Summary
Mitokondrial solunum organizmalar hayatta kalmak için önemlidir; Bu nedenle, oksijen tüketim oranını mitokondrial sağlık mükemmel bir göstergesidir. Bu iletişim kuralı, Bazal ölçmek için piyasada bulunan bir respirometer nasıl kullanılacağını açıklar ve maksimal oksijen tüketimi oranlarında yaşa, sağlam ve serbestçe hareketli Caenorhabditis elegans.
Abstract
En iyi mitokondriyal işlev özellikle yüksek enerji talepleri de sinir sistemi ve kas gibi olan hücrelerde sağlıklı hücresel hareketlilik için önemlidir. Tutarlı, mitokondrial disfonksiyon sayısız nörodejeneratif hastalıklar ve genel olarak yaşlanma ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Caenorhabditis elegans mitokondriyal işlev birçok inceliklerini elucidating için bir güçlü modeli sistemi olmuştur. Mitokondrial solunum mitokondriyal işlev, güçlü bir göstergedir ve son zamanlarda geliştirilen respirometers solunum hücrelerdeki ölçmek için bir state-of--art platformu sunuyoruz. Bu protokol için biz canlı, bozulmamış C. elegansanaliz etmek için bir yöntem sağlar. Bu iletişim kuralı, ~ 7 gün yayılan ve (1) büyüyen ve senkronizasyon C. elegans, (2) hazırlık bileşikleri enjekte edilir ve hidrasyon probları, (3) uyuşturucu yükleme ve kartuş denge, (4) solucan tahlil hazırlanması için adımları içerir plaka ve tahlil çalıştırmak ve (5) sonrası deneme veri analizi.
Introduction
Adenozin trifosfat (ATP), ana kaynağı hücresel enerjinin mitokondri içinde iç mitokondrial membran bulunan enzimler elektron taşıma zinciri (vb) tarafından üretilmektedir. Pyruvate, mitokondriyal ATP üretimi için kullanılan bir anahtar metaboliti Dekarboksile asetil koenzim A (CoA) üretmek için nerede mitokondrial matris alınır. Daha sonra asetil CoA, sitrik asit döngüsü Nikotinamid adenin dinükleotit (NADH), bir anahtar elektron taşıyıcı molekül üretimi kaynaklanan girer. NADH elektron oksijen vb geçerken proton mitokondriyal intermembrane alanı olan bir elektrokimyasal gradyan üretimi membran arasında sonuçlar kurmak. Bu proton sonra intermembrane uzaydan bu elektrokimyasal degrade boyunca sürüş onun rotasyon ve ATP1 (şekil 1) sentezi ATP sentaz proton gözenek aracılığıyla mitokondrial matris içine geri akacaktır.
Mitokondriyal işlev enerji üretimi için sınırlı değildir ama aynı zamanda kalsiyum Homeostazı, Reaktif oksijen türleri (ROS) atma ve apoptosis, eleştirel onların işlevi organizmalar sağlık2' konumlandırma için çok önemlidir. Mitokondriyal işlev dahil ancak bunlarla sınırlı mitokondri zar potansiyel ölçmek analizleri, ATP ve ROS düzeyleri ve mitokondrial kalsiyum konsantrasyonları değil deneyleri, çeşitli kullanılarak değerlendirilebilir. Ancak, bu deneyleri mitokondriyal işlev tek bir görüntüsünü sağlar ve bu nedenle mitokondrial sağlık kapsamlı bir görünümünü sağlamayabilir. ATP üretimi sırasında oksijen tüketimi sıralı reaksiyonlar çok sayıda bağımlı olduğundan, mitokondriyal işlev üstün bir göstergesi olarak hizmet vermektedir. İlginçtir, oksijen tüketim oranları değişimler sonucunda mitokondrial disfonksiyon3,4,5gözlemledim.
Oksijen tüketim oranları (OCR) yaşayan örnekleri ölçülen genel olarak iki gruba ayrılabilir teknikleri kullanarak: amperometric oksijen sensörler ve oksijen6tarafından giderdikten porfirin tabanlı fosforun. Amperometric oksijen sensörler kapsamlı bir şekilde ölçmek OCR kültürlü hücreler, dokular ve C. elegansgibi modeli sistemlerinde kullanılmaktadır. Ancak, porfirin tabanlı fosforun respirometers içeren aşağıdaki avantajlara sahip: (1) onlar izin için bir yan yana karşılaştırma iki nüsha, örnekleri (2) onlar daha küçük örnek boyutu gerektirir (örneğin, 000 ~ 2, 000−5, karşı iyi başına 20 solucan solucanlar odası)7ve (3) respirometer adlı dört farklı bileşik enjeksiyon yapmak için programlanmış kez el ile uygulama ihtiyacını ortadan kaldırarak deneysel çalışma boyunca istenilen.
Bu protokol için bir porfirin tabanlı oksijen algılamalı respirometer ölçüde canlı, bozulmamış C. elegans OCR için kullanmakla ilgili adımlardır açıklanan. Geniş format, yüksek işlem hacmi respirometer8, kullanımı için yazılı bir protokol ise bu iletişim kuralı bir daha fazla bütçe dostu, erişilebilir ve daha küçük ölçekli aleti ile kullanmak için adapte edilmiştir. Bu iletişim kuralı OCR nerede yüksek üretilen iş tarama gerekli değildir ve kullanımı aşırı olurdu iki suşlar arasındaki farkı değerlendirmek için özellikle yararlıdır.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Not: Resim 2 tam protokolü, şematik bir genel bakış sağlar.
1. büyüme ve eşitleme nematodunun nüfus9,10
- İstenen genetik arka L4 larva transferi (örneğin, N2 [vahşi türü] ve sel-12 hayvan) taze bir çim Escherichia coli (OP50)11numaralı seribaşı (bkz. Tablo 1 için reçete) nematodunun büyüme medya (NGM) plakalar üzerine. En az iki 100 mm veya üç 60 mm plakalar için her zor kullanın. Solucanlar (15-25 ° C arasında) uygun büyüme sıcaklıkta 3-4 gün ya da çok sayıda yumurta ve gravid solucanlar konsantre tabaklara kadar kuluçkaya.
- Yumurta ve solucanlar yaklaşık 6 mL M9 arabelleği kullanarak plakaları kapalı yıkayın (bkz. Tablo 1 için reçete) nematod ve transfer 100 mm plaka onlarla bireysel 15 mL santrifüj tüpleri her zorlanma için içine Pasteur Pipetler cam. Bu tüpler iyi spin aşağı 3 dk 6,180 x g ve aspiratı sadece hayvan ve yumurta Pelet istinat M9 arabellek dışarı az için.
- 3-4 mL çamaşır suyu çözeltisi ekleyin (bkz. Tablo 1 için reçete) her tüp ve zaman zaman her tüpün doldurun ve 6,180 x g 1 dk. için de spin ve süpernatant Aspire edin 6 dk. eklemek M9 arabellek için girdap. Bu yıkama M9 ile üç kez tekrarlayın ve yumurta Pelet yaklaşık 9 mL M9 arabelleği içeren bir taze 15 mL tüp taşıyın.
- Taze taranmış solucanlar tarafından 16-48 h. Spin için 20 ° C'de nutating bu tüpler aşağı 6,180 x g 1.5 dakika, eşitleme ve taze OP50 çim ile seribaşı bireysel NGM plakalar üzerinde eşitlenmiş L1 hayvanlar indirdi (yaklaşık 100 mm plaka başına 6.000 – 10.000 hayvanlar) ve 20 ° C'de tutmak
- Bu hayvanlar L4 larva sahne ~ 42 h sonra ulaşacak. Şu anda, OP50 için Platin bir pick kullanarak L4 larva numaralı seribaşı NGM hareket 0,5 mg / mL 5-fluoro-2' içeren kaplamalar-deoxyuridine (FUdR) onları döl üreten önlemek için.
Not: bir deney içinde benzer bir miktar için tüm suşların eşzamanlı olduğundan emin olun. FUdR tedavi hayvanlar sterilizes ve OCR etkileyen yumurta döşeme ve döl üretimi, engeller. Bu sterilize edilmiş hayvanlar tahlil için ertesi gün (gün 1 Yetişkin Hayvanlar ~ 66 h) analiz edilecek. FUdR fizyolojisi ve mutant bazı solucanlar ömrü çarpışmaya bildirilmiştir. Bu nedenle, ilaç sterilizasyon12,13,14için kullanıldığında bu dikkate alınmalıdır. Worms da mutasyonlar fem-1(hc17) veya fem-3(e2006) gibi feminizing yöntemle sterilize. Ancak, bu mutasyonlar mitokondriyal işlev etkisi olabilir.
2. bileşikleri enjekte edilir ve sondalar hidrasyon hazırlanması
Not: çalıştırmak tahlil sırasında her iki Bazal ve maksimal solunum oranları nematodlar ölçülür. Maksimal solunum bir mitokondri zar potansiyel rahatsız ediyor uncoupling ionophore ve böylece proton taşıma tarafından ATP sentezi üzerine karbonil siyanür-4 (trifluormethoxy) phenylhydrazone (FCCP), ayrıca hayvanlarda tetiklenir Mitokondrial membran proton pompalama, izin verirken elektron taşıma ve oksijen tüketimi4,15 devam etmek için ATP sentezi (şekil 1) edilişi. Sodyum azid (NaN3), ek tahlil son adımında içerir kompleksleri IV ve V bir sigara mitokondrial solunum16 (şekil 1) belirlemek vererek vb engeller bir ilaç. Aşağıdaki adımları gerçek tahlil Çalıştır önceki gün gerçekleştirilebilir.
- 1 mL FCCP hisse senedi çözümler hazırlamak (Dimetil sülfoksit [DMSO] 10 mM: 1000 x son tahlil konsantrasyon) ve NaN3 (dH2O: 10 son tahlil konsantrasyonu x 400 mM) ve mağaza-20 ° C'de
Not: FCCP konsantrasyonu optimize etmek için bir konsantrasyon eğrisi maksimal OCR yanıt her enstrüman ve laboratuvar ayarı için temin için gerekli çalıştırın. - Sensör kartuş dH2O 200 µL plaka içinde her şey (ve çevresindeki rezervuar) probları dH2O ve oda sıcaklığında gecede store batık sensör sağlamak ekleyerek hidrat.
Not: probları yaptı kartuşu en fazla 72 saat için batık ama uzun süreli bir hidrasyon söz konusu olduğunda, tabakları olmalı parafin filmde sarılmış ve 4 ° C'de depolanan Gecede hidrasyon mümkün değilse, sensör kartuşu en az 4 h önce tahlil için sulu. - Respirometer arayüzü içinde ısıtma elemanı kapatmak ve enstrüman hayvanlar çalıştırmak tahlil sırasında ısınmasını engellemek için araç içinde alt ısısı için gecede 15 ° C İnkübatör içinde saklayın.
Not: Respirometer bir ısıtma elemanı ile donatılmış ancak soğutmalı olamaz. 15 ° C İnkübatör içinde respirometer C. elegans bakım için sağlıklı bir sıcaklığı 18-22 ° C arasında istikrarlı bir sıcaklık vardır.
3. ilaç yükleme ve kartuş denge
- Pipet dışarı ve2sensör hidrat için kullanılan O probları ve her şey calibrant çözümün (pH 7,4) 200 µL onun yerine dH atın. 100 µM FCCP dH2O FCCP hisse senedi çözümü sulandırmak ve seyreltilmiş çözeltinin 20 µL sensör kartuş enjeksiyon bağlantı noktası A ekleyin. 400 mM sodyum azid 22 µL Senyor kartuş B noktasına ekleyin.
- Respirometer açmak ve ana ekran seçin başlatmak; şablonları sayfası görünür. Şablonları sayfasında, boş ya da önceden tasarlanmış şablon seçin; Gruplar sayfası görünür. Gruplar sayfasında, kuyu A ve H arka plan wells seçin ve kalan 6 kuyu deneysel planına göre uygun gruplara atayın.
- Protokolü sayfasına gitmek için alt sağ köşesindeki oku itin. Protokolü sayfasında Equilibrate, Bazal ve iğne 1 ve 2 düğmeleri seçili olduğuna emin olun. Bu sayfada, (sonra enjeksiyon 1 FCCP ile) Bazal OCR yanı sıra maksimal OCR Okunma Sayısı ve mitokondrial sigara ayarlamak OCR (sonra enjeksiyon 2 sodyum azid ile).
Not: Bir karması göre her ölçüm öncesinde ve bekle adım ve bu parametrelerin zaman dilimlerini Tablo 2' de gösterilmiştir. - Sağ alt köşesindeki oku seçin ve sensör kartuş plaka yüklemek için bir ileti kutusu gösterilir. Sensör kartuş plaka hatırlatma istemi ekrandaki yönergeleri izleyerek doğru yönde yüklü emin olun. Respirometer şimdi kartuş equilibrate.
Not: Bu denge hayvanlar hücre plaka uygun kuyu denetlesinler yerleştirmek için yeterli zaman sağlar.
4. solucan plaka ve çalıştırmak tahlil hazırlanması
- M9 arabelleği 200 µL her hücre plaka 8 Wells ve kuyular çevreleyen rezervuar içine ekleyin.
- ~ 100 solucanlar her zorlanma seribaşı NGM plakalar üzerine almak ve 2-3 dk. ıslak Platin çekme sonu M9 arabellek ile dinlenme ve 20 yaş senkronize hayvanlar B-G arka plan kuyu A ve H boş bırakmak, kuyu almak için izin.
Not: yükledikten sonra her şey, yaklaşık 2 dak hayvanlar kuyu dibine yerleşmek izin için sabırsızlanıyorum. Bir solucan numara eğrisi solucan numarası her enstrüman ve laboratuvar ayarı için iyi başına en iyi duruma getirmek için çalıştırılması önerilir. - Artık, respirometer kalibre ve yanında tıkırtı üstünde belgili tanımlık perde Tamam , kalibrasyon tampon içeren plaka çıkarılır ve sensör kartuş alet içinde kaldığı sürece respirometer--dan-ebilmek var olmak çıkarmak. Calibrant plaka hayvanları içeren plaka ile değiştirin. Plaka yüklemek ve devam basarak kapıyı kapat ve tahlil çalıştırmak izin verir.
5. sonrası deneme veri analizi
- Tahlil çalışma tamamlandıktan sonra ekrandaki yönergeleri izleyin ve hücre plaka ve sensör kartuşu çıkarın ve bir flash sürücü çalışma veri bırakılamayacak biçiminde kaydetmek için USB bağlantı noktasına takın. Sensör kartuşunu çıkarın ve yaklaşık 2 dk. yerleştirmek için hücre plakaları bir stereo diseksiyon mikroskop altında kuyu dibine halletmek ve hayvan başına iyi saymak hayvan izin.
- Analiz yazılımı bilgisayarda açın ve OCR hayvan sayıya normalleştirmek için normalleştirme sekmesini açın. Değiştir sekmesinin altındaki çeşitli grupları için uygun etiketleri uygulamak ve dosyayı daha ayrıntılı bir çözümleme için prizma dosyası olarak verin.
Not: İlk beş ölçümlerin FCCP ilavesi FCCP ektir maksimal OCR sonra beş ölçümlerin ortalama süre Bazal OCR olmadan ortalama ve ortalama (en az iki ölçüm yapılmalıdır) son beş ölçümler Sodyum azid Ayrıca sigara mitokondrial solunum hızı sonra. Tahlil tekrarlanabilirlik emin olmak için üç kez yinelenmelidir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
İletişim kuralını kullanarak burada, OCR vahşi türü hayvan ve üç farklı sel-12 mutant suşları belirlenmiştir nitelendirdi. sel-12 presenilin17 C. elegans ortholog kodlar. İnsan presenilin mutasyonların ailesel Alzheimer hastalığı18gelişimi ile ilişkili en yaygın genetik sapma vardır. Çalışmalarımız yükseltilmiş mitokondrial kalsiyum düzeyleri sel-12 ' mutant hayvanlar vahşi türü hayvanlar3' e göre göstermiştir. OCR sel-12 mutant ve vahşi türü hayvanlarda ölçülen kalsiyum bozukluk değişmiş mitokondriyal işlev3,19,20dakikaya neden olabilir beri sel-12 mutasyonlar etkisini incelemek için mitokondriyal işlev ve sağlık üzerinde. Tüm üç soy-in sel-12 mutantlar in ~ 7 pmol/dk/kurt (şekil 3 ve şekil 4) önemli ölçüde yükseltilmiş OCR gösterdi vahşi türü hayvanlar sürekli Bazal OCR oranları pmol/dk/solucan 5, aşağıda gösterdi. FCCP ek, beklendiği gibi vahşi türü hem de sel-12 mutantlar (şekil 3 ve şekil 5) OCR bir artış oldu. Vahşi türü hayvanlar in ~ 7 pmol/dk/kurt maksimum OCR OCR in ~ 10 pmol/dk/kurt (şekil 5) sel-12 mutantlar vardı gösterdi.
Şekil 1: hücresel solunum ve FCCP ve sodyum azid etkisini dahil büyük oyuncuların şematik. Transfer elektron NADH vb proton karşıya pompalanır gibi bir elektrokimyasal gradyan nesilde iç mitokondri zar arasında sonuç karmaşık. Proton ile ATP sentezi karmaşık V sonuçlarında intermembrane uzaydan mitokondrial matris içine geri akan. FCCP ilavesi sonuç bu süreci ve mitokondrial membran potansiyeli engellemeden uncoupling içinde ve dolayısıyla ATP sentezi, oksijen tüketimi, maksimal OCR ölçüm için izin devam ederken. Sodyum azid (NaN3) kompleksleri IV ve V, böylece sigara mitokondrial Solunum ölçüm için izin veren bir inhibitörü olduğunu. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Resim 2: Şeması OCR C. elegansiçinde ölçüm adımlar. Tahlil kurulum ve çalıştırma (sol) ve bir zaman çerçevesi (sağ) her adımı için katılan beş adım. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 3: C. elegans basınçlırespirometri karakteristik OCR profilinde. Beş ilk okuma azami beş okumalar ve sigara mitokondrial solunum FCCP ve sodyum azid enjeksiyonları sonra beş okuma sırasıyla ardından Bazal solunum göster. Hata çubukları ölçüm (SEM) standart hatasını temsil eder. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 4: Bazal solunum vahşi türü ve çeşitli sel-12 mutantlar. Ortalama gün 1 Yetişkin yaş eşlemeli vahşi türü ve sel-12 mutant hayvanlar Bazal solunum. Üç tahlil derlenmiş veri yineler. Hata çubukları temsil SEM ve *** p gösterir < 0,0001. p değerleri hesaplanan bir iki uçlu tkullanımı-test. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 5: Vahşi türü ve çeşitli sel-12 mutantlar maksimal solunum. Ortalama FCCP enjeksiyon sonra gün 1 Yetişkin yaş eşlemeli vahşi türü ve sel-12 mutant hayvanlar maksimal solunum. Üç tahlil derlenmiş veri yineler. Hata çubukları temsil SEM ve *** p gösterir < 0,0001. p değerleri hesaplanan bir iki uçlu tkullanımı-test. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
| M9 arabellek (1 L) | |||
| dH2O | 1000 mL | ||
| NaCl | 5 g | ||
| KH2PO4 | 3 g | ||
| Na2HPO4 | 6 g | ||
| 1 M MgSO4 | 1 mL * ısıyla sonra Ekle | ||
| 2 şişe arasında bölünmüş: 500 mL. Otoklav sıvı döngüsü (15dk pozlama) üzerinde | |||
| Çamaşır suyu çözüm (50 mL) | |||
| dH2O | 36 mL | ||
| Çamaşır suyu | 14 mL | ||
| 10 N NaOH | 800 μL | ||
| Çift Yuvarlak solucanlar büyüme medya (NGM) levhalar | |||
| 1 L | 0,5 L | 0,25 L | |
| NaCl | 3 g | 1.5 g | 0.75 g |
| Bacto-Ağar | 17 g | 8,5 g | 4.25 g |
| Bacto-pepton | 2.5 g | 1,25 g | 0.625 g |
| a. otoklav sıvı döngüsü (45 dk pozlama), üzerinde izin ~ 60 ° C ile serin ve steril tekniği kullanmak ve aşağıdakileri ekleyin: | |||
| 1 L | 0,5 L | 0,25 L | |
| 1 M CaCl2 | 1 mL | 0.5 mL | 0.25 mL |
| 1 M MgSO4 | 1 mL | 0.5 mL | 0.25 mL |
| 1 M KPO4 | 25 mL | 12,5 mL | 6.25 mL |
| 5 mg/mL kolesterol | 1 mL | 0.5 mL | 0.25 mL |
| b. girdap her eklenmesinden sonra iyice karıştırın. Tüm eklemeler yapıldıktan sonra plakaları dökün | |||
Tablo 1: NGM plakaları, M9 arabellek ve çamaşır suyu çözüm için yemek tarifleri.
| Kalibrasyon | Bazal | FCCP | Sodyum Azid |
| Çıkış(lar): A | Çıkış(lar): B | ||
| Denge: Evet | Mix: 00:02:00 | Mix: 00:02:00 | Mix: 00:02:00 |
| Bekleyin: 00:00:30 | Bekleyin: 00:00:30 | Bekleyin: 00:00:30 | |
| Ölçü: 00:02:00 | Ölçü: 00:02:00 | Ölçü: 00:02:00 | |
| Devir: 5 | Devir: en az 5 | Devir: 2−5 | |
| Süre: 00:22:30 | Süre: 00:22:30 | Süre: 00:09:00 |
Tablo 2: karakteristik tahlil parametrelerinde C. elegans basınçlırespirometri.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Mitokondrial solunum mitokondriyal işlev anlayışlı bir göstergesidir; Bu nedenle, tüp bebek veya içinde vivo biyolojik bir sistemde, oksijen tüketim oranları ölçmek için güçlü olmak son derece değerlidir. Respirometers oksijen ya da oksijen basıncı için elektrikli bir geçerli orantılı nesil itimat amperometric oksijen sensörler yoluyla su porfirin tabanlı fosforun kullanarak oksijen düzeyleri hissediyorum. Clark elektrot ikinci kategoriye giriyor ve özellikle solunum C. elegansiçinde analiz edilirken literatürde, yaygın olarak kullanılmıştır. Ancak, bir büyük örnek boyutu ve bir kerede birden fazla örnek değerlendirmek için yetersizlik ihtiyacını amperometric oksijen sensörler verimsiz yapar.
Bu iletişim kuralı mitokondri, mitokondri zar potansiyel etkisi olabilir bir işlemi ve bu nedenle, OCR izole olmadan canlı, bozulmamış C. elegans ölçü birimi OCR için basit bir kılavuz sağlar. Hayvanlar çeşitli yaşam aşamaları boyunca farklı OCR sergi göz önüne alındığında, bu protokol için kullanılan hayvanlar yaş senkronize olmalıdır. Genç hayvanlar yetişkin hayvanlara göre daha düşük OCR var ve OCR düzeyleri tekrar hayvanlar yaş daha fazla3bırakabilirsiniz. C. elegans da OCR değil şaşırmış ki döl varlığı ile emin olmak için FUdR kullanılarak sterilize. Farklı boyutlarda hayvanlar incelenmesine, yine de, normalleştirme için stratejiler ele alınması gerekir.
Bu iletişim kuralı hayvanlar tahlil plakasına aktarmak için Platin bir çekme kullanır. Aksine sıvı aktarma hayvanların dikkatle incelemek ve öncesi ve transfer sırasında hayvanların sağlığını belirlemek araştırmacı bu manipülasyon sağlar. Ayrıca, bu ve yumurta ve leşleri giriş engeller solucan sayının daha iyi kontrol sağlar. Hayvanlar tahlil çalışması sırasında canlı ve aktif, değişkenlik sonda konumlandırma çıkabilecek olduğu. Deneyleri bu nedenle nüsha yapılmalı ve -meli var olmak en az üç kez tekrarladı. Ayrıca, çift kontrol hayvan sayısı yazı analizi hayvan sayıya normalleştirme için önemlidir. Bu protokol büyük bir dezavantaj daha--dan iki örnek bir kerede tek bir tahlil içinde çoğaltır sayısı ödün vermeden karşılaştırmak için yetersizlik var. Bu sınırlamaya rağmen bu protokol iki genotip veya koşullar karşılaştırırken OCR analiz bir çok güçlü araştırma araç olabilir. Ayrıca, bu iletişim kuralı farklı gıda kaynakları, ek veya ilaç tedavileri üzerinde yetiştirilen hayvanların OCR incelemek için kolayca adapte olabilir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Yazarlar ifşa gerek yok.
Acknowledgments
Yazarlar laboratuarda Seahorse XFp kurulmasında onun rehberlik için Dr. Kevin Bittman kabul etmek istiyorum. Ulusal Sağlık Enstitüleri GM088213 Bu eser desteklenen verin.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 100 mm, 60 mm Petri dishes | Kord-Valmark Labware Products | 2900, 2901 | |
| 1.5 mL centrifuge tubes | Globe Scientific | 6285 | |
| 15 mL conical tubes | Corning | 430791 | |
| 22 × 22 mm coverslip | Globe Scientific | 1404-10 | |
| 50 mL conical tubes | Corning | 430829 | |
| Agar | Fisher Scientific | BP1423-2 | |
| Bacto peptone | BD, Bacto | 211677 | |
| Bacto tryptone | BD, Bacto | 211705 | |
| Bacto yeast extract | BD, Bacto | 212705 | |
| Bleach | Generic | ||
| Calcium chloride dihydrate (CaCl2·2H2O) | Fisher Scientific | C79-500 | |
| Carbonyl cyanide 4-(trifluoromethoxy)phenylhydrazone (FCCP) | Abcam | ab120081 | |
| Cholesterol | Fisher Scientific | C314-500 | |
| Deionized water (dH2O) | |||
| Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Thomas Scientific | C987Y85 | |
| Glass Pasteur pipettes | Krackeler Scientific | 6-72050-900 | |
| Magnesium sulfate heptahydrate (MgSO4·7H2O) | Fisher Scientific | BP213-1 | |
| Potassium phosphate dibasic (K2HPO4) | Fisher Scientific | BP363-1 | |
| Potassium phosphate monobasic (KH2PO4) | Fisher Scientific | P285-500 | |
| Sodium chloride | Fisher Scientific | BP358-10 | |
| Sodium hydroxide (NaOH) | Fisher Scientific | BP359-500 | |
| Sodium phosphate dibasic anhydrous (Na2HPO4) | Fisher Scientific | BP332-1 | |
| Seahorse XFp Analyzer | Agilent | ||
| Seahorse XFp FluxPak | Agilent | 103022-100 | |
| Sodium Azide | Sigma-Aldrich | S2002 |
References
- Nelson, D. L., Cox, M. M. Ch. 19. Lehninger Principles of Biochemistry. Ahr, K. , W. H. Freeman and Company. 707-772 (2008).
- Marchi, S., et al. Mitochondrial and endoplasmic reticulum calcium homeostasis and cell death. Cell Calcium. 69, 62-72 (2018).
- Sarasija, S., et al. Presenilin mutations deregulate mitochondrial Ca(2+) homeostasis and metabolic activity causing neurodegeneration in Caenorhabditis elegans. eLife. 7, (2018).
- Luz, A. L., et al. Mitochondrial Morphology and Fundamental Parameters of the Mitochondrial Respiratory Chain Are Altered in Caenorhabditis elegans Strains Deficient in Mitochondrial Dynamics and Homeostasis Processes. PLoS One. 10, e0130940 (2015).
- Ryu, D., et al. Urolithin A induces mitophagy and prolongs lifespan in C. elegans and increases muscle function in rodents. Nature Medicine. 22, 879-888 (2016).
- Perry, C. G., Kane, D. A., Lanza, I. R., Neufer, P. D. Methods for assessing mitochondrial function in diabetes. Diabetes. 62, 1041-1053 (2013).
- Schulz, T. J., et al. Glucose restriction extends Caenorhabditis elegans life span by inducing mitochondrial respiration and increasing oxidative stress. Cell Metabolism. 6, 280-293 (2007).
- Koopman, M., et al. A screening-based platform for the assessment of cellular respiration in Caenorhabditis elegans. Nature Protocols. 11, 1798-1816 (2016).
- Sarasija, S., Norman, K. R. Analysis of Mitochondrial Structure in the Body Wall Muscle of Caenorhabditis elegans. Bio-protocol. 8, (2018).
- Sarasija, S., Norman, K. R. Measurement of ROS in Caenorhabditis elegans Using a Reduced Form of Fluorescein. Bio-protocol. 8, (2018).
- Chaudhuri, J., Parihar, M., Pires-daSilva, A. An introduction to worm lab: from culturing worms to mutagenesis. Journal of Visualized Experiments. 47 (47), (2011).
- Aitlhadj, L., Sturzenbaum, S. R. The use of FUdR can cause prolonged longevity in mutant nematodes. Mechanisms of Ageing and Development. 131, 364-365 (2010).
- Rooney, J. P., et al. Effects of 5'-fluoro-2-deoxyuridine on mitochondrial biology in Caenorhabditis elegans. Experimental Gerontology. 56, 69-76 (2014).
- Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. FUdR causes a twofold increase in the lifespan of the mitochondrial mutant gas-1. Mechanisms of Ageing and Development. 132, 519-521 (2011).
- Heytler, P. G., Prichard, W. W. A new class of uncoupling agents--carbonyl cyanide phenylhydrazones. Biochemical and Biophysical Research Communications. 7, 272-275 (1962).
- Massie, M. R., Lapoczka, E. M., Boggs, K. D., Stine, K. E., White, G. E. Exposure to the metabolic inhibitor sodium azide induces stress protein expression and thermotolerance in the nematode Caenorhabditis elegans. Cell Stress Chaperones. 8, 1-7 (2003).
- Levitan, D., Greenwald, I. Facilitation of lin-12-mediated signalling by sel-12, a Caenorhabditis elegans S182 Alzheimer's disease gene. Nature. 377, 351-354 (1995).
- Sherrington, R., et al. Cloning of a gene bearing missense mutations in early-onset familial Alzheimer's disease. Nature. 375, 754-760 (1995).
- Glancy, B., Balaban, R. S. Role of mitochondrial Ca2+ in the regulation of cellular energetics. Biochemistry. 51, 2959-2973 (2012).
- Sarasija, S., Norman, K. R. A gamma-Secretase Independent Role for Presenilin in Calcium Homeostasis Impacts Mitochondrial Function and Morphology in Caenorhabditis elegans. Genetics. 201, 1453-1466 (2015).
