Выделение и профилирование микроРНК содержащих экзосомы от человека Bile

Abstract

Исследование экзосома в течение последних трех лет значительно расширили сферу в сторону идентификации и характеристики биомаркеров и их терапевтического применения.

Экзосомы недавно было показано, содержат микроРНК (Мирс). Миры сами по себе возникли как ценные биомаркеров для диагностических целей. Как сбор проб в клиниках и больницах довольно изменчиво, микроРНК изоляция от всей желчи существенно различается. Для достижения надежных, точных и воспроизводимых профилей микроРНК из собранных образцов желчи простым способом потребовало разработки протокола высокого качества, чтобы выделить и охарактеризовать экзосомы от желчи. Метод требует несколько центрифугировани и стадию фильтрации с конечной стадией ультрацентрифугирования, чтобы осадить обособленные экзосомы. Электронная микроскопия, Вестерн-блоты, проточной цитометрии и многопараметрического наночастицами оптический анализ, если таковые имеются, являются важнейшими этапами определения характеристик для проверки качества еxosomes. Для выделения микроРНК из этих экзосомы, спайковой лизата с неспецифическим, синтетический микроРНК из вида , как Caenorhabditis Элеганс, т.е. Cel-микроРНК-39, имеет важное значение для нормализации эффективности экстракции РНК. Выделение экзосома из желчной жидкости следуя этому методу позволяет успешно микроРНК профилирование из образцов желчи, хранившихся в течение нескольких лет при температуре -80 ° С.

Introduction

Как и в других биологических жидкостях, то есть грудное молоко, плазме крови или моче, желчи содержит экзосомы, богатой липидами везикулы ^1-4. Экзосомы могут вызывать или изменять биологические функции в клетки - реципиенты ^{5, 6,} форма межклеточной связи , которая может быть частью их нормальной функции ^{4, 7-9.} Экзосомы может содержать видов микроРНК , которые могут обеспечить ценный источник биомаркеров для диагностики ^10. профили микроРНК получили значительное внимание в последние годы в качестве диагностических и прогностических маркеров различных заболеваний ^{11-14 лет.}

Сам микроРНК можно найти в биологических жидкостях, возможно, высвобождаемых мертвых клеток и количество пролитой клеток может в значительной мере зависеть от основного заболевания. Профиль микроРНК экзосом не обязательно отражает профиль микроРНК от инициирующего элемента ^{6, 10, 15-17,} но экзосомы может нести подписи микроРНК , которые могут быть характерны для родителей CEбудете как клетка опухоли. Опухолевые полученных экзосомы были идентифицированы в плазме пациентов с аденокарциномой легкого, рака предстательной железы и других опухолей ^{8, 16, 18.}

Целью данного метода является надежным и надежная изоляция экзосомы из образцов желчи человека, в значительной степени зависит от их предыдущих процедур обработки. Она была разработана , чтобы использовать желчь в качестве надежного источника микроРНК для потенциальной диагностики заболеваний желчных протоков , таких как холангиокарциномой ^19. Она состоит из нескольких этапов центрифугирования при увеличении скорости, чтобы изолировать экзосомы и могут быть применимы и к другим биологическим жидкостям.

Protocol

Получение желчи от больных к эндоскопической ретроградной холангиопанкреатография (ЭРХПГ) требует утверждения человеческого протокола Испытуемых Советом по рассмотрению Institutional. Все работы, представленные здесь было одобрено Институциональным наблюдательным советом Университета Джона Хопкинса.

1. экзосома Изоляция от Bile

1. Выполните эндоскопической ретроградной холангиопанкреатография (ERCP). Поместите пациента в положении лежа на спине и интубации.
   1. Передаёт duodenoscope через рот пациента и вставить его во второй части двенадцатиперстной кишки и выявить основные сосочек.
   2. Избирательно иглу общего желчного протока, вставив тройные Просвет sphincterotome предварительно загруженным с 0,035 дюйма (0,9 мм) гидрофильного проводнику.
   3. Продвигайте проволочный под флуороскопа к левому желчный проток, так как в некоторых случаях это может быть трудно дифференцировать пузырный проток от правого печеночного протока, а затем Продвиньтеsphincterotome 5 см в желчный проток, чтобы приобрести устойчивое положение.
   4. Удалите проволочный направитель, прикрепить 10 мл шприц к проволочный направитель порту через замок Люэра и отсасывает желчи, используя 10 мл отрицательного давления.
   5. Удалите шприц, содержащий желчь, чтобы приступить к ЭРХПГ вставив на проволочный и введение контрастного вещества через порт впрыска для контрастирования билиарного дерева.
   6. Передача собранной желчи в 15 мл пробирку на льду и держать на льду до готовности приступить к стадии центрифугирования.
      Внимание: Надевайте перчатки, чтобы защитить себя и образцы! Лечить желчи как потенциальный источник инфекции, как он может содержать гепатит А вирусные частицы!
   7. Держите образец (ы) на льду. Либо перейдите к шагу 1.2 или центрифуге при 500g при температуре 4 ° С в течение 10 мин, а затем заморозить при температуре -80 ° С до дальнейшего использования.
      Примечание: Образцы , хранящиеся таким образом в течение нескольких лет, обычно использовались с хорошими результатами ^19.
   8. Передача 400 мкл желчи в микроцентрифужную пробирку и собирают клетки и клеточные остатки центрифугированием при 300 х г в течение 10 мин при температуре 4 ° С.
   9. Удалить супернатант с помощью пипетки, переносят в свежую пробирку микроцентрифужных и центрифугирование образца (ов) при 16500 х г в течение еще 20 мин при 4 ° C, чтобы очистить супернатант дальнейшего мусора. Откажитесь трубы в биологически опасных отходов. В качестве альтернативы, спина образцов в ультрацентрифуге вместо этого.
   10. Собирают супернатант и фильтровать ее в шкафу биологической безопасности с помощью шприца через мембранный фильтр с диаметром 0,2 мкм из полиэфирсульфона (ПЭС), который имеет хорошие скорости потока и низкое св зывание белка для удаления частиц размером более 200 нм налево.
   11. Пипетируйте отфильтрованный супернатант в ультрацентрифуге трубки и добавляют PBS так, что трубы более чем на 2/3. Если трубки содержат меньше жидкости, чем, трубы будут разрушаться во время центрифугирования! Трубы могут быть вымыты, автоклавированы и повторно использовать несколько раз.
   12. Пеллэт экзосомы через ультрацентрифугирования при 120000 мкг в течение 70 мин при 4 ° С. После центрифугирования взгляд на нижней части ультрацентрифуге трубки иногда увидеть маленькие желтые шарики; эти экзосомы.
   13. Жидкость над осадком сливают, осторожно декантируют его и дезинфекцию отходов путем добавления отбеливателя до конечной концентрации 10% об / об, и оставьте на 20 мин.
   14. Для последующих экспериментов, либо обрабатывать гранул (ы) в небольшом объеме соответствующего раствора (т.е. радиоиммуноосажден анализ (РИПА) буфер для выделения белка, РНК буфера для лизиса для СИК изоляции) или суспендирование его в 50-150 мкл фосфатно - буферного физиологический раствор (PBS) , который может быть либо хранить при -80 ° с для последующего использования (количественное в режиме реального времени полимеразной цепной реакции (QRT-PCR) или экстракции белка и т.д.) или применяемого для определения характеристик препарата экзосома методом просвечивающей электронной микроскопии или оптического анализа наночастицами ,

   2. экзосома ИдентификацииПросвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ) или CryoEM

   1. Ресуспендируют внеклеточные везикул в 100 мкл PBS с помощью пипетки. В идеале, использовать экзосомы, которые не хранили при -20 ° С или -80 ° С, особенно при выполнении изоляции в первый раз.
   2. Адсорбирует 20 мкл аликвоты (около 2 мкг) до 400 меш углерода покрытием Parlodion медных сеток в течение 2 мин и дайте высохнуть при комнатной температуре.
   3. Закрепить экзосома в 1% (об / об) глутаровый альдегид (ЕМ-класс) в течение 5 мин при комнатной температуре осторожно помещая капли на высушенного препарата.
   4. Промыть решетки дважды водой в течение 5 мин, а затем контрастировать пятно EVs с 1% фосфорно-вольфрамовой кислоты (PTA) в течение 30 сек.
   5. Получение изображений с помощью электронного микроскопа с ускоряющим напряжением 80 киловольт, начиная с увеличениях 20,000X и возрастает до 100000 при определении размера частиц.
      Примечание: Другие, как наслоение подготавливает на формвар углерода покрытием 200 меш медь или никель сеток и контраст окрашивания LiKE 1% или 2% ацетата уранила в течение 10-15 мин, также возможно.
   6. Для CryoEM, смешайте 20 мкл аликвоты (около 2 мкг) с 60 мкл белка G золота 10 нм (соотношение 1: 3). Это поможет определить диаметр экзосома.
   7. Передача образцов на тлеющих разряжен C-плоские дырявые углерода сетки и удаления избытка жидкости путем промокания. Замораживание сетки путем погружения их немедленно в жидкий этан.
   8. Установите сетки в cryoholder в жидком азоте.
   9. Приобретать изображения на 200 кВ с увеличениях 20,000X и 100000.

   3. экзосома Идентификация с помощью нескольких параметров оптического анализа наночастиц

   1. Ресуспендируют изолированных экзосомы в 100 мкл PBS с помощью пипетки.
   2. Развести экзосомы в 600 мкл PBS при нескольких различных соотношениях (например, 1:50, 1: 100, 1: 300, 1: 600 и 1: 1200).
   3. Визуализируйте экзосомы рассеяния лазерного света с помощью соответствующего инструмента и программного обеспечения в режиме реального времени в соответствии с производства фирмыПротокол RER в ^20.
   4. Повышение уровня камеры в режиме съемки, пока частицы не становятся видимыми, а затем настроить фокус, чтобы сделать частицы выглядят гладкими.
   5. В то время как в стандартном режиме, уменьшить камеру до самого низкого уровня, что частицы все еще можно увидеть, при необходимости отрегулировать затвор камеры и усиления для достижения этой цели.
   6. Визуально проверьте, чтобы обеспечить 20-100 частицы видны на экране, если не промывать устройство и регулировки разбавления в PBS.
   7. Затем отрегулируйте длительность съемки до между 30-60 сек. После того, как видео захватывается, настроить параметры обработки до тех пор, пока все частицы идентифицируются на экране и обрабатывать видео файл.

   4. экзосома характеристика Вестерн-блоттингом

   1. Lyse экзосома гранул из 2-5 мл желчи в 100 мкл охлажденного льдом радиоиммуноосажден анализа (РИПО) буфера с ингибитором протеазы пипетированием вверх и вниз и тщательно перемешать лизатов энергично в течение 30 секундна вихрь, чтобы эффективно растворять белки.
   2. В то время как большую часть времени нет необходимости, использовать импульсно-ультразвуковую обработку образцов на льду с 2 импульсами в течение 10 сек каждый для обеспечения полного лизиса.
   3. Гранул нерастворимый материал центрифугированием при 15000 х г при температуре 4 ° С в течение 5 мин и переносят надосадочную жидкость в чистую пробирку.
   4. Определить концентрацию белка с методом выбора (т.е. бицинхониновой кислоты (ВСА), Кумасси, модифицированный Лоури, 660 нм Protein Assay и т.д.) в соответствии с протоколом производителя. Метод не столь важен, пока тот же метод используется последовательно для достижения результатов, которые могут быть сопоставлены между экспериментами.
   5. Нагрузка на 50 мкг белка на пробу в буфере Лэммли после нагревания образца при 95 ° С в течение 5 мин в лунку полиакриламидного геля для электрофореза (PAGE).
   6. Electrophorese образцов на ДСН в течение 1,5 ч и передать выделенные белки на нейлоновую мембрану.
   7. Взафиксировать мембрану (ы) с 5% обезжиренным молоком в Трис-буферном солевом растворе с 0,1% Tween 20 (ТБС-Т) в течение 1 ч, а затем инкубируют с экзосом-специфических антител, таких как анти-CD63 и анти-TSG-101 при разведении 1: 500, предпочтительно O / N при температуре 4 ° С.
   8. Промыть мембраны с TBS-T 3 х 10 мин, а затем инкубируют с подходящим, соответствующие конъюгированным с пероксидазой хрена вторичного антитела в 5% обезжиренным молоком в TBS-T в течение 1-2 ч при комнатной температуре.
   9. Промойте мембрану (ы) 3 х 5 мин с TBS-T и обнаружить специфические белки с ХЛ реагентами в соответствии с протоколом производителя.
   10. Изображение мембраны с пленкой или системой цифровой обработки изображений в соответствии с протоколом производителя.

   5. микроРНК Изоляция от изолированного экзосомы

   Примечание: Выделение микроРНК из желчи экзосомы осуществляется с использованием модифицированной изоляции микроРНК, основанную на коммерчески доступного набора, но и любой другой метод выделения РНК могут быть использованы или адаптированы.

   1. Добавить 300 &# 181; л лизиса / здание буфера к экзосома гранул (выделенной из 400 мкл желчи), вихря, пипеткой или пройти через иглы / шприца полностью лизировать экзосомы, чтобы получить однородную лизата.
   2. Добавить 1/10 (30 мкл) объем микроРНК гомогената добавки, и хорошо перемешать встряхиванием или переворачивания пробирки несколько раз.
   3. Выдержите смесь в течение 10 мин на льду.
   4. Добавьте объем кислотно-фенол: хлороформ, равный начальной гомогената (300 мкл).
   5. Добавьте 5 мкл 5 фмоль / мкл Cel-MIR 39 и вихрь в течение 30-60 сек.
   6. Центрифуга в течение 5 мин при 10000 х г при комнатной температуре, чтобы отделить водный (верхний) и органической (нижней) фазы.
   7. Тщательно аспирата верхнюю фазу пипеткой и переноса в свежую пробирку отметив при этом объем передаваемого. Выбросите органическую фазу в соответствующий контейнер органических отходов.
   8. Для обогащения для малых РНК добавляют 1/3 объема 100% этанола к восстановленным водной фазы и перемешать тщательно встряхивая или переворачивания втбыть в несколько раз.
   9. Пипеткой смесь лизата / этанола на фильтрующем элементе, вплоть до 700 мкл за один раз.
   10. Центрифуга картриджи в течение 15 секунд при максимальной температуре 10000 XG или применить вакуум, чтобы передать смесь через фильтр.
   11. Собирают фильтрат и, если смесь лизат / этанол превышает 700 мкл, передавать Проточный в новую пробирку и повторить процедуру, чтобы собрать все фильтратов. Эти фильтр содержит РНК-фракции, лишенные малых РНК и может быть использован для восстановления этих больших РНК.
   12. Добавить 2/3 объема RT 100% этанола к общему фильтрата и тщательно перемешать встряхиванием.
   13. Пипеткой смесь фильтрата / этанол на второй картридж фильтра. Как и прежде, чем максимальный объем, который может быть применен сразу 700 мкл.
   14. Центрифуга в течение 15 сек при 10000 мкг или применять вакуум, как описано в шаге 5.10.
   15. Откажитесь от проточных, и повторять, пока все смеси фильтрат / этанол был отфильтрован.
   16. Применить 70081, л микроРНК промывочного раствора 1 в картридж фильтра, центрифуги в течение 5-10 сек или применять вакуум и отбросить проточные.
   17. Промыть фильтр с 500 мкл промывочного раствора 2/3, как это сделано на этапе 5.16.
   18. Повторите мыть второй раз с 500 мкл промывочного раствора 2/3, как на стадии 5.16, выбросьте проточные и поместите фильтр обратно в пробирку.
   19. Спин картридж фильтра в течение 1 мин при 10000 мкг, чтобы удалить все остатки жидкости из фильтра.
   20. Перенести картридж фильтра в свежую пробирку для сбора и применять 100 мкл горячей (95 ° С) от нуклеазы свободной воды к центру фильтра.
   21. Спин сборки в течение 20-30 сек при максимальной скорости, чтобы восстановить РНК.
   22. Соберите элюат и использовать сразу или хранить при -80 ° С.

Representative Results

Поскольку экзосомы слишком малы, чтобы быть обнаружены с помощью регулярной микроскопии или поточной цитометрии, электронная микроскопия или оптический анализ наночастиц должен быть выполнен. Оптический анализ наночастица имеет преимущество по сравнению с электронной микроскопией, что она также количественный и обеспечивает распределение по размеру и концентрации. Прибор представляет тонко сфокусированного лазерного луча через стеклянную призму в образец. Броуновское движение изолированных пузырьков фиксируется с помощью камеры высокой чувствительности EMCCD и отслеживаться на основе кадр за кадром. Анализа отслеживания наночастицами (NTA) меры программного обеспечения это броуновское движение кадра к кадру , чтобы рассчитать размер, форма и распределение препаратов экзосом желчи. На рисунке 1 показан результат типичного анализа NTA из экзосома , выделенной из человеческого образца желчи.

В качестве альтернативы, электронная микроскопия может быть использованачтобы подтвердить размер изолированных частиц, хотя и без количественной оценки. На фиг.2А показан типичный результат просвечивающей электронной микроскопии для экзосома , выделенных из желчи человека.

Для дальнейшей проверки exosomal природы изолированных частиц, Вестерн - блоты зондируют присутствии белков , таких как TSG101 или тетраспанины CD63, показанных на рисунке 2B, должны быть использованы. Экзосома специфические белки не существуют сами по себе, но экзосомы обогащены тетраспанины, особенно CD9, CD63, CD81 и CD82 с CD63 и CD81 упоминается как классических маркеров экзосом и белков , участвующих в образовании экзосома как TSG101 и Аликс ^21. Другие белки, такие как белка теплового шока родственного 70 (Hsc70) и 73 (Hsc73), а также молекулы главного комплекса гистосовместимости (МНС) класса II также могут быть найдены обогащенный экзосомы с некоторыми как Hsc73 и периферийным ассоциированных с мембранами защв молоке жира глобулы - эпидермальный фактор роста -фактора 8 (Mfge8) будучи весьма специфическими для экзосомы секретируемых из дендритных клеток ^21.

На рисунке 3 показаны типичные в режиме реального времени при амплификации участков различных видов микроРНК , выделенных из экзосомы человеческой желчи. Так как экзосомы, в отличие от клеток, отсутствуют надежные стандарты, такие как 18S или 28S рРНК или генов домашнего хозяйства, таких как GAPDH или бета-актина для нормализации, то подсадки с синтетическим микроРНК имеет важное значение. Синтетические микроРНК должны быть получены из различных видов , таких как Cel-MIR 39 из Caenorhabditis Элеганс для того, чтобы один эффективно нормализовать уровни экспрессии.

Для воспроизводимости важно, что желчь обрабатывается как можно скорее и не замерзла до обработки, поскольку эти условия приводят к деградации микроРНК, присутствующих в желчи. С другой стороны, как только изолированы, exoso тез очень стабильны и весьма устойчивы в хранении при комнатной температуре в течение 48 часов или до трех циклов замораживания-оттаивания вызывают незначительное воздействие на уровни по крайней мере, двух видов микроРНК, хотя устойчивость к микроРНК интересов должна быть определена эмпирически.

Рисунок 1. Анализ (Наночастицы) NTA охарактеризовать желчные экзосомы человека Желчные экзосомы разводили в PBS в соотношении 1:. 600. (A) Распределение по размерам и концентрация электромобили , выделенных из желчи человека. Средний размер был определен примерно 97 нм для этого образца (ось х: экзосомы размер, ось у: экзосомы концентрации для каждого размера). Оснастки (B) Пример выстрел из того же анализируемого образца в A. Диапазон размеров показывает везикул в диапазоне от 30-110 нм.= "_blank"> Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть увеличенную версию этой фигуры.

Рисунок 2. Проверка exosomal природы препарата с помощью просвечивающей электронной микроскопии и Вестерн - блоттинга. (А) просвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ) сферических структур , присутствующих в желчи человека 70-110 нм в размерах. Шкала бар составляет 100 нм. (В) Вестерн - блот - анализ желчевыводящих экзосомы показывает наличие типичных экзосом маркерных белков TSG101 и CD63. Пожалуйста , нажмите здесь , чтобы посмотреть увеличенную версию этой фигуры.

Рисунок 3. ПЦР в реальном времени видов микроРНК , выделенных из желчи экзосомы. Real-time ПЦР массива микроРНК демонстрирует усиление нескольких видов MIR , экстрагированных из желчных протоков экзосомы человека (ось х, количество ПЦР цикл, Y-ось, относительная интенсивность). Пожалуйста , нажмите здесь , чтобы посмотреть увеличенную версию этой фигуры.

Discussion

Для того, чтобы надежно использовать экзосомы, выделенные из желчи, важно использовать последовательные методы высокого качества изоляции, чтобы получить высокие образцы качества взамен. Методика определена в данной работе является устоявшейся способ изолировать экзосомы и микроРНК из желчи человека. Это выдвигает на первый план несколько важных шагов в характеристике выделенных экзосомы, которые, как минимум, должен состоять электронной микроскопии или оптического анализа наночастиц и Вестерн-блоттинга.

Самым важным шагом в изоляции экзосомы, по крайней мере, когда речь идет о стабильности микроРНК, является обработка свежей желчи как можно скорее. Длительное хранение всей желчи при комнатной температуре или даже одного цикла замораживания-оттаивания может значительно уменьшить содержание микроРНК в то время как в противоположность этому изолированные экзосомы очень стабильны даже при хранении при комнатной температуре или проходит несколько циклов замораживания-оттаивания. Пока образцы которых идет речь, хранились при -80 ° С, успешной изоляции экзосомы и MirNA от желчи может быть выполнена с большим воспроизводимости для идентификации подписей микроРНК в образцах. Рекомендуется сначала начать с свежей желчи, чтобы обеспечить надлежащую целостность микроРНК. Это является важным фактором при попытке создать коллекцию образцов желчи в течение долгого времени, как было бы в случае образцов пациентов. Это дает возможность обрабатывать образцы, которые были собраны в течение нескольких месяцев или даже лет, чтобы быть обработаны и оценены одновременно.

Это значительно улучшает использование желчи в диагностических целях, либо искать подписей микроРНК, которые подтверждают наличие патологического состояния, как рак или ответ заболевания на терапевтических вмешательств. В самом деле, результаты клинических образцов были использованы для создания подписи микроРНК в качестве биомаркеров для холангиокарциномой ^19.

Первый шаг центрифугирование удаляет интактных клеток, которые присутствуют в желчи. Во втором, более высокая скорость центрифугирования клеток ДебRIS, апоптотических органы и другие крупные органеллы осаждали. Для того, чтобы гарантировать, что только частиц размером менее 200 нм собираются на стадии ультрацентрифугирования, стадия фильтрации с низким содержанием белка связывания фильтр имеет важное значение. Некоторые протоколы пропустить этот шаг, но мы считаем, что это необходимо. После центрифугирования при 120000 х г Осадок, полученный содержит достаточно чистые экзосомы, которые могут либо быть обработаны немедленно или после взмучивания в PBS хранить при температуре -80 ° С. Ограничение этого метода состоит в том, что осадок, полученный только сильно обогащены экзосомы но это верно и для других способов обогащения, такие как размер и исключения полимерного осаждения. Дальнейшая обработка может повлечь за собой еще одну стадию очистки с помощью градиента сахарозы или связывание с антителами покрытием магнитных шариков. Если источник экзосомы (как, например, плазма) содержит осаждается в результате свертываемости, эта дополнительная очистка может быть необходимо, поскольку эти твердые частицы могут часто иметь размер экзосомы.В частности, иммуно-очистка приводит к более экзосома маркерного обогащенным препаратом. Недостаток заключается в том, что это еще больше уменьшает количество экзосомы и / или микроРНК настоящее время, и в большинстве случаев не оправдывает времени и трудоемким процессом ресурсов. Если, тем не менее, Вестерн-блот-анализ обнаруживает наличие загрязнения микросомах через эндоплазматический ретикулум белка, такие как калнексину, дальнейшей очистки, в частности, иммуно-изоляции на основе, рекомендуется. В нашем опыте это случается редко для желчи, если использовать другие источники биологических жидкостей иммунное на основе стадии очистки будут рекомендованы.

Применение дифференциального ультрацентрифугирования для выделения и обогащения экзосомы из желчи жидкости является относительно быстрым и экономически эффективным методом. В то время как он требует использования ультрацентрифуге, предпочтительно с качелями роторе, эти устройства обычно встречаются во многих учреждениях. Дальнейшая очистка с помощью центрифугирования плотности являются possiblе с тем же оборудованием и Пробирки многоразовые несколько раз после очистки и стерилизации. В то время как осаждение полимера на основе требует только использования микроцентрифуги или стандартных центрифуг для осаждения осадка при скорости 10000 х г или менее, как правило, оно совместно изоляты не-везикулярных загрязнений, включая липопротеинами. В то время как липопротеины обычно не присутствует в желчи, стоимость зачастую проприетарных и патентованных полимеров делают выделение дорогим в сравнении. Полимеры также иногда несовместимые с вниз по течению приложений, таких как масс-спектрометрия, но когда вниз по течению анализ совместим с полимером (РНК или выделения белка), метод можно легко, быстро и не требует специального оборудования.

Вытеснительной хроматографии имеет обратную сторону длинных времени работы и требование специального оборудования, но позволяет точно разделение крупных и мелких частиц. иммуноаффинной очистки дает самую высокую puritу из exosomal везикул и даже позволяет выделение специфических exosomal фракций, таких как эпителиальные получены, но это происходит за счет общего выхода. Кроме того, оно ограничено небольшими объемами образцов, требующих первый шаг по обогащению, если большой объем должен быть обработан, и изолированные экзосомы могут потерять функциональную активность или проявляют измененную биологическую функцию, из-за связанных антител.

Важно рассмотреть ниже по течению приложения (ы) и наличие специализированного оборудования, когда речь идет о выделении экзосомы. Характеристику изолированных / обогащенных частиц имеет важное значение, независимо от метода, используемого изоляции. Ультрацентрифугирование до сих пор является «золотым стандартом» используется многими лабораторий благодаря своей надежной и быстрой (и экономически эффективным, если ультрацентрифуга доступен) обогащения exosomal частиц.

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
0.2 µm Polyethersulfone (PES) membrane filter	Corning	431229
thinwall polyallomer ultracentrifuge tubes	Beckman Coulter	331374
SW40Ti rotor	Beckman Coulter
LM10-HS	Nanosight
Nanoparticle Tracking Analysis (NTA) software	Nanosight
mirVANA	Life Technologies	AM1560
Complete Protease Inhibitor	Roche distributed by Sigma-Aldrich	4693116001
Immobilon PSQ	Millipore, Bedford MA	ISEQ00010
Anti-CD63 antibody	Abcam	ab59479
Anti-Tsg101	Abcam	ab30871