Underlättar analysen av immunologiska data med Visual analytiska tekniker
Summary
Visual Analytics (VA) är en ny metod att analysera data interaktivt. I den här videon diskuterar vi de data overload problemet orsakades av hög genomströmning biologiska experiment, och föreslå VA som en lösning på dessa problem. Videon visar analysen inom och mellan immunologiska datamängder med hjälp av en VA verktyg kallat tablån.
Abstract
Visual Analytics (VA) har vuxit fram som ett nytt sätt att analysera stora datamängder genom interaktiva visuell display. Vi har visat nyttan och flexibiliteten i en VA synsätt i sin analys av biologiska data. Exempel på dessa dataset i immunologi omfattar flödescytometri, Luminex data och genotypning (t.ex. enda nukleotid polymorfism) data. I motsats till den traditionella informationsvisualisering synsätt återställer VA analysen makten i händerna på analytikern genom att låta analytiker att engagera sig i realtid utforskande process. Vi valde VA programvara kallad tablån efter att ha utvärderat flera VA verktyg. Två typer av analyser arbetsuppgifter analys inom och mellan datamängder visades i videon presentation med hjälp av en metod som kallas parade analys. Kopplade analys, enligt VA, är en analys strategi, där en VA verktyg expert arbetar sida vid sida med en domän expert under analysen. Domänen experten är den som förstår betydelsen av uppgifterna, och ber de frågor som de insamlade uppgifterna kan adressen. Verktyget expert skapar sedan visualiseringar för att hitta mönster i data som kan besvara dessa frågor. Den korta fördröjning-tid mellan hypotesen generationen och den snabba visuell display av data är den största fördelen med en VA strategi.
Protocol
Discussion
Tillkomsten av hög genomströmning teknik i modern biomedicinsk forskning har lett till en explosion av forskningsdata som kräver ett mer effektivt sätt för analys. Visual Analytics (VA) är vetenskapen om analytiska resonemang underlättas av interaktiva visuella gränssnitt (1). VA-approach återställer den analytiska kraften i händerna på mänskliga analytiker, i motsats till den traditionella metoden för att upptäcka mönster av dator. Visuell analys har använts till forskning inom olika områden, som t.ex…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Vi vill tacka ledamöterna i Vancouver Institute of Visual Analytics (VIVA) för att erbjuda kommentarer och råd för projektet. Framför allt vill vi tacka John Dill, Brian Fisher, och David Darvill. Vi vill också tacka medlemmarna i Kollmann labbet för deras stöd och hjälp diskussioner. Detta arbete stöddes delvis av National Institute of Allergy och infektionssjukdomar, National Institute of Health Grant N01 AI50023, allergen IOU Bidrag 07-A1A och 07-B2B, och Michael Smith Stiftelsen för hälsoforskning. TRK stöds delvis av en karriär Award i Biomedicinsk vetenskap från Burroughs Wellcome Fund annons genom en kanadensisk Institutes for Health Research Training Grant i kanadensiska barnhälsovård klinikern Scientist Program i samarbete med Sick-Kids Foundation, barn och familj Forskningsinstitut ( British Columbia), Kvinnors och barns hälsa Research Institute (Alberta) och Manitoba Institute of Child Health.
References
- Thomas, J., Cook, K. Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics. , (2005).
- Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates. IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).
- Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).
- Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults. J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).
