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Candida albicans में प्रतिलेखन कारक-डीएनए बाइंडिंग इंटरैक्शन की जीनोम-वाइड प्रोफाइलिंग: एक व्यापक CUT&RUN विधि और डेटा विश्लेषण वर्कफ़्लो

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Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow

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Candida albicans में प्रतिलेखन कारक-डीएनए बाइंडिंग इंटरैक्शन की जीनोम-वाइड प्रोफाइलिंग: एक व्यापक CUT&RUN विधि और डेटा विश्लेषण वर्कफ़्लो

DOI:

10.3791/63655-v

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07:48 min

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April 01, 2022

•

Mohammad N. Qasim*^1,2, Ashley Valle Arevalo*^1,2, Akshay D. Paropkari*^1,2, Craig L. Ennis^2,4, Suzanne S. Sindi, Clarissa J. Nobile⁴, Aaron D. Hernday⁴

¹Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, ²Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, ³Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, ⁴Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Capítulos

00:04Introduction
00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
03:36Library Preparation for Sequencing
05:22CUT&RUN Sequence Analysis
05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
07:22Conclusion

Summary

Tadução automática

यह प्रोटोकॉल लक्ष्य के तहत दरार के लिए एक प्रयोगात्मक विधि और डेटा विश्लेषण वर्कफ़्लो का वर्णन करता है और मानव कवक रोगज़नक़ कैंडिडा अल्बिकन्स में न्यूक्लिएज (CUT &RUN) का उपयोग करके जारी करता है।

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