Summary

ビジュアル分析手法と免疫学的データの解析を容易に

Published: January 02, 2011
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Summary

視覚的な分析(VA)は、対話的にデータを分析の新しいアプローチです。このビデオでは、我々はハイスループット生物学的実験によってもたらされるデータの過負荷の問題を議論し、そのような問題に対する解決策として、VA提案する。ビデオでは、内と場札と呼ばれるVAツールを使用して免疫学的データセット間の分析を示しています。

Abstract

視覚的な分析(VA)は、インタラクティブな視覚的なディスプレイを介して大規模なデータセットを分析する新しい方法として浮上している。我々は、ユーティリティと生物学的データセットの分析のVAアプローチの柔軟性を示した。免疫学におけるこれらのデータセットの例としては、フローサイトメトリー、ルミネックスのデータ、およびジェノタイピング(例えば、一塩基多型)のデータが含まれています。伝統的な情報の可視化のアプローチとは対照的に、VAは、アナリストは、リアルタイムのデータの探査のプロセスに関与できるようにすることで、アナリストの手で分析力を復元。我々は、いくつかのVAツールを評価した後、タブローというVAソフトウェアを選択する。解析作業データセット内との間で分析の2つのタイプは、アプローチペア解析と呼ばれるを使用してビデオのプレゼンテーションで示された。 VAで定義されているようなペアの分析には、、VAツールの専門家が分析中に、ドメイン専門家とのサイドバイサイドの動作する​​分析手法です。ドメインの専門家は、データの重要性を理解し、収集したデータは対応するかもしれないという疑問を求める人です。ツールの専門家は、これらの質問に答える可能性のあるデータのパターンを見つけることができるようにビジュアライゼーションを作成します。仮説生成とデータの迅速な視覚的な表示との間の短い遅れ時間は、VA方式の主な利点です。

Protocol

1。タブローで探査ベースの分析あなたは、データセットを持っていて、データ内の列の間に様々な関係を探求したい。 (図1)"は、データへの接続"をクリックして、データセットをインポートします。データソースの種類を選択して、データセットをインポートする手順に従ってください。 (図1)対策の棚は、データセットから数値列が含まれている間寸法?…

Discussion

現代の生物医学研究におけるハイスループット技術の出現は、分析のより効率的な方法を必要とする研究データの爆発につながった。視覚的な分析(VA)は、インタラクティブな視覚インタフェース(1)により促進分析推論の科学である。 VAのアプローチは、コンピュータによってパターンを検出する従来のアプローチとは逆に人間のアナリストの手で分析能力を、復元します。視覚的な分?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

我々はプロジェクトのためのコメントやアドバイスを提供するためのビジュアル分析(VIVA)のバンクーバー研究所のメンバーに感謝したいと思います。特に、我々はジョンディル、ブライアンフィッシャー、デビッドダービルに感謝します。我々はまた彼らのサポートと有用な議論をKollmann研究室のメンバーに感謝したいと思います。アレルゲンNCE助成金07 – A1Aと07 – B2Bを;この作品は、アレルギーと国立感染症研究所、健康グラントN01 AI50023の国立研究所によって部分的にサポートされていましたし、健康研究のためのマイケルスミス財団。 TRKは病気 – キッズ基金、子ども家庭総合研究所と共同でカナダの母子保健臨床医科学プログラムにおける保健研究訓練助成金のためのカナダの協会によってバローズウェルカムファンドの広告から生物医学科学のキャリア賞、(によって部分的にサポートされていますブリティッシュコロンビア州)、女性と子どもの健康研究所(アルバータ州)、及び母子保健のマニトバ大学。

References

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Cite This Article
Shih, D. C., Ho, K. C., Melnick, K. M., Rensink, R. A., Kollmann, T. R., Fortuno III, E. S. Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques. J. Vis. Exp. (47), e2397, doi:10.3791/2397 (2011).

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