Summary

Bygg og systematisk Symmetriske Studier av en serie av supra Clusters med Binary eller Ternær Ammonium Triphenylacetates

Published: February 15, 2016
doi:

Summary

This article describes construction of a series of hydrogen-bonding supramolecular clusters in crystals using primary ammonium triphenylacetates, which are recrystallized from non-polar solvents. This selective construction of the supramolecular clusters leads to effective systematical symmetric studies about a correlation between the supramolecular clusters and their components.

Abstract

Funksjoner av klynger i nano eller sub-nanoskala betydelig avhenger ikke bare typer komponenter, men også ordninger, eller symmetri, for sine komponenter. Derfor ordningene i klynger har blitt nøyaktig karakterisert, spesielt for metallkomplekser. I motsetning til dette, er karakterisering av molekylære ordninger i supramolekylære klynger består av organiske molekyler begrenset til noen få tilfeller. Dette er fordi konstruksjonen av supramolekylære klynger, spesielt å skaffe en rekke av de supramolekylære klynger, er vanskelig på grunn av lav stabilitet av ikke-kovalente bindinger sammenlignet med kovalente bindinger. Fra dette synspunkt, utnyttelse av organiske salter er en av de mest hensiktsmessige strategier. En rekke av de supramolecules kunne konstrueres av en kombinasjon av en spesifikk organisk molekyl med forskjellige motioner. Spesielt foretrukne ammoniumkarboksylater er egnet som typiske eksempler på supramolecules fordi ulike typer av karboksylsyrerog primære aminer er kommersielt tilgjengelige, og det er lett å endre deres kombinasjoner. Tidligere ble det vist at primære ammonium- triphenylacetates ved hjelp av ulike typer primære aminer spesielt konstruere supramolekylære klynger, som er sammensatt av fire ammonium og fire triphenylacetates sammen av ladnings-assistert hydrogenbindinger, i krystaller erholdt fra ikke-polare oppløsningsmidler. Denne studien viser en anvendelse av den spesifikke konstruksjonen av supramolekylære klynger som en strategi for å gjennomføre systematisk symmetrisk studie for avklaring av sammenhenger mellom molekylære ordninger i supramolecules og typer og antall komponenter. På samme måte med binære salter sammensatt av triphenylacetates og en type av hoved ammonium, ternære organiske salter sammensatt av triphenylacetates og to typer ammonium konstruere supramolekylære klynger, hvilket ga en serie av supramolekylære klynger med ulike typer og antall av komponentene.

Introduction

Supramolecules er fascinerende og viktige forskningsmålene på grunn av sine unike funksjoner, som for eksempel bygging av supramolekylære arkitekturer, sensing av ioner og / eller molekyler, og kirale separasjoner, stammer fra deres molekylære anerkjennelse evner ved hjelp av fleksible ikke-kovalente bindinger 1-11. I molekylære utmerkelser, symmetri av supramolekylære forsamlinger er en av de viktigste faktorene. På tross av betydning, er det likevel vanskelig å utforme supramolecules med ønskede symmetrier på grunn av fleksibilitet i antall og typer av komponenter, så vel som vinkler og avstander av ikke-kovalente bindinger.

Avklaring av sammenhenger mellom symmetrier av supramolecules og komponenter basert på systematiske studier er nyttig strategi for å oppnå bygging av ønskede supramolecules. For dette formål ble det supramolekylære klynger valgt som forsknings mål fordi de er sammensatt av begrenset antall komponenter and er evaluert teoretisk 12-14. Men i motsetning til metallkomplekser, er det et begrenset antall rapporter konstruksjon av supramolekylære klynger på grunn av lav stabilitet av ikke-kovalente bindinger for å opprettholde den supramolekylære strukturer 15,16. Dette lav stabilitet blir også et problem med å få en serie av supramolekylære forsamlinger som har de samme typer strukturer. I denne studien gebyr assistert hydrogenbindinger av organiske salter, som er en av de mest robuste ikke-kovalente bindinger 17-20, er i hovedsak brukt til å konstruere bestemte supramolekylære forsamlinger fortrinnsvis 21-32. Det er også verdt å merke seg at organiske salter er sammensatt av syrer og baser, og således mange typer organiske salter er lett oppnås bare ved blanding av forskjellige kombinasjoner av syrer og baser. Spesielt, organiske salter er anvendelige for systematiske undersøkelser på grunn kombinasjoner av en spesifikk komponent med forskjellige typer av motioner resultere i de samme typer av supramolecular forsamlinger. Derfor er det mulig å sammenligne strukturelle forskjeller av supramolekylære sammenstillinger basert på utvalg av motioner.

I tidligere arbeider, supramolecules med 0-dimensjonale (0-D), en-dimensjonale (1-D), og to-dimensjonal (2-D) hydrogenbindende nettverk av primær ammoniumkarboksylater ble bekreftet og karakterisert fra et synspunkt av kiralitet 32. Disse multi-dimensjonale supramolecules er viktige forskningsmålene i hierarkisk krystalldesign 27 samt programmer som utnytter deres dimensjonalitet. I tillegg vil karakterisering av de hydrogenbindende nettverk gi viktig kunnskap om rollene til biologiske molekyler, fordi alle aminosyrer har ammonium og karboksylgrupper. Gi retningslinjer for å få disse supramolecules gir separat dem ytterligere muligheter i applikasjoner. I disse supramolecules, er bygging av supramolekylære klynger med 0-D hydrogen-binding nettverk relatively vanskelig som demonstrert i statistisk studie 28. Men etter klargjøring av faktorer for konstruksjon av supramolekylære klynger, ble de selektivt konstruert, og en serie av de supramolekylære klyngene ble oppnådd 21-25,32. Disse arbeidene gjør det mulig å gjennomføre systematisk symmetrisk studie på supramolekylære klynger for å avklare komponentavhengig symmetriske egenskaper ved de supramolekylære klynger. For dette formål er supramolekylære klynger av primære ammonium- triphenylacetates har interessante egenskaper, det vil si, deres topologisk variasjon i hydrogen-binding-nettverk 24,32, som ville reflektere deres symmetriske funksjoner samt chirale konformasjoner av komponenten tritylgrupper (Figur 1a og 1b). Her metoder for å bygge en serie av supramolekylære klynger som bruker primær ammonium triphenylacetates og for å karakter symmetriske funksjoner av supramolekylære klyngene er demonertrated. Taster for bygging av supramolekylære klyngene er innføring av voluminøse tritylgrupper og omkrystallisering av de organiske salter fra ikke-polare oppløsningsmidler. Binære og trefoldig primære ammonium triphenylacetates var forberedt for bygging av supramolekylære klynger. Krystallografiske studier fra synspunktene til topologier av hydrogen-binding nettverk 24,32, kretsmønstre (conformations) av tritylgrupper 33,34, og molekylære ordninger som analoger av octacoordinated polyhedrons 12 (figur 1c) viste komponentavhengig symmetriske karakteristikker av supramolekylære klynger 25.

Protocol

1. Utarbeidelse av enkrystaller Består av Primary Ammonium Triphenylacetates Forbered organiske salter, primær ammonium triphenylacetates (Figur 1a). Oppløs triphenylacetic syre (TPAA, 0,10 g, 0,35 mmol) og det primære amin: n-butylamin (n Bu, 2,5 x 10 -2 g, 0,35 mmol), isobutylamin (isoBu, 2,5 x 10 -2 g, 0,35 mmol), t butylamin (t Bu, 2,5 x 10 -2 g, 0,35 mmol), eller t -amylamine (t Am, 3,0 x …

Representative Results

Organisk saltdannelse av TPAA og primære aminer ble bekreftet ved FT-IR-målinger. Krystallstrukturer av de organiske saltene ble analysert ved hjelp av enkeltkrystallrøntgenstråle-diffraksjon målinger. Som et resultat av de samme typer av supramolekylære klynger, som er sammensatt av fire ammonium og fire triphenylacetates av ladnings-assistert hydrogenbindinger (figur 1A), ble bekreftet i alle av de enkelte krystaller av de organiske salter uavhengig av typer og a…

Discussion

En serie av supramolekylære klynger med lukkede hydrogenbindende nettverk ble vellykket konstruert og karakterisert fra synspunkter av kiralitet og polyhedral funksjoner ved hjelp av organiske salter av TPAA, som har en trityl-gruppe, og ulike typer og kombinasjoner av primære aminer. I denne metoden blir kritiske trinn er innføring av et molekyl med en voluminøs tritylgruppe og omkrystallisering av organiske salter sammensatt av molekylet og motionene fra ikke-polare oppløsningsmidler. Dette er fordi den supra kly…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

This work was financially supported by Grant-in-Aid for Scientific Research B (24350072, 25288036) and Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (24108723) from MEXT and JSPS, Japan. T.S. acknowledges Grant-in-Aid for JSPS Fellows (25763), the GCOE Program of Osaka University and Grants for Excellent Graduate Schools, MEXT, Japan.

Materials

Triphenylacetic acid Aldrich T81205-10G
n-Butylamine TCI B0707
Isobutylamine TCI I0095
tert-Butylamine TCI B0709
tert-Amylamine TCI A1002
Methanol Wako 131-01826 hazardous substance
Toluene Wako 204-01866 hazardous substance
Hexane Wako 085-00416
KBr Wako 165-17111

References

  1. Lehn, J. -. M. . Supramolecular Chemistry. , (1995).
  2. Lehn, J. -. M. Perspectives in Supramolecular Chemistry-From Molecular Recognition towards Molecular Information Processing and Self-Organization. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 29 (11), 1304-1319 (1990).
  3. Lehn, J. -. M. From Supramolecular Chemistry towards Constitutional Dynamic Chemistry and Adaptive Chemistry. Chem. Soc. Rev. 36 (2), 151-160 (2007).
  4. Fabbrizzi, L., Poggi, A. Sensors and Switches from Supramolecular Chemistry. Chem. Soc. Rev. 24 (3), 197-202 (1995).
  5. Zeng, F., Zimmerman, S. C. Dendrimers in Supramolecular Chemistry: From Molecular Recognition to Self-Assembly. Chem. Rev. 97 (5), 1681-1712 (1997).
  6. Joseph, R., Rao, C. P. Ion and Molecular Recognition by Lower Rim 1,3-Di-conjugates of Calix[4]arene as Receptors. Chem. Rev. 111 (8), 4658-4702 (2011).
  7. Kinbara, K., Hashimoto, Y., Sukegawa, M., Nohira, H., Saigo, K. Crystal Structures of the Salts of Chiral Primary Amines with Achiral Carboxylic Acids: Recognition of the Commonly-Occurring Supramolecular Assemblies of Hydrogen-Bond Networks and Their Role in the Formation of Conglomerates. J. Am. Chem. Soc. 118 (14), 3441-3449 (1996).
  8. Tamura, R., et al. Mechanism of Preferential Enrichment, an Unusual Enantiomeric Resolution Phenomenon Caused by Polymorphic Transition during Crystallization of Mixed Crystals Composed of Two Enantiomers. J. Am. Chem. Soc. 124 (44), 13139-13153 (2002).
  9. Megumi, K., Arif, F. N. B. M., Matumoto, S., Akazome, M. Design and Evaluation of Salts between N-Trityl Amino Acid and tert-Butylamine as Inclusion Crystals of Alcohols. Cryst. Growth Des. 12 (11), 5680-5685 (2012).
  10. Davey, R. J., et al. Racemic Compound Versus Conglomerate: Concerning the Crystal Chemistry of the Triazoylketone, 1-(4-chlorophenyl)-4,4-dimethyl-2-(1 H-1,2,4-triazol-1-yl)pentan-3-one. CrystEngComm. 16 (21), 4377-4381 (2014).
  11. Iwama, S., et al. Highly Efficient Chiral Resolution of DL-Arginine by Cocrystal Formation Followed by Recrystallization under Preferential-Enrichment Conditions. Chem. Eur. J. 20 (33), 10343-10350 (2014).
  12. Connelly, N. G., Damhus, T., Hartshorn, R. M., Hutton, A. T. . Nomenclature of Inorganic Chemistry − IUPAC Recommendations 2005. , (2005).
  13. McDonald, S., Ojamäe, L., Singer, S. J. Graph Theoretical Generation and Analysis of Hydrogen-Bonded Structures with Applications to the Neutral and Protonated Water Cube and Dodecahedral Cluster. J. Phys. Chem. A. 102 (17), 2824-2832 (1998).
  14. Xantheas, S. S., Dunning, T. H. Ab initio. Studies of Cyclic Water Cluster (H2O)n, n = 1-6. I. Optimal Structures and Vibrational Spectra. J. Chem. Phys. 99 (11), 8774-8792 (1993).
  15. MacGillivray, L. R., Atwood, J. L. A chiral spherical molecular assembly held together by 60 hydrogen bonds. Nature. 389 (6650), 469-472 (1997).
  16. Liu, Y., Hu, A., Comotti, A., Ward, M. D. Supramolecular Archimedean Cages Assembled with 72 Hydrogen Bonds. Science. 333 (6041), 436-440 (2011).
  17. Mautner, M. The Ionic Hydrogen Bond. Chem. Rev. 105 (1), 213-284 (2005).
  18. Ward, M. D. Charge-Assisted Hydrogen-Bonded Networks. Struct. Bond. 132, 1-23 (2009).
  19. Holman, K. T., Pivovar, A. M., Ward, M. D. Engineering Crystal Symmetry and Polar Order in Molecular Host Frameworks. Science. 294 (5548), 1907-1911 (2001).
  20. Ward, M. D. Design of Crystalline Molecular Networks with Charge-Assisted Hydrogen Bonds. Chem. Commun. 47, 5838-5842 (2005).
  21. Tohnai, N., et al. Well-Designed Supramolecular Clusters Comprising Triphenylmethylamine and Various Sulfonic Acids. Angew. Chem. Int. Ed. 46 (13), 2220-2223 (2007).
  22. Yuge, T., Tohnai, N., Fukuda, T., Hisaki, I., Miyata, M. Topological Study of Pseudo-Cubic Hydrogen-Bond Networks in a Binary System Composed of Primary Ammonium Carboxylates: An Analogue of an Ice Cube. Chem. Eur. J. 13 (15), 4163-4168 (2007).
  23. Sada, K., et al. Well-defined Ion-pair Clusters of Alkyl- and Dialkylammonium Salts of a Sterically-Hindered Carboxylic Acid. Implication for Hydrogen-bonded Lys Salt Bridges. Chem. Lett. 33 (2), 160-161 (2004).
  24. Yuge, T., Hisaki, I., Miyata, M., Tohnai, N. Guest-Induced Topological Polymorphism of Pseudo-Cubic Hydrogen Bond Networks-Robust and Adaptable Supramolecular Synthon. CrystEngComm. 10 (3), 263-266 (2008).
  25. Sasaki, T., et al. Chirality Generation in Supramolecular Clusters: Analogues of Octacoordinated Polyhedrons. Cryst. Growth Des. 15 (2), 658-665 (2015).
  26. Hisaki, I., Sasaki, T., Tohnai, N., Miyata, M. Supramolecular-Tilt-Chirality on Twofold Helical Assemblies. Chem. Eur. J. 18 (33), 10066-10073 (2012).
  27. Sasaki, T., Hisaki, I., Tsuzuki, S., Tohnai, N., Miyata, M. Halogen Bond Effect on Bundling of Hydrogen Bonded 2-Fold Helical Columns. CrystEngComm. 14 (18), 5749-5752 (2012).
  28. Yuge, T., Sakai, T., Kai, N., Hisaki, I., Miyata, M., Tohnai, N. Topological Classification and Supramolecular Chirality of 21-Helical Ladder-Type Hydrogen-Bond Networks Composed of Primary Ammonium Carboxylates: Bundle Control in 21-Helical Assemblies. Chem. Eur. J. 14 (10), 2984-2993 (2008).
  29. Sada, K., et al. Organic Layered Crystals with Adjustable Interlayer Distances of 1-Naphthylmethylammonium n-Alkanoates and Isomerism of Hydrogen-Bond Networks by Steric Dimension. J. Am. Chem. Soc. 126 (6), 1764-1771 (2004).
  30. Tanaka, A., et al. Supramolecular Chirality in Layered Crystals of Achiral Ammonium Salts and Fatty Acids: A Hierarchical Interpretation. Angew. Chem. Int. Ed. 45 (25), 4142-4145 (2006).
  31. Sada, K., et al. Multicomponent Organic Alloys Based on Organic Layered Crystals. Angew. Chem. Int. Ed. 44 (43), 7059-7062 (2005).
  32. Sasaki, T., et al. Characterization of Supramolecular Hidden Chirality of Hydrogen-Bonded Networks by Advanced Graph Set Analysis. Chem. Eur. J. 20 (9), 2478-2487 (2014).
  33. Okamoto, Y., Honda, S., Yashima, E., Yuki, H. Complete Chromatographic Resolution of Tris(acetylacetonato)cobalt(III) and Chromium(III) on an Optically Active Poly(triphenylmethyl methacrylate) Column. Chem. Lett. 12 (8), 1221-1224 (1983).
  34. Nakano, T., Okamoto, Y. Synthetic Helical Polymers: Conformation and Function. Chem. Rev. 101 (12), 4013-4038 (2001).
  35. Chalmers, J. M., Griffiths, P. R. . Handbook of Vibrational Spectroscopy. , (2002).
  36. Griffiths, P. R., Delaseth, J. A. . Fourier Transform Infrared Spectrometry. , (2007).
  37. Stout, G. H., Jensen, L. H. X-Ray Structure Determination: A Practical Guide. Wiley-Interscience. , (1989).
  38. Massa, W., Gould, R. O. . Crystal Structure Determination. , (2004).
  39. Burla, M. C., et al. SIR2004: an Improved Tool for Crystal Structure Determination and Refinement. J. Appl. Cryst. 32 (2), 115-119 (2005).
  40. Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX. Acta Cryst. A. 64 (1), 112-122 (2008).
  41. Rigaku. . CrystalStructure 3.8: Crystal Structure Analysis Package. , (2007).
  42. Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structures and Rising. Acta Cryst. B: Structural Science. 58 (3), 380-388 (2002).
  43. Bruno, I. J., et al. New Software for Searching the Cambridge Structural Database and Visualising Crystal Structures. Acta Cryst. B: Structural Science. 58 (3), 389-397 (2002).
  44. . Cambridge Strucural Database Access From Available from: https://summary.ccdc.cam.ac.uk/structure-summary-form (2015)
  45. Macrae, C. F. Mercury CSD 2.0 – New Features for the Visualization and Investigation of Crystal Structures. J. Appl. Cryst. 41 (2), 466-470 (2008).
  46. Macrae, C. F. Mercury: Visualization and Analysis of Crystal Structures. J. Appl. Cryst. 39 (3), 453-457 (2006).
  47. Bruno, I. J. New Software for Searching the Cambridge Structural Database and Visualising Crystal Structures. Acta Cryst. B. 58 (3), 389-397 (2002).
  48. Taylor, R., Macrae, C. F. Rules Governing the Crystal Packing of Mono- and Di-alcohols. Acta Cryst. B. 57 (6), 815-827 (2001).
  49. Schrödinger, L. L. C. . The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.7.1.6. , (2015).
  50. Gruenloh, C. J., Carney, J. R., Arrington, C. A., Zwier, T. S., Fredericks, S. Y., Jordan, K. D. Infrared Spectrum of a Molecular Ice Cube: The S4 and D2d Water Octamers in Benzene-(Water)8. Science. 276 (5319), 1678-1681 (1997).
  51. Blanton, W. B., et al. Synthesis and Crystallographic Characterization of an Octameric Water Complex (H2O)8. J. Am. Chem. Soc. 121 (14), 3551-3552 (1999).
  52. Yamamoto, A., et al. Diamondoid Porous Organic Salts toward Applicable Strategy for Construction of Versatile Porous Structures. Cryst. Growth Des. 12 (9), 4600-4606 (2012).

Play Video

Cite This Article
Sasaki, T., Ida, Y., Yuge, T., Yamamoto, A., Hisaki, I., Tohnai, N., Miyata, M. Construction and Systematical Symmetric Studies of a Series of Supramolecular Clusters with Binary or Ternary Ammonium Triphenylacetates. J. Vis. Exp. (108), e53418, doi:10.3791/53418 (2016).

View Video