Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Medicine
Click here for the English version

Medicine

تحليل Transcriptomic من العينات الجراحية الإنسان الشبكية عن طريق مجلة

Published: August 14, 2013 doi: 10.3791/50375
Automatic Translation
1,2,3,4, 1,2,3, 1,2,3, 1,2,3, 4, 1,2,3, 1,2,3
1U968, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, 2UMR S 968, Université Pierre et Marie Curie, 3UMR 7210, Centre National de la Recherche Scientifique, 4Départment d'Ophtalmologie, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux

Summary

استخدمنا عينات من شبكية العين retinectomy لتحليل transcriptomic من انفصال الشبكية. وضعنا الداخلي الذي يسمح بحفظ RNA بين الكتل الجراحية والمختبرية. نحن موحدة بروتوكول لتنقية الحمض النووي الريبي التي كتبها السيزيوم كلوريد تنبيذ فائق للتأكد من أن الرنا المنقى هي مناسبة لتحليل ميكروأري.

Abstract

انفصال الشبكية (RD) يصف انفصال الشبكية العصبي الحسي من الظهارة الصباغية الشبكية (RPE). قواعد الإجراءات والإثبات أمر ضروري من أجل وظيفة طبيعية من الخلايا العصبية الحساسة للضوء، ومبصرات. انفصال الشبكية من قواعد الإجراءات والإثبات يخلق فجوة المادية التي يتم تعبئة مع السائل خارج الخلية. RD يبادر الأحداث السلبية الخلوية والجزيئية التي تؤثر على كل من شبكية العين العصبي الحسي وقواعد الإجراءات والإثبات منذ تبادل الفسيولوجية للأيونات ونواتج الأيض ومنزعجة بشدة. ويرتبط العاقبة للرؤية لمدة مفرزة منذ reapposition السريع لاثنين من الأنسجة النتائج في استعادة الرؤية 1. علاج RD هو الجراحية حصرا. ويتبع إزالة هلام الجسم الزجاجي (استئصال الزجاجية) عن طريق إزالة جزء غير أساسي من شبكية العين في جميع أنحاء منطقة منفصلة لصالح انفصال الشبكية. العينات الشبكية إزالة هي بلا مالك (لا شيء) وبالتالي التخلص منها بشكل طبيعي.لاستعادة الحمض النووي الريبي من هذه العينات الجراحية، قمنا بتطوير مجلة الإجراء الذي يسمح بحفظ RNA أثناء نقل من كتلة الجراحية إلى المختبر. نحن أيضا موحدة بروتوكول لتنقية الحمض النووي الريبي التي كتبها السيزيوم كلوريد تنبيذ فائق للتأكد من أن الرنا المنقى هي مناسبة لتحليل التعبير الجيني العالمي. جرى التحقق من نوعية الحمض النووي الريبي على حد سواء من قبل RT-PCR وتحليل ميكروأري. تحليل البيانات يظهر تورط في وقت واحد من الالتهابات وانحطاط مبصرة خلال RD.

Introduction

الهدف العلاجي الرئيسي في انفصال الشبكية (RD) هو إيجاد وسيلة للحد من تلف الخلايا المستقبلة للضوء والتهاب شبكية العين الناتجة عن فصل مبصرات من الخلايا الظهارية المصطبغة الشبكية. خلال RD، يتم تنشيط خلايا RPE، ترحيل، dedifferentiate، وتتكاثر على سطح الشبكية منفصلة، ​​وممارسة القوات مقلص مما يؤدي إلى مضاعفات. تحليل Transcriptomics من RD هو وسيلة لتحديد الجينات المستهدفة مع التعبير بعد تعديل RD والجزيئات العلاجية بالتالي المستقبلية التي يمكن أن تحسن نتائج البصرية النهائي في تركيبة مع الجراحة. ومن المعلوم حمض النووي الريبي (RNA) ليست مستقرة كما هو حمض النووي الريبي منقوص الأكسجين (DNA)، وهذه الأخيرة تستخدم على نطاق واسع للدراسات الجينية واستقراره سمحت تسلسل الجينوم النياندرتال من العينات الحفرية من أكثر من 30،000 سنة 2. النسخ من الحمض النووي من الجينات من الجينوم في الحمض النووي الريبي هو رسولعملية كبيرة في التعبير الجيني، ومرنا غير قابل للتغيير من أجل يشكل إشارة. الرنا هي جدا المتدهورة بسرعة عن طريق الانزيمات التي ريبونوكلياز إنهاء إشارة. عندما يتم عزل الأنسجة من كائن حي، والرنا غالبا ما تكون متدهورة قبل أن يتم درس التعبير في مختبر الأبحاث. ليست مناسبة RNA المتدهورة للتحليل التعبير الجيني. لأن موظفي المختبرات لا يمكن أن تشارك في عملية جراحية، وضعنا الداخلي التي هي سهلة وتتطلب فقط أن الجراح لاسترداد الأنسجة إلى حل ريبونوكلياز خالية من مناسبة. الحمض النووي الريبي من الأنسجة غير مستقرة ويمكن تحليلها دون أي علامة على تدهور بعد 72 ساعة في درجة حرارة الغرفة في هذا الحل. يتم تنقية الرنا من العينات بطريقة موحدة تنطوي على تنبيذ فائق على التدرج كلوريد السيزيوم بعد أن تم نقلها إلى المختبر 3. ثم، يتم تقييم جودة الرنا بواسطة الاغاروز الكهربائي للهلام وRT-PCR. بروتوكول تنقية الحمض النووي الريبي لديهميزة فصل الجزيئات وفقا لكثافتها التي تختلف عن DNA و RNA ويؤكد أن الحمض النووي الريبي هو غير ملوثة من قبل جزيئات الحمض النووي من شأنها أن تولد إشارات مصطنعة في دراسات التعبير الجيني. وبالإضافة إلى ذلك، يتم فصل الرنا نقل (tRNAs)، والتي هي من الناحية الكمية الحمض النووي الريبي الأكثر وفرة داخل الخلية، وفقا لنفس الممتلكات المادية من الحمض النووي الريبي الريباسي (rRNAs) والرنا المرسال (mRNAs و)، تلك الماضيين واحد يجري المنتج النهائي من عملية تنقية. إزالة الحمض الريبي النووي النقال من إعداد مفيد لأن معظم البروتوكولات التحليلية ميكروأري ينطوي على استخدام transcriptases العكسي وبلمرة RNA التي تحول دون الحمض الريبي النووي النقال 4-6. وصفت الحمض النووي الريبي تنقيته من العينات الجراحية باستخدام بروتوكول قياسي والمهجنة إلى رقاقة ميكروأري ويتم تحليل النتائج باستخدام طريقتين التكميلية، طريقة معدل اكتشاف كاذبة، وباستخدام أسلوب الرواية استنادا إلى المعلومات المتبادلة وvisualiزد على الخادم على شبكة الإنترنت Retinobase 7،8.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

1. مجلة: إجراء لاسترداد عينات من كتلة الجراحية

في المختبر

  1. الحصول على عقد من استيراد شركة الشحن السريع.
  2. ملء 10 (أو 25) أشكال الشحن مع العنوان البريدي للمختبر مما يدل على الشخص المسؤول عن الاتصال في المختبر (رقم الهاتف وعنوان البريد الإلكتروني).
  3. إعداد 10 (أو 25) أشكال عينات مرقمة من 1 إلى 10 (أو 25). وتشمل هذه الأشكال مساحات مخصصة للإبلاغ عن أ) تحديد المجهول للمريض، ب) من تاريخ الجراحة وج) أي ملاحظات إضافية فإن الجراح ترغب في إضافته. إعداد 10 (أو 25) أظرف (150 × 210 ملم).
  4. أعدت باستخدام ريبونوكلياز خالية من الكواشف 25 (أو 65) مل من 6 M غوانيدين كلوريد في diethylpyrocarbonate (DEPC) المعاملة H 2 O (GHCl).
  5. ملء 10 أو 25 مرقمة 5 مل العقيمة البولي ايثيلين جولة أنابيب أسفل مع 2.4 مل من محلول GHCl.
  6. يستخدم غاز الأرجون لملء الجزء العلوي من هذه الأنابيب، من الصحافة TIghtly على الغطاء لمنع الأكسدة من الحل GHCl على مدى عدة سنوات من التخزين في مجلس الوزراء الجراحية.
  7. أعرض كل 5 أنابيب مل في 50 مل العقيمة أنبوب البولي بروبلين أسفل المخروطية مع غطاء المسمار. استخدام قطعة من المناديل الورقية النظيفة لعقد أنبوب 5 مل في أنبوب مل 50، إغلاق الأنبوب.
  8. وضع أنابيب مل 50 على رف البوليسترين ورف في صندوق من الورق المقوى مع أظرف، وأشكال الشحن، وأشكال العينات.
  9. لصق تعليمات (انظر: 1،12-1،19) داخل غطاء صندوق من الورق المقوى لتسهيل القراءة.
  10. إرسال صندوق من الورق المقوى عن طريق البريد إلى الشخص المسؤول عن الاتصال في المستشفى.

في المستشفى

  1. إحضار صندوق من الورق المقوى من مجلس الوزراء الجراحية إلى غرفة العمليات الجراحية. ملاحظة تنبيه: إذا ينطوي الإجراء على المريض للخطر المناعي، لا ينبغي أن أحضر من الورق المقوى إلى غرفة العمليات الجراحية.
  2. أثناء الجراحة، ضع specim الشبكيةEN في مرقمة 5 مل البولي بروبلين عقيمة مليئة حل GHCl. إغلاق بإحكام الأنبوب.
  3. عودة الأنبوب لفترة وجيزة.
  4. وضع أنبوب على الروك أنبوب الدم لمدة 10 دقيقة.
  5. ملء استمارة مرقمة عينة المرافق له.
  6. تقرير رقم الهوية على المقابلة مرقمة 50 مل أنبوب.
  7. إدخال أنبوب مل 5 مع عينة جراحية في أنبوب مل 50، استبدال المناديل الورقية والمسمار الأنبوب.
  8. إدخال الأنبوب وشكل عينة ملأت في ذلك في واحدة من أظرف المرافق له. إغلاقه.
  9. استدعاء شركة الشحن السريع لالتقاط.

2. تنقية الحمض النووي الريبي

في المختبر

  1. تجانس العينة في أنبوب البولي بروبلين في 5 مل مع حل GHCl مع الخالط لمدة 1 دقيقة في حين تحريك أنبوب صعودا وهبوطا.
  2. إضافة 270 ميكرولتر من 2 M البوتاسيوم خلات 5.0 درجة الحموضة. هزة بقوة لمدة 10 دقيقة عن طريق وضع أنبوب على شاكر في تقريرهاالوضع الأفقي (420 دقيقة -1).
  3. أجهزة الطرد المركزي لمدة 10 دقيقة في 5،000 دورة في الدقيقة (6،500 x ج) في 20 درجة مئوية.
  4. نضح بسلاسة الكسر للذوبان دون الإخلال بيليه.
  5. نقل إلى 14 مل أنبوب العقيمة.
  6. إضافة 5.3 مل من 100 ملي تريس درجة الحموضة 8.0، N-Lauroylsarcosine 1٪.
  7. إضافة 3.2 غرام من كلوريد السيزيوم (CSCL) وتخلط الأنبوب قبل vortexing.
  8. إضافة 1.8 مل من CSCL / ethylenediaminetetraacetic حامض (EDTA) في العقيمة 11 مل أنبوب الطرد المركزي polyallomer.
  9. مع 10 مل العقيمة باستور ماصة، ونقل الحل RNA على 1.8 مل CSCL / EDTA من الانزلاق ببطء على حافة الأنبوب لتجنب إزعاج سادة كثافة.
  10. وضع أنابيب (أنبوب الثاني يحتوي على مخازن بدون شبكية العين إذا لزم الأمر) في الدوار.
  11. أجهزة الطرد المركزي 24 ساعة عند 32،000 دورة في الدقيقة (225،000 x ج) في 20 درجة مئوية.
  12. إزالة الجزء العلوي من الحل مع ماصة باستير العقيمة، وتجاهل ذلك.
  13. إزالة تدريجيا أثناء التحقق منلحظة عندما يستنشق الحمض النووي (لزج) مع الثاني معقمة باستور ماصة، وتخلص منه.
  14. إزالة الحل المتبقية مع الحرص على عدم الإفراج عن بيليه RNA مع ثلث العقيمة باستور ماصة.
  15. القسم السفلي من أنبوب مع مشرط لهب تعقيمها، ثم وضع الجزء المتبقي من الأنبوب ذلك رأسا على عقب على النظرة العقيمة.
  16. عكس أنبوب وشطف بدقة مع 160 ميكرولتر من GHCl.
  17. السماح للبيليه جافة لمدة 10 دقيقة.
  18. Resuspend وبيليه في 150 ميكرولتر من (10 ملي تريس الرقم الهيدروجيني 7،5-1 ملي EDTA - 0.1٪ SDS).
  19. نقل الحل إلى 2 مل العقيمة أنبوب microcentrifuge، ثم حصاد بيليه المتبقية مع 30 ميكرولتر من (10 ملي تريس الرقم الهيدروجيني 7،5-1 ملي EDTA - 0.1٪ SDS).
  20. إضافة 150 ميكرولتر من (10 ملي تريس الرقم الهيدروجيني 7،5-1 ملي EDTA).
  21. إضافة 30 ميكرولتر من 3 M الصوديوم خلات درجة الحموضة 5.0، دوامة الأنبوب.
  22. إضافة 900 ميكرولتر من الإيثانول بنسبة 100٪ (-20 ° C)، دوامة الأنبوب.
  23. وضع أنبوب 30 دقيقة في ذوبان الجليد.
  24. CENtrifuge الأنبوب 30 دقيقة في 15،000 دورة في الدقيقة في 4 درجات مئوية.
  25. نضح بدقة الكسر القابلة للذوبان، وتخلص منه.
  26. إضافة 500 ميكرولتر الإيثانول 70٪ (RT)، دوامة الأنبوب.
  27. أجهزة الطرد المركزي في أنبوب 20 دقيقة في 15،000 دورة في الدقيقة (18،000 XG) في 4 درجات مئوية.
  28. كرر الخطوة الشطف (70٪ من الإيثانول).
  29. أجهزة الطرد المركزي لفترة وجيزة، والقضاء على الإيثانول المتبقية مع ماصة P200.
  30. السماح الهواء الجاف بيليه لمدة 10 دقيقة.
  31. Resuspend وبيليه في 50 ميكرولتر DEPC المعاملة H 2 O.
  32. مزج بقوة قبل vortexing.
  33. احتضان 15 دقيقة عند 45 درجة مئوية في حمام مائي.

3. تحليل الحمض النووي الريبي من قبل الكهربائي جل

  1. صب agarose هلام داخل غطاء الكيميائية.
  2. في العقيمة 1.5 مل أنبوب microcentrifuge، إضافة 2 ميكرولتر من الحمض النووي الريبي ليتم تحليلها و 6.4 ميكرولتر من العازلة الإعدادية عينة.
  3. في الثانية 1.5 مل أنبوب، إضافة 3 ميكرولتر من الحمض النووي الريبي المعايير و 9.6 ميكرولتر من العازلة الإعدادية عينة.
  4. تسخين أنابيب 15 دقيقة عند 65 درجة مئوية، ووضعها على الجليد.
  5. إضافة 1 ميكرولتر إيثيديوم بروميد (EB) العازلة تحميل دون صبغ في عينة الحمض النووي الريبي أنبوب و 1 ميكرولتر EB تحميل العازلة مع الصبغة في أنبوب المعايير الحمض النووي الريبي.
  6. تشغيل هلام تحت 80-100 V داخل غطاء الكيميائية في تشغيل المخزن المؤقت، حتى واحد من الأصباغ (برموفينول الأزرق) تصل إلى 2/3 من الجزء السفلي من هلام.
  7. شطف الجل مرتين 15 دقيقة مع 250 مل دي المعالجة DEPC 2X SSC.
  8. التقاط صورة رقمية تحت إضاءة فوق البنفسجية.
  9. حساب النسبة بين الشريط العلوي (23S الرنا الريباسي) وانخفاض الفرقة (16S الرنا الريباسي).

4. تنقية النهائي من الحمض النووي الريبي

  1. ضبط مستوى الصوت من عينة الحمض النووي الريبي إلى 100 ​​ميكرولتر مع DEPC المعاملة H 2 O (إذا لزم الأمر).
  2. إضافة 100 ميكرولتر من حمض الفينول (1 مل ​​الفينول المشبعة في DEPC المعاملة H 2 O + 130 ميكرولتر من 50 ملم من خلات الصوديوم، ودرجة الحموضة 5.2)، دوامة بقوة.
  3. أجهزة الطرد المركزي في 10 دقيقة في 13،000 دورة في الدقيقة (15،000 XG) في درجة حرارة الغرفة.
  4. يتعافىR بعناية ونقل المرحلة المائية (المرحلة العليا) في رواية العقيمة 1.5 مل أنبوب microcentrifuge.
  5. إضافة 10 ميكرولتر من 3 M خلات الصوديوم، ودرجة الحموضة 5.2 و 250 ميكرولتر من الإيثانول بنسبة 100٪ (-20 ° C).
  6. احتضان الأنبوب 30 دقيقة إلى ذوبان الجليد.
  7. أجهزة الطرد المركزي في أنبوب 30 دقيقة في 14،000 دورة في الدقيقة (18،000 XG) في 4 درجات مئوية.
  8. نضح بعناية الكسر القابلة للذوبان، وتخلص منه.
  9. إضافة 500 ميكرولتر من الايثانول 70٪ (درجة حرارة الغرفة)، ودوامة الأنبوب.
  10. أجهزة الطرد المركزي في أنبوب 20 دقيقة في 14،000 دورة في الدقيقة (18،000 XG) في 4 درجات مئوية.
  11. كرر الخطوة الشطف (70٪ من الإيثانول).
  12. أجهزة الطرد المركزي لفترة وجيزة، والقضاء على الإيثانول المتبقية مع ماصة P200.
  13. السماح الهواء الجاف بيليه لمدة 10 دقيقة.
  14. Resuspend وبيليه في 50 ميكرولتر من DEPC المعاملة H 2 O.
  15. احتضان أنبوب ثم 15 دقيقة في 45 درجة مئوية.
  16. قياس الامتصاصية (عبس) في 260 نانومتر و 280 نانومتر في 2 ميكرولتر من عينة الحمض النووي الريبي. احتساب نسبة Abs260/Abs280.
    17. <لى> المتجر عينة الحمض النووي الريبي في -80 ° C (مستقر لعدة سنوات).

5. حلول وإجراءات التنظيف

  1. خلات البوتاسيوم 2 M، ودرجة الحموضة 5.0: ذوب 19.6 غرام خلات البوتاسيوم في 70 مل من DEPC المعاملة H 2 O. التنظيف التحقيق متر الرقم الهيدروجيني عن طريق نقع عليه في مع هيدروكسيد الصوديوم 1M لمدة 15 دقيقة، تليها 5 يشطف مع DEPC المعاملة H 2 O. ضبط الرقم الهيدروجيني إلى 5.0 مع حمض الخليك ثم ضبط مستوى الصوت إلى 100 ​​مل مع DEPC المعاملة H 2 O.
  2. تريس، حمض الهيدروكلوريك 100 ملم، ودرجة الحموضة 8.0، N-Lauroylsarcosine 1٪: ذوب 2 غرام من N-Lauroylsarcosine (تحت غطاء محرك السيارة) في 40 مل من 0.5 M تريس، ودرجة الحموضة 8.0 قاعدة. ضبط مستوى الصوت إلى 200 مل مع DEPC المعاملة H 2 O.) CSCL / EDTA: 96 غرام من CSCL في 50 مل 10 ملي EDTA 7.5 درجة الحموضة أعدت مع DEPC المعاملة H 2 O. الأوتوكلاف وضبط مستوى الصوت إلى 100 ​​مل مع DEPC المعاملة H 2 O. تحقق من درجة الحموضة <7.5.
  3. agarose هلام 1٪: ضع 1 غرام من الاغاروز في 62 مل DEPC المعاملة H 2 O. تغلي في فرن الميكروويف. إضافة 18 مل من 12.3 Mالفورمالديهايد، 20 مل من اجتماعات الأطراف 5X. صب داخل غطاء الكيميائية.
  4. العازلة عينة الإعدادية: أن تكون على استعداد مرتجل. مزج مادة كيميائية داخل غطاء محرك السيارة 8 ميكرولتر من اجتماعات الأطراف 5X، 16 ميكرولتر من 12.3 M الفورمالديهايد و 40 ميكرولتر من الفورماميد.
  5. EB تحميل العازلة (بدون صبغ): أن تكون على استعداد مرتجل. إضافة 4 ميكرولتر 10 ملغ / مل بروميد إيثيديوم إلى 20 ميكرولتر من 80٪ الجلسرين أعدت مع DEPC المعاملة H 2 O.
  6. EB تحميل العازلة (مع صبغ): أن تكون على استعداد مرتجل. إضافة 2 ميكرولتر 10 ملغ / مل بروميد إيثيديوم إلى 10 ميكرولتر من 80٪ الجلسرين تحتوي على 0.25٪ xylen cyanol، 0.25٪ الزرقاء برموفينول مع المعاملة DEPC H 2 O.
  7. تشغيل المخزن المؤقت: إلى 60 مل MOPS 5X، إضافة 54 مل من 12.3 M الفورمالديهايد و 186 مل من DEPC المعاملة H 2 O.
  8. DEPC المعاملة H 2 O: الماء المقطر احتضان مع 0.1٪ V / V diethylpyrocarbonate لمدة 2 ساعة على 37 درجة مئوية مع التحريك. تعقيم بواسطة الأوتوكلاف.
  9. تنظيف الخالط: إضافة 25 مل من محلول التنظيف (RBS) إلى 1 L من DEPC-تعامل H 2 O، وimmerge محور 1 دقيقة مع التحريك. احتضان 2 ساعة على 60 درجة مئوية. شطف جيدا مع DEPC المعاملة H 2 O التفاف الصك إلى الألمنيوم ووضعها في مربع الصك. التفاف مربع. تعقيم بواسطة الأوتوكلاف.
  10. تنظيف الجهاز الكهربائي: اغسل الجهاز، الدرج والمشط 15 بئرا. احتضان 15 دقيقة في 3٪ بيروكسيد الهيدروجين. شطف مرة واحدة مع الإيثانول بنسبة 100٪. الهواء الجاف.
  11. تنظيف الأطباق الزجاجية: تنظيف الأطباق الزجاجية RBS 2٪ كل ليلة، ثم يشطف بالماء المقطر قبل التعقيم عند 200 درجة مئوية.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

الإجراء مجلة (الشكل 1) يسمح لنا استعادة عينات من شبكية العين من كتلة جراحية لتنقية الحمض النووي الريبي، وتحليل Transcriptome على انفصال الشبكية. نتائج انفصال الشبكية في upregulation من الانجذاب الكيميائي الوحيدات MCP1 الجين CCL2، وانخفاض في التعبير عن قضيب مبصرة transducing الجين GNAT1، مخروط موجة قصيرة أوبسين OPN1SW، وhomeogene CRX (الشكل 2). تحريض CCL2 والناتجة عن التهاب 9، في حين أن الحد يصاحب ذلك من GNAT1، OPN1SW وCRX هو نتيجة لانحطاط مبصرة، على حد سواء قضبان ومخاريط. فقدان المخاريط قد تنجم عن فقدان التعبير عن NXNL1، الذي يشفر لقابلية المخروط رود المستمدة عامل 7،10، أو RdCVF2 لها paralogue، الذي المشفرة بواسطة الجينات NXNL2. من المستغرب أن رسول السابقين NXNL2ISTS في نسختين مختلفتين. الإصدار 1 (NM_001161625.1) هو تسلسل الترميز المستمدة من تحليل تطور السلالات ولكن لم يتم ذكر سابقا أن أعرب عن 11، في حين الإصدار 2 (NM_145283.2)، التي تم تحديد العديد من التكنولوجيات السليمة بيئيا هو مرنا الشاذة التي تستثني الثاني اكسون من الجين ويحتوي على اكسون الثانية البديلة، التي تحتوي على ألو تسلسل المتكررة، وتقع أكثر من 40 كيلو بايت في 3 'الاتجاه (الشكل 3A). باستخدام الحمض النووي الريبي تنقيته من شبكية العين البشرية، يمكننا الآن أن ذكرت أن الإصدارات اثنين من مرنا NXNL2 يتم التعبير (الشكل 3B).

الشكل 1
الشكل 1. صورة للصندوق من الورق المقوى يحتوي على المواد المقدمة من قبل مجلة.

الشكل 2
الشكل 2. التمثيل للتعبير عن مجموعة فرعية من الجينات باستخدام Retinobase. للجينات المعروضة في هذه الرسوم البيانية الرادار، CCL2، GNAT1، OPN1SW، وCRX، والجزء الأيمن من الرقم يتوافق مع الحمض النووي الريبي من عينات من انفصال الشبكية (RD1-18)، في حين أن الجزء الأيسر (NR1-18) هي الضوابط RNA من العمر المتطابقة إعدادها باستخدام شبكية العين بعد الوفاة. يتم وصف أسلوب الرسم البياني الرادار في 8.

الشكل (3)
الشكل (3). التعبير عن إصدار اثنين من الجينات NXNL2 في شبكية العين. تمثيل. تخطيطي من الجينات على الكروموسوم 9 NXNL2. NXNL2v1 اثنين الإكسونات التي تنبأ بها محاذاة متعددة وتحليل تطور السلالات. NXNL2v2 مفقود أن اكسون الثاني ويتضمن البديل اكسون 2 ل'، وتقع> 40 كيلو بايت في 3' الاتجاه. Tاظهار انه السهام موقف التمهيدي المستخدمة. ب. RT-PCR يظهر التعبير عن كلا NXNL2v1 وNXNL2v2 في شبكية العين. الممرات حق تتوافق مع رد الفعل في حالة عدم وجود الناسخ العكسي. ACTB، الأكتين حشوية. البادئات المستخدمة: NXNL2v1: 5'-GCATGAGCTGAGGAAGAGGT-3 '، 5'-اقول AACGGAGAAATTCTGGA-3'، NXNLv2: 5'-TCTGCACCCCCACGTTTATT-3 '، 5'-AGGGCCTCCT TTTCCATCTA-3'.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

وقد تم وضع إجراءات لاستعادة الأنسجة من كتلة الجراحية الأساسية لتحليل Transcriptome على انفصال الشبكية. ينبغي للمرء أن تلاحظ أن هذا النوع من الجراحة يمارس في حالات الطوارئ وأن أطباء العيون التشغيل لديك القليل من الوقت للمشاركة في برنامج الأبحاث البيولوجية عندما تعمل. يتم تنفيذ هذا retinectomy أيضا عشوائيا في كل خدمة، بحيث أسهل طريقة للوصول إلى أرقام إحصائية هو العمل مع شبكة. في مثل هذه الشبكة، وتوحيد جمع الأنسجة أمر ضروري لنجاح التحليل البيولوجي. من خلال توفير المواد، من السهل جدا للاستخدام، وتعليمات دقيقة، والتي يمكن تخزينها في درجة حرارة الغرفة في مجلس الوزراء عملية جراحية، على مقربة من كتلة الجراحية، لقد شجعت الجراحين على المشاركة في دراستنا.

وبالإضافة إلى ذلك، تم تحقيق توحيد تنقية الحمض النووي الريبي للحصول على أفضل من هذه CL الثمينةالعينات inical. ويمكن تخزين مجموعات من الرنا نقية لسنوات في -80 درجة مئوية، وستستخدم لمزيد من الدراسات مع ظهور تقنيات علم الجينوم الرواية. يتم توفير بروتوكول للعينة جراحية في شبكية العين ولكن يمكن أيضا أن تستخدم بنجاح لعزل الحمض النووي الريبي من شبكية العين القوارض بعد تشريح. إذا كان الحمض النووي الريبي هي المتدهورة، أ) التحقق من الرقم الهيدروجيني من الحل CSCL / EDTA. ب) تقديم جميع الحلول من المواد الكيميائية غير المستخدمة. القيد الرئيسي لهذه التقنية هي كمية بدءا المواد التي يجب أن تتوافق مع ما لا يقل عن 50،000 الخلايا.

ما يميز الطريقة المستخدمة هنا من معظم الكواشف التجارية المقدمة لعزل الحمض النووي الريبي مجموع هو درجة من النقاء. يتم استنفاد RNA من أي تلوث الحمض النووي الذي يلغي الحاجة لاستخدام العلاج الدناز التي يمكن الإضرار إلى أي إجراء آخر. وبالإضافة إلى ذلك، وهنا المنضب مجموع الاستعدادات الحمض النووي الريبي في الحمض الريبي النووي النقال، التي هي معروفة لتكون مثبطات قوية من بلمرة RNA التي يشيع استخدامها فيالخطوة التضخيم قبل التهجين لرقائق ميكروأري. وقد لاحظنا أن تحقيقات توليفها من هذه الاستعدادات الحمض النووي الريبي لديهم نشاط محدد عالية جدا. درجة نقاء من الحمض النووي الريبي أعدت وفقا للطريقة الموصوفة هنا هي مناسبة بشكل جيد للغاية لميكروأري التهجين، ولكن أيضا لبناء مكتبات [كدنا] من جودة عالية وعن الحمض النووي الريبي التسلسل كما لاحظنا. يجب أن يكون المختبر ريبونوكلياز الحرة. الرقم الهيدروجيني للCSCL / EDTA ينبغي أن تكون حمضية لتجنب تدهور الحمض النووي الريبي التي تحلل القلوية. وينبغي التحقق من كثافة CSCL / EDTA بعناية حتى لا تكون مرتفعة للغاية، ومنع ترسب الحمض النووي الريبي.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

الكتاب ليس لديهم ما يكشف.

Acknowledgments

نشكر ساشا رايخمان ودومينيك Santiard-البارون لمساعدتهم في تحرير بروتوكول تنقية الحمض النووي الريبي.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Centrifuge Beckman Coulter Aventi J-E
Rotor Beckman Coulter JS-5.3
Ultracentrifuge Beckman Coulter LE 80K
Rotor Beckman Coulter SW41
Power supply Biorad Pac 3000
PolytronTM Kinematica PT 2100 Supplied with PT-DA 2105:2
Agarose gel electrophoresis device Biorad MiniGel Cell GT
Imaging System Biorad GelDoc-It Imager
5 ml sterile polyethylene tube Greiner 115261
Sterile polyallomer centrifuge tube Beckman Coulter 331372
Chemical reagents Sigma Molecular biology grade (RNase and DNase free products)
Cleaning Solution VWR RBS
Microarray chip Affymetrix Human U133 plus 2 array

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Mitry, D., Charteris, D. G., et al. The epidemiology of rhegmatogenous retinal detachment: geographical variation and clinical associations. The British Journal of Ophthalmology. 94 (6), 678 (2010).
  2. Green, R. E., Krause, J., et al. A draft sequence of the Neandertal genome. Science. 328 (5979), 710 (2010).
  3. Glisin, V., Crkvenjakov, R., et al. Ribonucleic acid isolated by cesium chloride centrifugation. Biochemistry. 13 (12), 2633 (1974).
  4. Van Gelder, R. N., von Zastrow, M. E., et al. Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (5), 1663 (1990).
  5. Cavalieri, L. F., Yamaura, I. E. coli tRNAs as inhibitors of viral reverse transcription in vitro. Nucleic Acids Research. 2 (12), 2315 (1975).
  6. Sawadogo, M. On the inhibition of yeast RNA polymerases A and B by tRNA and alpha-amanitin. Biochemical and biophysical research communications. 98 (1), 261 (1981).
  7. Delyfer, M. N., Raffelsberger, W., et al. Transcriptomic analysis of human retinal detachment reveals both inflammatory response and photoreceptor death. PloS ONE. 6 (12), e28791 (2011).
  8. Kalathur, R. K., Gagniere, N., et al. RETINOBASE: a web database, data mining and analysis platform for gene expression data on retina. BMC Genomics. 9, 208 (2008).
  9. Nakazawa, T., Hisatomi, T., et al. Monocyte chemoattractant protein 1 mediates retinal detachment-induced photoreceptor apoptosis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (7), 2425 (2007).
  10. Leveillard, T., Sahel, J. A. Rod-derived cone viability factor for treating blinding diseases: from clinic to redox signaling. Science Translational Medicine. 2 (26), 26ps16 (2010).
  11. Chalmel, F., Leveillard, T., et al. Rod-derived Cone Viability Factor-2 is a novel bifunctional-thioredoxin-like protein with therapeutic potential. BMC Molecular Biology. 8, 74 (2007).

Tags

علم الوراثة، العدد 78، الطب، علم الأحياء الجزيئية، والهندسة الطبية الحيوية، علم التشريح، علم وظائف الأعضاء، علم الأعصاب، علم الأعصاب، الكيمياء الحيوية، علم الجينوم، Transcriptomics، طب العيون، أمراض العيون، الأعصاب، شبكية العين، عينات الأنسجة البشرية، وتنقية الحمض النووي الريبي، وتحليل ميكروأري، ميكروأري، مجلة، RNA، DNA، وتنقية، الكهربائي للهلام، والتسلسل، والتطبيقات السريرية، وتقنيات السريرية
تحليل Transcriptomic من العينات الجراحية الإنسان الشبكية عن طريق مجلة
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Delyfer, M. N., Aït-Ali, N.,… More

Delyfer, M. N., Aït-Ali, N., Camara, H., Clérin, E., Korobelnik, J. F., Sahel, J. A., Léveillard, T. Transcriptomic Analysis of Human Retinal Surgical Specimens Using jouRNAl. J. Vis. Exp. (78), e50375, doi:10.3791/50375 (2013).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

PLAYLIST
Diagnostic Procedure

  • Research • Medicine
    Estimation of Urinary Nanocrystals in Humans using Calcium Fluorophore Labeling and Nanoparticle Tracking Analysis
  • Research • Medicine
    Development and Evaluation of 3D-Printed Cardiovascular Phantoms for Interventional Planning and Training
  • Research • Medicine
    Human Fetal Blood Flow Quantification with Magnetic Resonance Imaging and Motion Compensation
  • Research • Medicine
    Digital Handwriting Analysis of Characters in Chinese Patients with Mild Cognitive Impairment
  • Research • Medicine
    Segmentation and Linear Measurement for Body Composition Analysis using Slice-O-Matic and Horos
  • Research • Medicine
    Magnetic Resonance Imaging of Multiple Sclerosis at 7.0 Tesla
  • Research • Medicine
    Real-Time Magnetic Resonance Guided Focused Ultrasound for Painful Bone Metastases
  • Research • Medicine
    Isolation of Viable Adipocytes and Stromal Vascular Fraction from Human Visceral Adipose Tissue Suitable for RNA Analysis and Macrophage Phenotyping
  • Research • Medicine
    Obtaining Quality Extended Field-of-View Ultrasound Images of Skeletal Muscle to Measure Muscle Fascicle Length
  • Research • Medicine
    Lung CT Segmentation to Identify Consolidations and Ground Glass Areas for Quantitative Assesment of SARS-CoV Pneumonia
  • Research • Medicine
    Electroretinogram Recording for Infants and Children under Anesthesia to Achieve Optimal Dark Adaptation and International Standards
  • Research • Medicine
    Measurement of Tissue Oxygenation Using Near-Infrared Spectroscopy in Patients Undergoing Hemodialysis
  • Research • Medicine
    Evaluation of Capnography Sampling Line Compatibility and Accuracy when Used with a Portable Capnography Monitor
  • Research • Medicine
    Simultaneous Laryngopharyngeal and Conventional Esophageal pH Monitoring
  • Research • Medicine
    Real-Time Monitoring of Neurocritical Patients with Diffuse Optical Spectroscopies
  • Research • Neuroscience
    Evaluating Postural Control and Lower-extremity Muscle Activation in Individuals with Chronic Ankle Instability
  • Research • Medicine
    Assessment of Dependence in Activities of Daily Living Among Older Patients in an Acute Care Unit
  • Research • Medicine
    Validated LC-MS/MS Panel for Quantifying 11 Drug-Resistant TB Medications in Small Hair Samples
  • Research • Medicine
    International Expert Consensus and Recommendations for Neonatal Pneumothorax Ultrasound Diagnosis and Ultrasound-guided Thoracentesis Procedure
  • Research • Biology
    A Finite Element Approach for Locating the Center of Resistance of Maxillary Teeth
  • Research • Medicine
    Lower Limb Biomechanical Analysis of Healthy Participants
  • Research • Neuroscience
    Assessing Early Stage Open-Angle Glaucoma in Patients by Isolated-Check Visual Evoked Potential
  • Research • Medicine
    Oral Health Assessment by Lay Personnel for Older Adults
  • Research • Medicine
    Determining and Controlling External Power Output During Regular Handrim Wheelchair Propulsion
  • Research • Medicine
    A Whole Body Dosimetry Protocol for Peptide-Receptor Radionuclide Therapy (PRRT): 2D Planar Image and Hybrid 2D+3D SPECT/CT Image Methods
  • Research • Medicine
    Measurement of Carotenoids in Perifovea using the Macular Pigment Reflectometer
  • Research • Medicine
    Assessment of Static Graviceptive Perception in the Roll-Plane using the Subjective Visual Vertical Paradigm
  • Research • Medicine
    Learning Modern Laryngeal Surgery in a Dissection Laboratory
  • Research • Medicine
    DIPLOMA Approach for Standardized Pathology Assessment of Distal Pancreatectomy Specimens
  • Research • Medicine
    A Computerized Functional Skills Assessment and Training Program Targeting Technology Based Everyday Functional Skills
  • Research • Medicine
    Imaging Features of Systemic Sclerosis-Associated Interstitial Lung Disease
  • Research • Medicine
    Integrating Augmented Reality Tools in Breast Cancer Related Lymphedema Prognostication and Diagnosis
  • Research • Medicine
    Ultrasonographic Assessment During Cardiopulmonary Resuscitation
  • Research • Medicine
    Measurement of the Hepatic Venous Pressure Gradient and Transjugular Liver Biopsy
  • Research • Medicine
    Patient Directed Recording of a Bipolar Three-Lead Electrocardiogram using a Smartwatch with ECG Function
  • Research • Medicine
    Traditional Trail Making Test Modified into Brand-new Assessment Tools: Digital and Walking Trail Making Test
  • Research • Medicine
    Use of Magnetic Resonance Imaging and Biopsy Data to Guide Sampling Procedures for Prostate Cancer Biobanking
  • Research • Medicine
    A Fluorescence-based Assay for Characterization and Quantification of Lipid Droplet Formation in Human Intestinal Organoids
  • Research • Medicine
    A Novel Non-invasive Method for the Detection of Elevated Intra-compartmental Pressures of the Leg
  • Research • Medicine
    Quantitative Mapping of Specific Ventilation in the Human Lung using Proton Magnetic Resonance Imaging and Oxygen as a Contrast Agent
  • Research • Neuroscience
    Portable Thermographic Screening for Detection of Acute Wallenberg's Syndrome
  • Research • Medicine
    Use of MRI-ultrasound Fusion to Achieve Targeted Prostate Biopsy
  • Research • Medicine
    Testing of all Six Semicircular Canals with Video Head Impulse Test Systems
  • Research • Medicine
    Protocol and Guidelines for Point-of-Care Lung Ultrasound in Diagnosing Neonatal Pulmonary Diseases Based on International Expert Consensus
  • Research • Neuroscience
    Bilateral Assessment of the Corticospinal Pathways of the Ankle Muscles Using Navigated Transcranial Magnetic Stimulation
  • Research • Medicine
    Targeting Gray Rami Communicantes in Selective Chemical Lumbar Sympathectomy
  • Research • Medicine
    Multi-Modal Home Sleep Monitoring in Older Adults
  • Research • Medicine
    Cardiac Magnetic Resonance for the Evaluation of Suspected Cardiac Thrombus: Conventional and Emerging Techniques
  • Research • Medicine
    Observational Study Protocol for Repeated Clinical Examination and Critical Care Ultrasonography Within the Simple Intensive Care Studies
  • Research • Medicine
    Measurements of Motor Function and Other Clinical Outcome Parameters in Ambulant Children with Duchenne Muscular Dystrophy
  • Research • Medicine
    Assessment of the Efficacy of An Osteopathic Treatment in Infants with Biomechanical Impairments to Suckling
  • Research • Medicine
    Quantification of Levator Ani Hiatus Enlargement by Magnetic Resonance Imaging in Males and Females with Pelvic Organ Prolapse
  • Research • Medicine
    Quantitative [18F]-Naf-PET-MRI Analysis for the Evaluation of Dynamic Bone Turnover in a Patient with Facetogenic Low Back Pain
  • Research • Medicine
    Generation of Human 3D Lung Tissue Cultures (3D-LTCs) for Disease Modeling
  • Research • Medicine
    Proton Therapy Delivery and Its Clinical Application in Select Solid Tumor Malignancies
  • Research • Medicine
    Combining Volumetric Capnography And Barometric Plethysmography To Measure The Lung Structure-function Relationship
  • Research • Medicine
    Two-Dimensional X-Ray Angiography to Examine Fine Vascular Structure Using a Silicone Rubber Injection Compound
  • Research • Medicine
    Preparation, Procedures and Evaluation of Platelet-Rich Plasma Injection in the Treatment of Knee Osteoarthritis
  • Research • Medicine
    Cardiac Magnetic Resonance Imaging at 7 Tesla
  • Research • Medicine
    Semi-quantitative Assessment Using [18F]FDG Tracer in Patients with Severe Brain Injury
  • Research • Medicine
    Handheld Metal Detector Screening for Metallic Foreign Body Ingestion in Children
  • Research • Medicine
    Conducting Maximal and Submaximal Endurance Exercise Testing to Measure Physiological and Biological Responses to Acute Exercise in Humans
  • Research • Medicine
    A Metadata Extraction Approach for Clinical Case Reports to Enable Advanced Understanding of Biomedical Concepts
  • Research • Medicine
    Autonomic Function Following Concussion in Youth Athletes: An Exploration of Heart Rate Variability Using 24-hour Recording Methodology
  • Research • Medicine
    Hydra, a Computer-Based Platform for Aiding Clinicians in Cardiovascular Analysis and Diagnosis
  • Research • Medicine
    Objective Nociceptive Assessment in Ventilated ICU Patients: A Feasibility Study Using Pupillometry and the Nociceptive Flexion Reflex
  • Research • Medicine
    'Boden Food Plate': Novel Interactive Web-based Method for the Assessment of Dietary Intake
  • Research • Medicine
    Anogenital Distance and Perineal Measurements of the Pelvic Organ Prolapse (POP) Quantification System
  • Research • Medicine
    Bedside Ultrasound for Guiding Fluid Removal in Patients with Pulmonary Edema: The Reverse-FALLS Protocol
  • Research • Medicine
    Muscle Imbalances: Testing and Training Functional Eccentric Hamstring Strength in Athletic Populations
  • Research • Medicine
    Isolation of Primary Human Decidual Cells from the Fetal Membranes of Term Placentae
  • Research • Medicine
    Skeletal Muscle Neurovascular Coupling, Oxidative Capacity, and Microvascular Function with 'One Stop Shop' Near-infrared Spectroscopy
  • Research • Medicine
    Collecting Hair Samples for Hair Cortisol Analysis in African Americans
  • Research • Medicine
    In Vivo Morphometric Analysis of Human Cranial Nerves Using Magnetic Resonance Imaging in Menière's Disease Ears and Normal Hearing Ears
  • Research • Medicine
    Measuring the Carotid to Femoral Pulse Wave Velocity (Cf-PWV) to Evaluate Arterial Stiffness
  • Research • Medicine
    Standardized Measurement of Nasal Membrane Transepithelial Potential Difference (NPD)
  • Research • Medicine
    Taste Exam: A Brief and Validated Test
  • Research • Medicine
    Absorption of Nasal and Bronchial Fluids: Precision Sampling of the Human Respiratory Mucosa and Laboratory Processing of Samples
  • Research • Medicine
    Methodology for Sputum Induction and Laboratory Processing
  • Research • Medicine
    Electrophysiological Measurement of Noxious-evoked Brain Activity in Neonates Using a Flat-tip Probe Coupled to Electroencephalography
  • Research • Medicine
    A Detailed Protocol for Physiological Parameters Acquisition and Analysis in Neurosurgical Critical Patients
  • Research • Medicine
    Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children
  • Research • Medicine
    Using Retinal Imaging to Study Dementia
  • Research • Medicine
    Application of an Amplitude-integrated EEG Monitor (Cerebral Function Monitor) to Neonates
  • Research • Medicine
    3D Ultrasound Imaging: Fast and Cost-effective Morphometry of Musculoskeletal Tissue
  • Research • Medicine
    The 4-vessel Sampling Approach to Integrative Studies of Human Placental Physiology In Vivo
  • Research • Medicine
    A Component-resolved Diagnostic Approach for a Study on Grass Pollen Allergens in Chinese Southerners with Allergic Rhinitis and/or Asthma
  • Research • Medicine
    A Novel Method: Super-selective Adrenal Venous Sampling
  • Research • Medicine
    A Method for Quantifying Upper Limb Performance in Daily Life Using Accelerometers
  • Research • Medicine
    Non-invasive Assessments of Subjective and Objective Recovery Characteristics Following an Exhaustive Jump Protocol
  • Research • Medicine
    Experimental Protocol of a Three-minute, All-out Arm Crank Exercise Test in Spinal-cord Injured and Able-bodied Individuals
  • Research • Medicine
    Phosphorus-31 Magnetic Resonance Spectroscopy: A Tool for Measuring In Vivo Mitochondrial Oxidative Phosphorylation Capacity in Human Skeletal Muscle
  • Research • Medicine
    Assessment of Pulmonary Capillary Blood Volume, Membrane Diffusing Capacity, and Intrapulmonary Arteriovenous Anastomoses During Exercise
  • Research • Medicine
    Assessment of Child Anthropometry in a Large Epidemiologic Study
  • Research • Medicine
    Video Movement Analysis Using Smartphones (ViMAS): A Pilot Study
  • Research • Medicine
    Network Analysis of Foramen Ovale Electrode Recordings in Drug-resistant Temporal Lobe Epilepsy Patients
  • Research • Medicine
    A Model to Simulate Clinically Relevant Hypoxia in Humans
  • Research • Medicine
    Interictal High Frequency Oscillations Detected with Simultaneous Magnetoencephalography and Electroencephalography as Biomarker of Pediatric Epilepsy
  • Research • Medicine
    Induction and Assessment of Exertional Skeletal Muscle Damage in Humans
  • Research • Medicine
    A Detailed Protocol for Perspiration Monitoring Using a Novel, Small, Wireless Device
  • Research • Medicine
    Drug-Induced Sleep Endoscopy (DISE) with Target Controlled Infusion (TCI) and Bispectral Analysis in Obstructive Sleep Apnea
  • Research • Medicine
    Integrated Compensatory Responses in a Human Model of Hemorrhage
  • Research • Medicine
    Transthoracic Speckle Tracking Echocardiography for the Quantitative Assessment of Left Ventricular Myocardial Deformation
  • Research • Medicine
    Impression Cytology of the Lid Wiper Area
  • Research • Behavior
    A Protocol of Manual Tests to Measure Sensation and Pain in Humans
  • Research • Medicine
    Unbiased Deep Sequencing of RNA Viruses from Clinical Samples
  • Research • Medicine
    A Choroid Plexus Epithelial Cell-based Model of the Human Blood-Cerebrospinal Fluid Barrier to Study Bacterial Infection from the Basolateral Side
  • Research • Medicine
    Isolation and Profiling of MicroRNA-containing Exosomes from Human Bile
  • Research • Medicine
    Generation of Microtumors Using 3D Human Biogel Culture System and Patient-derived Glioblastoma Cells for Kinomic Profiling and Drug Response Testing
  • Research • Medicine
    Ultrasound Assessment of Endothelial Function: A Technical Guideline of the Flow-mediated Dilation Test
  • Research • Medicine
    Using a Laminating Technique to Perform Confocal Microscopy of the Human Sclera
  • Research • Medicine
    Intravenous Endotoxin Challenge in Healthy Humans: An Experimental Platform to Investigate and Modulate Systemic Inflammation
  • Research • Medicine
    Modeling and Simulations of Olfactory Drug Delivery with Passive and Active Controls of Nasally Inhaled Pharmaceutical Aerosols
  • Research • Medicine
    Exosomal miRNA Analysis in Non-small Cell Lung Cancer (NSCLC) Patients' Plasma Through qPCR: A Feasible Liquid Biopsy Tool
  • Research • Medicine
    A Multimodal Imaging- and Stimulation-based Method of Evaluating Connectivity-related Brain Excitability in Patients with Epilepsy
  • Research • Medicine
    Measuring Cardiac Autonomic Nervous System (ANS) Activity in Toddlers - Resting and Developmental Challenges
  • Research • Medicine
    Using Saccadometry with Deep Brain Stimulation to Study Normal and Pathological Brain Function
  • Research • Medicine
    Quantitative Fundus Autofluorescence for the Evaluation of Retinal Diseases
  • Research • Medicine
    Diagnosis of Musculus Gastrocnemius Tightness - Key Factors for the Clinical Examination
  • Research • Medicine
    Stereo-Electro-Encephalo-Graphy (SEEG) With Robotic Assistance in the Presurgical Evaluation of Medical Refractory Epilepsy: A Technical Note
  • Research • Medicine
    Quantitative Magnetic Resonance Imaging of Skeletal Muscle Disease
  • Research • Medicine
    Transcutaneous Microcirculatory Imaging in Preterm Neonates
  • Research • Medicine
    Using an Ingestible Telemetric Temperature Pill to Assess Gastrointestinal Temperature During Exercise
  • Research • Medicine
    Design, Fabrication, and Administration of the Hand Active Sensation Test (HASTe)
  • Research • Medicine
    MRI-guided dmPFC-rTMS as a Treatment for Treatment-resistant Major Depressive Disorder
  • Research • Medicine
    Functional Human Liver Preservation and Recovery by Means of Subnormothermic Machine Perfusion
  • Research • Medicine
    A Multicenter MRI Protocol for the Evaluation and Quantification of Deep Vein Thrombosis
  • Research • Medicine
    Determining The Electromyographic Fatigue Threshold Following a Single Visit Exercise Test
  • Research • Medicine
    Use of Electromagnetic Navigational Transthoracic Needle Aspiration (E-TTNA) for Sampling of Lung Nodules
  • Research • Medicine
    Trabecular Meshwork Response to Pressure Elevation in the Living Human Eye
  • Research • Medicine
    In Vivo, Percutaneous, Needle Based, Optical Coherence Tomography of Renal Masses
  • Research • Medicine
    Establishment of Human Epithelial Enteroids and Colonoids from Whole Tissue and Biopsy
  • Research • Medicine
    Human Brown Adipose Tissue Depots Automatically Segmented by Positron Emission Tomography/Computed Tomography and Registered Magnetic Resonance Images
  • Research • Medicine
    Preparation and Respirometric Assessment of Mitochondria Isolated from Skeletal Muscle Tissue Obtained by Percutaneous Needle Biopsy
  • Research • Medicine
    A Methodological Approach to Non-invasive Assessments of Vascular Function and Morphology
  • Research • Medicine
    Isolation and Immortalization of Patient-derived Cell Lines from Muscle Biopsy for Disease Modeling
  • Research • Medicine
    State of the Art Cranial Ultrasound Imaging in Neonates
  • Research • Medicine
    Measurement of Dynamic Scapular Kinematics Using an Acromion Marker Cluster to Minimize Skin Movement Artifact
  • Research • Medicine
    The Supraclavicular Fossa Ultrasound View for Central Venous Catheter Placement and Catheter Change Over Guidewire
  • Research • Medicine
    Ultrasound Assessment of Endothelial-Dependent Flow-Mediated Vasodilation of the Brachial Artery in Clinical Research
  • Research • Medicine
    Tracking the Mammary Architectural Features and Detecting Breast Cancer with Magnetic Resonance Diffusion Tensor Imaging
  • Research • Medicine
    A Neuroscientific Approach to the Examination of Concussions in Student-Athletes
  • Research • Medicine
    DTI of the Visual Pathway - White Matter Tracts and Cerebral Lesions
  • Research • Medicine
    Collection, Isolation, and Flow Cytometric Analysis of Human Endocervical Samples
  • Research • Medicine
    Fundus Photography as a Convenient Tool to Study Microvascular Responses to Cardiovascular Disease Risk Factors in Epidemiological Studies
  • Research • Medicine
    A Multi-Modal Approach to Assessing Recovery in Youth Athletes Following Concussion
  • Research • Medicine
    Clinical Assessment of Spatiotemporal Gait Parameters in Patients and Older Adults
  • Research • Medicine
    Multi-electrode Array Recordings of Human Epileptic Postoperative Cortical Tissue
  • Research • Medicine
    Collection and Extraction of Saliva DNA for Next Generation Sequencing
  • Research • Medicine
    Fast and Accurate Exhaled Breath Ammonia Measurement
  • Research • Medicine
    Developing Neuroimaging Phenotypes of the Default Mode Network in PTSD: Integrating the Resting State, Working Memory, and Structural Connectivity
  • Research • Medicine
    Two Methods for Establishing Primary Human Endometrial Stromal Cells from Hysterectomy Specimens
  • Research • Medicine
    Assessment of Vascular Function in Patients With Chronic Kidney Disease
  • Research • Medicine
    Coordinate Mapping of Hyolaryngeal Mechanics in Swallowing
  • Research • Medicine
    Network Analysis of the Default Mode Network Using Functional Connectivity MRI in Temporal Lobe Epilepsy
  • Research • Medicine
    EEG Mu Rhythm in Typical and Atypical Development
  • Research • Medicine
    The Multiple Sclerosis Performance Test (MSPT): An iPad-Based Disability Assessment Tool
  • Research • Medicine
    Isolation and Functional Characterization of Human Ventricular Cardiomyocytes from Fresh Surgical Samples
  • Research • Medicine
    Dynamic Visual Tests to Identify and Quantify Visual Damage and Repair Following Demyelination in Optic Neuritis Patients
  • Research • Medicine
    Primary Culture of Human Vestibular Schwannomas
  • Research • Medicine
    Utility of Dissociated Intrinsic Hand Muscle Atrophy in the Diagnosis of Amyotrophic Lateral Sclerosis
  • Research • Medicine
    Lesion Explorer: A Video-guided, Standardized Protocol for Accurate and Reliable MRI-derived Volumetrics in Alzheimer's Disease and Normal Elderly
  • Research • Medicine
    Pulse Wave Velocity Testing in the Baltimore Longitudinal Study of Aging
  • Research • Medicine
    Isolation, Culture, and Imaging of Human Fetal Pancreatic Cell Clusters
  • Research • Medicine
    3D-Neuronavigation In Vivo Through a Patient's Brain During a Spontaneous Migraine Headache
  • Research • Medicine
    A Novel Application of Musculoskeletal Ultrasound Imaging
  • Research • Medicine
    Computerized Dynamic Posturography for Postural Control Assessment in Patients with Intermittent Claudication
  • Research • Medicine
    Collecting Saliva and Measuring Salivary Cortisol and Alpha-amylase in Frail Community Residing Older Adults via Family Caregivers
  • Research • Medicine
    Diffusion Tensor Magnetic Resonance Imaging in the Analysis of Neurodegenerative Diseases
  • Research • Medicine
    Transcriptomic Analysis of Human Retinal Surgical Specimens Using jouRNAl
  • Research • Medicine
    Improved Protocol For Laser Microdissection Of Human Pancreatic Islets From Surgical Specimens
  • Research • Medicine
    Evaluation of Respiratory Muscle Activation Using Respiratory Motor Control Assessment (RMCA) in Individuals with Chronic Spinal Cord Injury
  • Research • Medicine
    Minimal Erythema Dose (MED) Testing
  • Research • Medicine
    Measuring Cardiac Autonomic Nervous System (ANS) Activity in Children
  • Research • Medicine
    Collecting And Measuring Wound Exudate Biochemical Mediators In Surgical Wounds
  • Research • Medicine
    A Research Method For Detecting Transient Myocardial Ischemia In Patients With Suspected Acute Coronary Syndrome Using Continuous ST-segment Analysis
  • Research • Medicine
    Using a Chemical Biopsy for Graft Quality Assessment
  • Research • Medicine
    Characterizing Exon Skipping Efficiency in DMD Patient Samples in Clinical Trials of Antisense Oligonucleotides
  • Research • Medicine
    In Vitro Assessment of Cardiac Function Using Skinned Cardiomyocytes
  • Research • Medicine
    Normothermic Ex Situ Heart Perfusion in Working Mode: Assessment of Cardiac Function and Metabolism
  • Research • Medicine
    Evaluation of Vascular Control Mechanisms Utilizing Video Microscopy of Isolated Resistance Arteries of Rats
  • Research • Medicine
    Bronchoalveolar Lavage (BAL) for Research; Obtaining Adequate Sample Yield
  • Research • Medicine
    Non-invasive Optical Measurement of Cerebral Metabolism and Hemodynamics in Infants
  • Research • Medicine
    Tilt Testing with Combined Lower Body Negative Pressure: a "Gold Standard" for Measuring Orthostatic Tolerance
  • Research • Medicine
    Driving Simulation in the Clinic: Testing Visual Exploratory Behavior in Daily Life Activities in Patients with Visual Field Defects
  • Research • Medicine
    Isolation, Characterization and Comparative Differentiation of Human Dental Pulp Stem Cells Derived from Permanent Teeth by Using Two Different Methods
  • Research • Medicine
    Portable Intermodal Preferential Looking (IPL): Investigating Language Comprehension in Typically Developing Toddlers and Young Children with Autism
  • Research • Medicine
    Intraoperative Detection of Subtle Endometriosis: A Novel Paradigm for Detection and Treatment of Pelvic Pain Associated with the Loss of Peritoneal Integrity
  • Research • Medicine
    The Use of Primary Human Fibroblasts for Monitoring Mitochondrial Phenotypes in the Field of Parkinson's Disease
  • Research • Medicine
    Collection Protocol for Human Pancreas
  • Research • Medicine
    The α-test: Rapid Cell-free CD4 Enumeration Using Whole Saliva
  • Research • Medicine
    The Measurement and Treatment of Suppression in Amblyopia
  • Research • Medicine
    Corneal Donor Tissue Preparation for Endothelial Keratoplasty
  • Research • Medicine
    Quantification of Atherosclerotic Plaque Activity and Vascular Inflammation using [18-F] Fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography/Computed Tomography (FDG-PET/CT)
  • Research • Medicine
    Eye Tracking Young Children with Autism
  • Research • Medicine
    Doppler Optical Coherence Tomography of Retinal Circulation
  • Research • Medicine
    Utilizing Transcranial Magnetic Stimulation to Study the Human Neuromuscular System
  • Research • Medicine
    Detection and Genogrouping of Noroviruses from Children's Stools By Taqman One-step RT-PCR
  • Research • Medicine
    Method to Measure Tone of Axial and Proximal Muscle
  • Research • Medicine
    The Trier Social Stress Test Protocol for Inducing Psychological Stress
  • Research • Medicine
    Probing the Brain in Autism Using fMRI and Diffusion Tensor Imaging
  • Research • Medicine
    Multifocal Electroretinograms
  • Research • Medicine
    Isolation of Human Islets from Partially Pancreatectomized Patients
  • Research • Medicine
    Examining the Characteristics of Episodic Memory using Event-related Potentials in Patients with Alzheimer's Disease
  • Research • Medicine
    Magnetic Resonance Imaging Quantification of Pulmonary Perfusion using Calibrated Arterial Spin Labeling
  • Research • Medicine
    Manual Muscle Testing: A Method of Measuring Extremity Muscle Strength Applied to Critically Ill Patients
  • Research • Medicine
    Expired CO2 Measurement in Intubated or Spontaneously Breathing Patients from the Emergency Department
  • Research • Medicine
    A Protocol for Comprehensive Assessment of Bulbar Dysfunction in Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS)
  • Research • Medicine
    An Investigation of the Effects of Sports-related Concussion in Youth Using Functional Magnetic Resonance Imaging and the Head Impact Telemetry System
  • Research • Medicine
    Corneal Confocal Microscopy: A Novel Non-invasive Technique to Quantify Small Fibre Pathology in Peripheral Neuropathies
  • Research • Medicine
    Methods to Quantify Pharmacologically Induced Alterations in Motor Function in Human Incomplete SCI
  • Research • Medicine
    Multispectral Real-time Fluorescence Imaging for Intraoperative Detection of the Sentinel Lymph Node in Gynecologic Oncology
  • Research • Medicine
    Technique to Collect Fungiform (Taste) Papillae from Human Tongue
  • Research • Medicine
    Assessing Endothelial Vasodilator Function with the Endo-PAT 2000
  • Research • Medicine
    Making Sense of Listening: The IMAP Test Battery
  • Research • Medicine
    An Experimental Paradigm for the Prediction of Post-Operative Pain (PPOP)
  • Research • Biology
    Bioelectric Analyses of an Osseointegrated Intelligent Implant Design System for Amputees
  • Research • Biology
    Demonstration of Cutaneous Allodynia in Association with Chronic Pelvic Pain

    • Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

    Waiting X
    Simple Hit Counter