Hi-C 3.0 представляет собой улучшенный протокол Hi-C, который сочетает в себе формальдегидные и дисукцинимидиллутаратные сшивки с коктейлем ферментов dpnII и DdeI для увеличения отношения сигнал/шум и разрешения обнаружения взаимодействия хроматина.