Summary

Expresión y purificación de la distribución de oxígeno libre de nucleasa Protocatechuato 3,4-Dioxigenasa

Published: November 08, 2019
doi:

Summary

Protocatechuato 3,4-dioxigenasa (PCD) puede eliminar enzimáticamente el oxígeno diatómico libre de un sistema acuoso utilizando su sustrato ácido protocatecúrico (PCA). Este protocolo describe la expresión, purificación y análisis de actividad de esta enzima de barrido de oxígeno.

Abstract

La microscopía de molécula única (SM) se utiliza en el estudio de interacciones moleculares dinámicas de biomoléculas etiquetadas con fluoróforo en tiempo real. Sin embargo, los fluoróforos son propensos a la pérdida de señal a través del fotoblanqueo por oxígeno disuelto (O2). Para evitar el fotoblanqueo y prolongar la vida útil del fluoróforo, se emplean sistemas de barrido de oxígeno (OSS) para reducir O2. El SAO disponible comercialmente puede estar contaminado por nucleasas que dañan o degradan los ácidos nucleicos, interpretando confundiendo los resultados experimentales. Aquí detallamos un protocolo para la expresión y purificación de Pseudomonas putida protocatechuate-3,4-dioxygenase (PCD) sin contaminación nucleasa detectable. PCD puede eliminar eficientemente las especies reactivas de O2 mediante la conversión del sustrato ácido protocatecúico (PCA) a 3-carboxy-cis, ácido cis-muconic. Este método se puede utilizar en cualquier sistema acuoso donde O2 desempeña un papel perjudicial en la adquisición de datos. Este método es eficaz en la producción de PCD libre de nucleasas altamente activo en comparación con PCD disponible comercialmente.

Introduction

La biofísica de molécula única (SM) es un campo que cambia rápidamente la forma en que miramos los fenómenos biológicos. Este campo tiene la capacidad única de vincular las leyes fundamentales de la física y la química a la biología. La microscopía de fluorescencia es un método biofísico que puede lograr la sensibilidad SM. La fluorescencia se utiliza para detectar biomoléculas vinculándolas a pequeños fluoróforos orgánicos o puntos cuánticos1. Estas moléculas pueden emitir fotones cuando se excitan con láseres antes de fotoblanquear irreversiblemente2. El fotoblanqueo se produce cuando las etiquetas fluorescentes sufren daños químicos que destruyen su capacidad de excitar a la longitud de onda deseada2,3. La presencia de especies reactivas de oxígeno (ROS) en el tampón acuoso es una causa primaria del fotoblanqueo2,4. Además, ROS puede dañar las biomoléculas y dar lugar a observaciones erróneas en los experimentos SM5,6. Para prevenir el daño oxidativo, se pueden utilizar sistemas de barrido de oxígeno (OSS)3,7,8. El sistema de glucosa oxidasa/catalasa (GODCAT) es eficiente en la eliminación de oxígeno8,pero produce peróxidos potencialmente dañinos como intermedios. Estos pueden ser perjudiciales para las biomoléculas de interés en los estudios SM.

Alternativamente, el protocatechuato 3,4 dioxigenasa (PCD) eliminará eficientemente O2 de una solución acuosa utilizando su sustrato ácido protocatecúico (PCA)7,9. PCD es una metaloenzima que utiliza hierro no hemo para coordinar PCA y catalizar la reacción de apertura del anillo de catecol utilizando O210disuelto. Esta reacción de un paso se ha demostrado para ser un mejor OSS en general para mejorar la estabilidad del fluoróforo en los experimentos SM7. Desafortunadamente, muchas enzimas OSS disponibles comercialmente, incluyendo PCD, contienen nucleasas contaminantes11. Estos contaminantes pueden provocar el daño de sustratos a base de ácido nucleico utilizados en experimentos SM. Este trabajo aclare un protocolo de purificación basado en cromatografía para el uso de PCD recombinante en sistemas SM. PCD se puede aplicar ampliamente a cualquier experimento en el que ROS dañe los sustratos necesarios para la adquisición de datos.

Protocol

1. Inducir la expresión de PCD en E. coli Combinar 1 plzantes de expresión PCD pVP91A-pcaHG (20 ng/L, Figura 1A) y 20 l de E.coli BL21 (células disponibles comercialmente de 20 l, > 2 x 106 cfu/g de plásmido) en un tubo. Deslice el tubo para mezclar. Coloque el tubo sobre hielo 5 min. Coloque la transformación a 42 oC durante 30 s. Luego hielo 2 min. Añadir medios SOC de 80 l (caldo súper óptimo con represió…

Representative Results

El PCD carroñero de oxígeno disponible en el nombre comercial con frecuencia está contaminado con una nucleasa de ADN. La contaminación de la actividad nucleasa podría dar lugar a resultados espurios en estudios fluorescentes, particularmente estudios que analizan el ADN o las proteínas que interactúan con el ADN. Hemos encontrado que el PCD recombinante, un heterodérmero de hexahistidina etiquetado pcaH y pcaG, puede expresarse en E. coli (Figura 1)….

Discussion

Los sistemas de barrido de oxígeno se incluyen comúnmente en la microscopía de fluorescencia de una sola molécula para reducir el fotoblanqueo3,7,8. Estas técnicas de microscopía se utilizan a menudo para observar ácidos nucleicos o interacciones proteicas con ácidos nucleicos1,13,14. La contaminación de los SSS con nucleasas p…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Este trabajo fue apoyado por NIH GM121284 y AI126742 a KEY.

Materials

2-Mercaptoethanol Sigma-Aldrich M3148 βME
30% acrylamide and bis-acrylamide solution, 29:1 Bio-Rad 161-0156
Acetic acid, Glacial Certified ACS Fisherl Chemical A38C-212
Agar, Granulated BD Biosciences DF0145-17-0
AKTA FPLC System GE Healthcare Life Sciences AKTA Purifier: Box-900, pH/C-900, UV-900, P-900, and Frac-920
Amicon Ultra-2 Centrifugal Filter Unit EMD Millipore UFC201024 10 kDa MWCO
Ammonium iron(II) sulfate hexahydrate Sigma F-2262
Ammonium Persulfate (APS) Tablets Amresco K833-100TABS
Ampicillin Amresco 0339-25G
Bacto Tryptone BD Biosciences DF0123173
BD Bacto Dehydrated Culture Media Additive: Bottle Yeast Extract VWR 90004-092
BIS-TRIS propane,>=99.0% (titration) Sigma-Aldrich B6755-500G
Bromophenol Blue Sigma-Aldrich B0126-25G
Coomassie Brilliant Blue Amresco 0472-50G
Costar 96–Well Flat–Bottom EIA Plate Bio-Rad 2240096EDU
DTT P212121 SV-DTT
Dulbecco's Phosphate Buffered Saline 500ML Sigma-Aldrich D8537-500ML PBS
Ethidium bromide Thermo Fisher Scientific BP1302
Glycerol Fisher Scientific G37-20
Granulated LB Broth Miller EMD Biosciences 1.10285.0500
Hi-Res Standard Agarose AGTC Bioproducts AG500D1
Imidazole Sigma-Aldrich I0250-250G
IPTG Goldbio I2481C25
Leupeptin Roche 11017128001
Lysozyme from Chicken Egg White Sigma-Aldrich L6876-1G
Magnesium Chloride Hexahydrate Amresco 0288-1KG
Microvolume Spectrophotometer, with cuvet capability Thermo Fisher ND-2000C
NaCl P212121 RP-S23020
Ni-NTA Superflow (100 ml) Qiagen 30430
Novagen BL21 Competent Cells EMD Millipore 69-449-3 SOC media included
Orange G Fisher Scientific 0-267
Pepstatin Gold Biotechnology P-020-25
PMSF Amresco 0754-25G
Protocatechuic acid Fisher Scientific ICN15642110 PCA
Sodium dodecyl sulfate P212121 CI-00270-1KG
SpectraMax M2 Microplate Reader Molecular Devises
Sterile Disposable Filter Units with PES Membrane > 250mL Thermo Fisher Scientific 09-741-04
Sterile Disposable Filter Units with PES Membrane > 500mL Thermo Fisher Scientific 09-741-02
Superose 12 10/300 GL GE Healthcare Life Sciences 17517301
TEMED Amresco 0761-25ML
Tris Ultra Pure Gojira Fine Chemicals UTS1003
Typhoon 9410 variable mode fluorescent imager GE Healthcare Life Sciences
UltraPure EDTA Invitrogen/Gibco 15575
ZnCl2 Sigma-Aldrich 208086

References

  1. Shera, E. B., Seitzinger, N. K., Davis, L. M., Keller, R. A., Soper, S. A. Detection of single fluorescent molecules. Chemical Physics Letters. 174 (6), 553-557 (1990).
  2. Zheng, Q., Jockusch, S., Zhou, Z., Blanchard, S. C. The contribution of reactive oxygen species to the photobleaching of organic fluorophores. Photochemistry and Photobiology. 90 (2), 448-454 (2014).
  3. Ha, T., Tinnefeld, P. Photophysics of fluorescent probes for single-molecule biophysics and super-resolution imaging. Annual Review of Physical Chemistry. 63, 595-617 (2012).
  4. Dixit, R., Cyr, R. Cell damage and reactive oxygen species production induced by fluorescence microscopy: effect on mitosis and guidelines for non-invasive fluorescence microscopy. The Plant Journal: for Cell and Molecular Biology. 36 (2), 280-290 (2003).
  5. Davies, M. J. Reactive species formed on proteins exposed to singlet oxygen. Photochemical & Photobiological Sciences. 3 (1), 17-25 (2004).
  6. Sies, H., Menck, C. F. Singlet oxygen induced DNA damage. Mutation Research. 275 (3-6), 367-375 (1992).
  7. Aitken, C. E., Marshall, R. A., Puglisi, J. D. An oxygen scavenging system for improvement of dye stability in single-molecule fluorescence experiments. Biophysical Journal. 94 (5), 1826-1835 (2008).
  8. Harada, Y., Sakurada, K., Aoki, T., Thomas, D. D., Yanagida, T. Mechanochemical coupling in actomyosin energy transduction studied by in vitro movement assay. Journal of Molecular Biology. 216 (1), 49-68 (1990).
  9. Shi, X., Lim, J., Ha, T. Acidification of the oxygen scavenging system in single-molecule fluorescence studies: in situ sensing with a ratiometric dual-emission probe. Analytical Chemistry. 82 (14), 6132-6138 (2010).
  10. Brown, C. K., Vetting, M. W., Earhart, C. A., Ohlendorf, D. H. Biophysical analyses of designed and selected mutants of protocatechuate 3,4-dioxygenase1. Annual Review of Microbiology. 58, 555-585 (2004).
  11. Senavirathne, G., et al. Widespread nuclease contamination in commonly used oxygen-scavenging systems. Nature Methods. 12 (10), 901-902 (2015).
  12. Senavirathne, G., Lopez, M. A., Messer, R., Fishel, R., Yoder, K. E. Expression and purification of nuclease-free protocatechuate 3,4-dioxygenase for prolonged single-molecule fluorescence imaging. Analytical Biochemistry. 556, 78-84 (2018).
  13. Jones, N. D., et al. Retroviral intasomes search for a target DNA by 1D diffusion which rarely results in integration. Nature Communications. 7, 11409 (2016).
  14. Liu, J., et al. Cascading MutS and MutL sliding clamps control DNA diffusion to activate mismatch repair. Nature. 539 (7630), 583-587 (2016).

Play Video

Cite This Article
Messer, R. K., Lopez Jr., M. A., Senavirathne, G., Yoder, K. E. Expression and Purification of Nuclease-Free Oxygen Scavenger Protocatechuate 3,4-Dioxygenase. J. Vis. Exp. (153), e59599, doi:10.3791/59599 (2019).

View Video