Journal

Biologia

Геномное профилирование транскрипционно-ДНК-связывающих взаимодействий в Candida albicans: комплексный метод CUT&RUN и рабочий процесс анализа данных

JoVE Journal
Biologia

É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo. Faça login ou comece sua avaliação gratuita.

JoVE Journal Biologia

Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Геномное профилирование транскрипционно-ДНК-связывающих взаимодействий в Candida albicans: комплексный метод CUT&RUN и рабочий процесс анализа данных

DOI:

10.3791/63655-v

•

07:48 min

•

April 01, 2022

•

Mohammad N. Qasim*^1,2, Ashley Valle Arevalo*^1,2, Akshay D. Paropkari*^1,2, Craig L. Ennis^2,4, Suzanne S. Sindi, Clarissa J. Nobile⁴, Aaron D. Hernday⁴

¹Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, ²Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, ³Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, ⁴Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Capítulos

00:04Introduction
00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
03:36Library Preparation for Sequencing
05:22CUT&RUN Sequence Analysis
05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
07:22Conclusion

Summary

Tadução automática

Этот протокол описывает экспериментальный метод и рабочий процесс анализа данных для расщепления под мишенями и высвобождения с использованием нуклеазы (CUT & RUN) в грибковом патогене человека Candida albicans.

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

Генома Анализ аминоацилирования (зарядка) уровни тРНК Использование Microarrays

Генома анализа с использованием чип-изоформы Определить конкретные цели Гена

Количественный анализ рабочих процессов Фитнес

Роман байесовского Изменение точки Алгоритм всему геному анализ различных типов данных ChIPseq

Полисом фракционирования и анализ млекопитающих Translatomes на генома масштабе

Генома Отображение лекарственно-ДНК взаимодействий в клетках с космическими (сшивание малых молекул изолировать хроматина)

DamID-след: Генома Отображение белок-ДНК взаимодействий с высокой пропускной секвенирования аденина-метилированных фрагментов ДНК

Полный рабочий процесс для анализа гистонов посттрансляционные модификации Использование снизу вверх Масс-спектрометрия: От Гистона добычи до анализа данных