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Kuration von computergestützten chemischen Bibliotheken mit alpha-Aminosäuren demonstriert

JoVE Journal
Química

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JoVE Journal Química

Curation of Computational Chemical Libraries Demonstrated with Alpha-Amino Acids

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Kuration von computergestützten chemischen Bibliotheken mit alpha-Aminosäuren demonstriert

DOI:

10.3791/63632-v

•

08:21 min

•

April 13, 2022

•

Christopher Mayer-Bacon, Mehmet Aziz Yirik

¹Biological Sciences Department,University of Maryland-Baltimore County, ²Institute for Inorganic and Analytical Chemistry,Friedrich-Schiller University

Capítulos

00:04Introduction
00:49Software and File Downloads
01:42Structure Generation Using MAYGEN
02:11Filter Compounds with Undesired Substructures
03:31Additional Structure Modifications and Descriptor Generation
05:22Results: Chemical Space of All Filtered Amino Acid Libraries, Mean van der Waals Volumes and Mean XLogP Values of Libraries with and without Sulfur, and Effects of a Trivalent Pseudoatom on MAYGEN Structure Generation
07:22Conclusion

Summary

Tadução automática

Der Zweck dieses Protokolls ist es, niedermolekulare Strukturbibliotheken mit Open-Source-Software effizient zu generieren und zu kuratieren.

Tags

Keywords: Computational Chemical Libraries Alpha-amino Acids Open Source Software Drug Discovery In Silico Screening Maygen Anaconda RDKit Jupyter Notebooks Substructure Filtering SMARTS Patterns

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