Det nuvarande protokollet beskriver design, tillverkning och karakterisering av ett mikrofluidiskt system som kan anpassa, immobilisera och exakt komprimera hundratals Drosophila melanogaster-embryon med minimal användarintervention. Detta system möjliggör högupplöst avbildning och återvinning av prover för analys efter stimulering och kan skalas för att rymma andra multicellulära biologiska system.