Den nåværende protokollen beskriver design, fabrikasjon og karakterisering av et mikrofluidisk system som er i stand til å justere, immobilisere og nøyaktig komprimere hundrevis av Drosophila melanogasterembryoer med minimal brukerintervensjon. Dette systemet muliggjør høyoppløselig avbildning og gjenoppretting av prøver for poststimuleringsanalyse og kan skaleres for å imøtekomme andre flercellede biologiske systemer.