V3 एचआईवी-1 लूप क्राउन R2 के अनुक्रम के immunologically प्रासंगिक गतिशील तृतीयक स्ट्रक्चरल सुविधाएँ के द्वारा आकलन अब initio तह
Summary
एचआईवी -1 की सतह लिफाफा glycoprotein (gp120) के विभिन्न V3 पाश दृश्यों का मुकुट क्षेत्र संरचनात्मक जा सकता है कई मामलों में सिलिको पदों की तह में विशेषता 10 से पाश की एक राज्य के-the-कला का उपयोग 22<em> अब initio</em> तह एल्गोरिथ्म. यहाँ हम तह और एचआईवी -1 के R2 के तनाव, puzzling कार्यात्मक गुणों के साथ एक विशिष्ट निराकरण संवेदनशील तनाव से V3 पाश की इस क्षेत्र के मूल्यांकन प्रदर्शित करता है.
Abstract
एचआईवी -1 के प्रतिजनी विविधता लंबे समय वैक्सीन डिजाइन के लिए एक बाधा किया गया है, और इस परिवर्तनशीलता 'वायरस की सतह लिफाफा glycoprotein V3 पाश में विशेष रूप से स्पष्ट है. हम पहले से प्रस्तावित है कि V3 पाश का मुकुट, हालांकि गतिशील और अनुक्रम चर, एचआईवी -1 वायरस के एक immunologically प्रासंगिक β सड़क के ढालवाँ तृतीयक संरचना जनसंख्या भर विवश है. महत्वपूर्ण बात है, वहाँ एचआईवी -1 वायरस परिसंचारी में अलग V3 पाश मुकुट दृश्यों के हजारों रहे हैं, मुश्किल या असंभव क्रि या एनएमआर द्वारा वायरस की विविधता भर में प्रवृत्तियों के 3D संरचनात्मक लक्षण वर्णन कर. हमारे V3 मुकुट 1, 2 की तह के साथ पिछले सफल अध्ययन अब initio 3 एल्गोरिथ्म ICM प्रो आणविक मॉडलिंग सॉफ्टवेयर पैकेज (Molsoft LLC, ला Jolla, CA) में पहुँचा इस्तेमाल किया और यह सुझाव दिया है कि V3 पाश के मुकुट से विशेष रूप से 10 से 22 पदों, लचीलापन और इसके flanking उपजी की लंबाई के लिए एक बड़ी डिग्री करने के लिए व्यवहार के रूप में अगर यह एक स्वेच्छापूर्ण स्वतंत्र रूप से समाधान में तह पेप्टाइड थे से पर्याप्त लाभ. +, जैसे सिर्फ 60,000 के किसी भी व्यक्ति के तनाव के V3 पाश के इस हिस्से के तेजी से अब initio तह के रूप में परिसंचारी एचआईवी -1 उपभेदों जानकारीपूर्ण किया जा सकता है. यहाँ, हम R2 के तनाव के V3 के पाश अपनी अद्वितीय गुण के संरचनात्मक आधार में जानकारी हासिल करने के लिए मुड़ा. R2 एक दुर्लभ V3 पाश इस तनाव के उत्तम रोगी सीरा और मोनोक्लोनल एंटीबॉडी 4, 5 के द्वारा निराकरण के लिए संवेदनशीलता के लिए जिम्मेदार होने लगा अनुक्रम भालू. सीडी 4 स्वतंत्र संक्रमण तनाव mediates और मोटे तौर पर उदासीन एंटीबॉडी बटोर प्रकट होता है. हम प्रदर्शन कैसे तह के परिणामों के मूल्यांकन तह में प्रतिरक्षाविज्ञानी R2 के लिए मनाया गतिविधियों के साथ मनाया संरचनाओं को जोड़ के लिए जानकारीपूर्ण किया जा सकता है.
Protocol
Discussion
अब initio तह तृतीयक संरचनात्मक गुणों, प्रभाव जिसमें से व्यक्तिगत अमीनो एसिड को क्रमिक रूप से अध्ययन से स्पष्ट नहीं किया जा सकता है पता चलता है . R2 V3 पाश ताज के कई पहले अस्पष्ट संरचनात्मक गुणों तह अनुकरण द?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
काम OD004631 DP2 और AI084119 R01 सहित बिल और मेलिंडा गेट्स फाउंडेशन (# 38,631) और NIH से अनुदान द्वारा समर्थित किया गया था.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| ICM-Pro | Molsoft LLC |
References
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