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V3の人口ベースのシーケンシングを用いたHIV - 1トロピズムの遺伝子型推論
JoVE Journal
Immunology and Infection
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JoVE Journal Immunology and Infection
Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3
DOI:

11:10 min

December 27, 2010

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Chapters

  • 00:05Title
  • 01:25Amplification of HIV cDNA from Blood Plasma
  • 03:37Gel Electrophoresis
  • 04:29Sequencing
  • 07:18Data Analysis with Base Calling Software
  • 08:18The Geno2pheno Co-receptor Algorithm
  • 09:37Interpreting the Geno2pheno FPR
  • 10:37Conclusion

Summary

Automatic Translation

HIV指向性は、ウイルスエンベロープのV3領域から推測することができます。 V3は、PCRには、ネストされたRT - PCR、配列決定を用いてtriplicateで増幅し、バイオインフォマティクスのソフトウェアを使用して解釈されます。低G2Pスコア1以上のシーケンス(S)とを有するサンプルは、非R5ウイルスとして分類されています。

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