Characterization of a Pathogenic <em>Escherichia coli</em> Strain Derived from <em>Oreochromis</em> spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Jos&#233; Antonio Maga&#241;a-Liz&#225;rraga; Bruno G&#243;mez-Gil; Julissa Enciso-Ibarra; Mar&#237;a Elena B&#225;ez-Flores

doi:10.3791/64404

/

Характеристика патогенного штамма Escherichia coli , полученного из Oreochromis spp. Фермы с использованием секвенирования всего генома

JoVE Journal
Genética
Author Produced

É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo. Faça login ou comece sua avaliação gratuita.

JoVE Journal Genética

Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Характеристика патогенного штамма Escherichia coli , полученного из Oreochromis spp. Фермы с использованием секвенирования всего генома

DOI:

10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

José Antonio Magaña-Lizárraga, Bruno Gómez-Gil, Julissa Enciso-Ibarra, María Elena Báez-Flores

¹Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, ²Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Capítulos

00:04Introduction
01:32DNA Library Preparation
04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
07:05Sequence Data Analysis
08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
09:15Conclusion

Summary

Tadução automática

Осуществимость стратегий секвенирования всего генома (WGS) с использованием настольных инструментов упростила опрос генома каждого микроба, имеющего отношение к общественному здравоохранению в лабораторных условиях. Описана методологическая адаптация рабочего процесса для бактериальных WGS и представлен конвейер биоинформатики для анализа.

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

Обнаружение Copy Number Изменений Использование Single Cell Секвенирование

Определение оптимального расположения хромосомных ДНК элемента в Escherichia coli с помощью Роман Transposon опосредованный подход

Поколение ген нарушена Streptococcus mutans штамм без генов клонирования

Обнаружение редких событий, с помощью Исправлена ошибка ДНК и РНК последовательности

Сверхнизкое ввода геном последовательность подготовки библиотеки от Tardigrade единичная

Усиление возле полнометражного ВИЧ-1 Proviruses для виртуализации нового поколения

Высок объём идентификации генов регулирования последовательностей с использованием следующего поколения последовательности круговой хромосома конформации захвата (4C-seq)