Immunmærkning af unormalt prionprotein ved hjælp af immunhistokemiske protokoller kræver specifikke prøve- og anti-PrP-antistofpræparationsmetoder. Denne protokol beskriver de vigtigste trin i epitopmaskering for at sikre korrekt PrP-immunmærkning og for at minimere ikke-specifik baggrundsfarvning. Denne tilgang overvejer også biosikkerhedsforanstaltninger ved udførelse af immunhistokemiske undersøgelser med de prioninficerede væv.