pt/63366?article_type=v

Análise do promotor de planta: Identificação e caracterização de raiz nódulo promotor específico no feijão comum
check_url/pt/63366?article_type=v

De Novo Geração de células-tronco somáticas por YAP/TAZ
check_url/pt/63366?article_type=v

IR-TEx: Uma ferramenta de integração de dados de código aberto para transcrição de big data projetada para o Vector Anopheles gambiae da malária
check_url/pt/63366?article_type=v

Linha de worm e Worm_CP, dois gasodutos de código aberto para endireitar e quantificação de dados de imagem fluorescência obtidos de elegans caenorhabditis

Read Article