Qui si descrive un oleodotto step-by-step per la generazione di filogenesi affidabili da nucleotidiche o aminoacidiche set di dati di sequenza. Questa guida si propone di servire i ricercatori o studenti nuovi ad analisi filogenetica.
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Articolo metodologico
Una guida pratica per Phylogenetics per i non esperti
In questo articolo
Sommario
Abstract
Molti ricercatori, attraverso foci incredibilmente varia, stanno applicando filogenesi alla loro domanda di ricerca (s). Tuttavia, molti ricercatori sono nuovi a questo tema e quindi presenta problemi inerenti. Qui compiliamo un'introduzione pratica alla filogenesi per non esperti. Abbiamo delineare in maniera step-by-step, un gasdotto per la generazione di filogenesi affidabili da insiemi di dati di sequenza del gene. Iniziamo con una interfaccia user-guida per somiglianza strumenti di ricerca attraverso interfacce online così come eseguibili locali. Avanti, esploriamo i programmi per la generazione di allineamenti multipli di sequenze seguite da protocolli per l'utilizzo di software per determinare i modelli di best-fit dell'evoluzione. Abbiamo poi delineare protocolli per ricostruire le relazioni filogenetiche tramite massima verosimiglianza e criteri bayesiani e, infine, descrive gli strumenti per la visualizzazione di alberi filogenetici. Anche se questo non è affatto una descrizione esaustiva di approcci filogenetici, fornisce al lettore pratico informat di partenzaion su applicazioni software chiave comunemente utilizzati da phylogeneticists. La visione di questo articolo sarebbe che potrebbe servire come strumento di formazione pratica per i ricercatori intraprendono studi filogenetici ed anche servire come risorsa educativa che potrebbe essere inserito in una classe o di insegnamento-lab.
Introduzione
Al fine di comprendere come due (o più) delle specie si è evoluta, è prima necessario ottenere sequenza o dati morfologici di ogni campione; questi dati rappresentano quantità che possiamo utilizzare per misurare il loro rapporto attraverso lo spazio evolutivo. Proprio come quando si misura la distanza lineare, avendo più dati disponibili (ad esempio miglia, pollici, micron) saranno equivalere a una misurazione più accurata. Ergo, la precisione con cui un ricercatore può dedurre la distanza evolutiva è fortemente influenzato dal volume di dati informativi disponibili per misurare i rapporti. Inoltre, poiché diversi campioni si evolvono a ritmi diversi e da d....
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Protocollo
1. Base Local Alignment Search Tool (BLAST): Interfaccia online
- Clicca su questo link per visitare il sito web del server BLAST 1 presso il National Center for Biotechnology Information (NCBI). - http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (Figura 1).
- Immettere una sequenza di testo formattato FASTA (vedi figura 2 per esempio) nella casella di ricerca.
- Fare clic sul programma BLAST appropriato e banca dati pertinente o le singole specie di interesse da utilizzare nella ricerca e poi cliccare su "BLAST".
Nota: sequenza FA....
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Risultati
Trovare analogie a una query consente ai ricercatori di attribuiscono un potenziale identità nuove sequenze e anche deducono le relazioni tra le sequenze. Il tipo di input di file per BLAST 1 è FASTA sequenza di testo formattato o GenBank numero di accesso. Sequenza FASTA formattato inizia con una riga di descrizione indicata da un segno ">" (Figura 2). La descrizione deve seguire immediatamente dopo il segno ">", la sequenza (ad es. Nucleotidi o amminoacidi.......
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Discussione
La nostra speranza per questo articolo è che servirà come punto di partenza per guidare ricercatori o studenti che sono nuovi per filogenesi. Progetti di sequenziamento del genoma sono diventati meno costosi nel corso degli ultimi anni e di conseguenza la domanda degli utenti per questa tecnologia è in aumento, e ora la produzione di grandi quantità di dati di sequenza è comune in piccoli laboratori. Questi dataset spesso forniscono ai ricercatori insiemi di geni che richiedono un quadro filogenetico per iniziare a capi.......
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Dichiarazioni
Non abbiamo nulla da rivelare.
Ringraziamenti
Ringraziamo i membri del laboratorio O'Halloran per i commenti sul manoscritto. Ringraziamo il Dipartimento dell'Università George Washington di Scienze Biologiche e colombiana Collegio delle Arti e delle Scienze per il finanziamento di D. O'Halloran.
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Materiali
Riferimenti
- Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. Weights for data related by a tree. J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).
- Akaike, H. A new look at the statistical model identification. IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).
- Schwarz, G.
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Ristampe e permessi
