Her presenterer vi en detaljert protokoll for isolering og identifisering av antibiotikaresistente bakterier fra vann og molekylær karakterisering av deres antibiotikaresistensgener (ARGs). Bruken av kulturbaserte og ikke-kulturbaserte (metagenomiske analyser) teknikker gir fullstendig informasjon om det totale bakterielle mangfoldet og det totale bassenget av forskjellige ARG-er som finnes i ferskvann fra Mumbai, India.