Strukturbasierte Simulation und Probenahme von Transkriptionsfaktor-Proteinbewegungen entlang der DNA vom atomaren Schritt bis zur grobkörnigen Diffusion
Das Ziel dieses Protokolls ist es, die strukturelle Dynamik der eindimensionalen Diffusion von Protein entlang der DNA unter Verwendung eines pflanzlichen Transkriptionsfaktors WRKY-Domänenprotein als beispielhaftes System aufzudecken. Zu diesem Zweck wurden sowohl atomistische als auch grobkörnige Molekulardynamiksimulationen zusammen mit umfangreichen computergestützten Stichproben implementiert.