Her præsenterer vi en protokol til optimeret on-section korrelativ lyselektronmikroskopi baseret på endogen, fluorescerende mærkning som et værktøj til at undersøge lokaliseringen af sjældne proteiner i forhold til cellulær ultrastruktur. Kraften i denne tilgang demonstreres ved ultrastrukturel lokalisering af endogene LC3 i udsultede celler uden Bafilomycin-behandling.