क्रायो-एसटीईएम टोमोग्राफी एम्बेडिंग, सेक्शनिंग या अन्य आक्रामक तैयारी के बिना बरकरार कोशिकाओं के ऑर्गेनेल की कल्पना करने का एक साधन प्रदान करता है। प्राप्त 3 डी रिज़ॉल्यूशन वर्तमान में कुछ नैनोमीटर की सीमा में है, जिसमें कई माइक्रोमीटर का क्षेत्र और 1 μm के क्रम में एक सुलभ मोटाई है।