यह प्रोटोकॉल उनके मेजबानों पर प्रोफेज के प्रभाव को प्रकट करने में सक्षम बनाता है। बैक्टीरियल संस्कृतियों को उन स्थितियों का उपयोग करके सिंक्रनाइज़ किया जाता है जो लाइसोजेनिक स्थिति का सबसे अच्छा समर्थन करते हैं, सहज प्रेरण को सीमित करते हैं। आरटी-क्यूपीसीआर स्पष्ट रूप से प्रोफेज-प्रतिबंधित जीन और फेज नियंत्रण से अयुग्मित जीन को उन लोगों से अलग करता है जो लिटिक प्रतिकृति चक्र के दौरान व्यक्त किए जाते हैं।