Denne protokollen beskriver trinnvis autofluorescensavbildning og evaluering av fykobiliproteinendringer i rødalger basert på spektralanalyse. Dette er en etikettfri og ikke-destruktiv metode for å evaluere cellulær tilpasning til ekstreme habitater, når bare knappe materialer er tilgjengelige og celler vokser sakte, eller ikke i det hele tatt, under laboratorieforhold.